ยาและวัคซีนทั้งหมดทำให้เกิดผลข้างเคียงแม้ว่าในบางกรณีอาการเหล่านี้ไม่รุนแรงมากและอาจไม่ชัดเจน โดยทั่วไปผลข้างเคียงของวัคซีนตับอักเสบบีนั้นไม่รุนแรงและไม่เป็นอันตราย แต่มีผลข้างเคียงปานกลางถึงรุนแรงที่อาจเกิดขึ้นได้ในบางกรณี วัคซีนตับอักเสบบีเป็นวัคซีนที่ผลิตจากโปรตีนสังเคราะห์จากไวรัสตับอักเสบบี มันไม่ใช่ไวรัสที่มีชีวิตหรือถูกฆ่าตายดังนั้นจึงไม่สามารถทำให้เกิดการติดเชื้อไวรัสตับอักเสบบีได้ วัคซีนนี้มีความปลอดภัยสำหรับเกือบทุกคนรวมถึงเด็กทารกเด็กและผู้สูงอายุ
ผลข้างเคียงของวัคซีนโรคตับอักเสบชนิดบีที่พบได้ทั่วไปนั้นไม่รุนแรงมากและไม่เป็นอันตราย ประมาณ 25 เปอร์เซ็นต์ของผู้ที่ได้รับวัคซีนจะมีอาการเจ็บบริเวณที่ฉีด ประมาณหนึ่งในทุก ๆ 15 คนจะมีอุณหภูมิ 99.9 องศาฟาเรนไฮต์ (37.7 องศาเซลเซียส) หรือสูงกว่า
มีผลข้างเคียงอื่น ๆ อีกมากมายที่เป็นไปได้ของวัคซีนป้องกันไวรัสตับอักเสบบีซึ่งส่วนใหญ่หายากหรือไม่เป็นอันตราย ผลข้างเคียงทางเดินหายใจที่อาจเกิดขึ้น ได้แก่ อาการไอริดสีดวงจมูกติดเชื้อระบบทางเดินหายใจส่วนบนอาการคล้ายไข้หวัดใหญ่และอาการคล้ายหืด อาจเกิดการรบกวนการมองเห็นปวดข้อและกล้ามเนื้อหรือความแข็งต่อมน้ำเหลืองบวมและเกิดอาการแพ้เล็กน้อย การทดสอบการทำงานของตับผิดปกติเป็นผลข้างเคียงที่ผิดปกติ ปัญหาตับที่รุนแรงมากขึ้นเช่นโรคมะเร็งหรือโรคตับจะไม่รายงานผลข้างเคียง
ปฏิกิริยาการแพ้อย่างรุนแรงต่อวัคซีนไวรัสตับอักเสบบีนั้นหายากมากซึ่งเกิดขึ้นที่ความถี่ประมาณ 1 ใน 1.1 ล้าน อาการของผลข้างเคียงจากวัคซีนโรคไวรัสตับอักเสบบี ได้แก่ อาการลมพิษหรือผื่น, ความหนาแน่นของหน้าอก, หายใจลำบากและบวมของใบหน้า, ริมฝีปาก, ลิ้นหรือปาก หากคนที่เคยฉีดวัคซีนโรคไวรัสตับอักเสบบีประสบกับผลข้างเคียงเหล่านี้เขาหรือเธอควรรีบไปพบแพทย์ทันที
ผลข้างเคียงที่อาจเกิดจากไวรัสตับอักเสบบีที่รุนแรงอื่น ๆ ได้แก่ ระบบประสาทผลข้างเคียงของระบบหัวใจและหลอดเลือดและภูมิคุ้มกัน ผลข้างเคียงของหัวใจและหลอดเลือด ได้แก่ ความดันโลหิตต่ำเป็นลมใจสั่นหัวใจเต้นเร็ว ระบบภูมิคุ้มกันสามารถได้รับผลกระทบจากโรคลูปัส autoimmune โรคลูปัส erythematosus หรือ vasculitis ซึ่งเส้นเลือดใกล้บริเวณที่ติดเชื้อกลายเป็นอักเสบ
มีผลข้างเคียงของระบบประสาทหลายอย่างที่อาจเกิดขึ้นได้หลังจากการใช้วัคซีนป้องกันโรคตับอักเสบบี อาการอ่อนชั่วคราว ได้แก่ ปวดศีรษะ, วิงเวียน, เวียนศีรษะ, นอนไม่หลับและง่วงนอน การชักและโรคเกี่ยวกับระบบประสาทอักเสบเช่นโรคไข้สมองอักเสบและไขสันหลังเป็นผลที่เป็นไปได้อื่น ๆ ผู้ที่มีอาการเส้นโลหิตตีบหลายเส้นอาจมีอาการแย่ลงหลังจากได้รับวัคซีนป้องกันโรคตับอักเสบบี
