อาการ malabsorption เกิดขึ้นเมื่อระบบทางเดินอาหารของร่างกายไม่ทำงานตามปกติและไม่สามารถดูดซับและใช้สารอาหารที่ได้รับจากอาหาร สิ่งนี้แตกต่างจากสถานการณ์ที่คนไม่บริโภคอาหารที่มีสารอาหารเพียงพอ แต่ในกรณีส่วนใหญ่ผู้ที่มี malabsorption จะกินอาหารที่เพียงพอ การดูดซึมไม่ดีซึ่งอาจเกิดจากเงื่อนไขหลายประการหมายความว่าร่างกายไม่ได้ใช้ประโยชน์จากอาหารที่ได้รับอย่างเหมาะสม อาการเล็กน้อยเช่นท้องร่วงและความอ่อนแอกลิ่นเหม็นไม่กี่วันอาจมาพร้อมกับกรณี malabsorption สั้น ๆ อีกทางหนึ่งอาการอาจรุนแรงมากหากสภาพเป็นเรื้อรังโดยระบบของร่างกายเกือบทั้งหมดที่ทุกข์ทรมานจากการขาดสารอาหารและวิตามินที่จำเป็น
หนึ่งในอาการ malabsorption ที่โดดเด่นที่สุดคือการเปลี่ยนแปลงในลักษณะที่ปรากฏของอุจจาระและนี่มักจะเป็นตัวบ่งชี้แรกของปัญหา บางคนจะมีอาการท้องเสียเป็นน้ำบ่อย ๆ และบางคนก็มีไขมันส่วนเกินในอุจจาระซึ่งเป็นสีอ่อนและอาจติดกับโถชักโครกหรือมีแนวโน้มที่จะลอยอยู่เหนือน้ำ อุจจาระที่มีขนาดใหญ่มากเมื่อบริโภคอาหารในปริมาณปกติอาจมีความหมายว่าร่างกายกำลังสูญเสียสารอาหารที่ได้รับแทนการใช้ การเปลี่ยนแปลงของลักษณะอุจจาระมักจะมาพร้อมกับอาการลำไส้อื่น ๆ เช่นตะคริวในช่องท้อง, ก๊าซและอิจฉาริษยา
หลายคนที่มีอาการปวดท้องชั่วคราวจากไข้หวัดกระเพาะอาหารหรือเจ็บป่วยจากอาหารที่ไม่รุนแรงอาจมีอาการ malabsorption สองสามวัน หากเงื่อนไขเป็นเรื้อรังอาการเริ่มแรกเหล่านี้มีแนวโน้มที่จะเลวลงและสัญญาณอื่น ๆ ของการดูดซึมสารอาหารที่ไม่ดีจะเห็นได้ชัด ผู้ที่มี malabsorption เรื้อรังอาจสังเกตเห็นสิ่งต่าง ๆ เช่นการลดน้ำหนักไม่ได้อธิบาย เด็กอาจมีความล่าช้าในการเจริญเติบโตหรือได้รับการวินิจฉัยว่าไม่สามารถเจริญเติบโตได้
อาการ malabsorption ที่เฉพาะเจาะจงมากขึ้นอาจขึ้นอยู่กับสาเหตุของปัญหาและสารอาหารที่ไม่ถูกดูดซึม สาเหตุบางอย่างหมายถึงระบบทางเดินอาหารไม่สามารถดูดซึมสารอาหารบางชนิด แต่งัวดูดซับสารอาหารอื่น ๆ พื้นที่ต่าง ๆ ของร่างกายที่ขึ้นอยู่กับสารอาหารเฉพาะอาจได้รับผลกระทบมากที่สุดเมื่อ malabsorption ประเภทนี้เป็นเรื้อรัง การขาดแคลเซียมอาจส่งผลต่อการเจริญเติบโตของกระดูกความหนาแน่นและความแข็งแรง โปรตีนในระดับต่ำทำให้เกิดการกักเก็บน้ำและธาตุเหล็กกรดโฟลิกหรือการขาดวิตามินบี 12 อาจทำให้เกิดภาวะโลหิตจางในรูปแบบต่าง ๆ ซึ่งส่งผลให้เกิดความรู้สึกอ่อนเพลียหรือเหนื่อยล้า
ในหลาย ๆ กรณีอาการ malabsorption แสดงให้เห็นถึงการขาดสารอาหารหลายอย่าง ภาวะโลหิตจางความอ่อนแอของกระดูกและการกักเก็บน้ำอาจมีอยู่ร่วมกัน หากอาการเหล่านี้ยังคงถูกมองข้ามความเสียหายของระบบต่างๆของร่างกายสามารถสะสมได้ ในสถานการณ์ที่แย่กว่านั้นสารอาหารที่ถูกตัดออกไปอย่างเรื้อรังสามารถพัฒนาปัญหาเกี่ยวกับไตหรือแม้แต่ภาวะหัวใจล้มเหลว มันเป็นสิ่งสำคัญในการวินิจฉัยสาเหตุและรักษาถ้าเป็นไปได้ ในเวลาเดียวกันผู้ที่ได้รับผลกระทบจาก malabsorption ต้องใช้วิธีการอื่นของการสนับสนุนทางโภชนาการเพื่อชดเชยสารอาหารที่ขาดหายไป


