สายสะดือที่จะถูกจัดเก็บจะต้องถูกตัดออกจากทารกแรกเกิด โดยหลักการแล้วควรทำโดยเร็วที่สุดจากนั้นจึงควรเก็บสายไฟไว้ในภาชนะที่ปลอดเชื้อก่อนที่จะนำไปส่งที่ห้องปฏิบัติการ บางครั้งสายสะดือทั้งหมดจะถูกเก็บไว้ แต่บางครั้งก็เก็บสายไว้ เลือดจากสายสะดือและเจลรอบ ๆ หลอดเลือดแดงในสายสะดืออาจถูกจัดเก็บแยกต่างหาก ผู้ปกครองสามารถเลือกที่จะเก็บสายไฟของบุตรหลานไว้ในธนาคารเอกชนเพื่อใช้ส่วนตัวหรือบริจาคให้ธนาคารสาธารณะ
การตัดสินใจใช้สถานที่เก็บสายสะดือควรทำก่อนที่ทารกจะเกิดดังนั้นแพทย์และพยาบาลสามารถเตรียมได้ สายไฟที่ถูกกำหนดไว้สำหรับการจัดเก็บควรถูกตัดทันทีหลังคลอด เพื่อให้แน่ใจว่าเลือดยังคงอยู่ในสายมากขึ้น
หลังจากที่สายไฟถูกจับและตัดบางครั้งเลือดจากสายสะดือจะถูกลบออก สิ่งนี้สามารถทำได้ด้วยหลอดฉีดยาหรือเลือดสามารถทิ้งลงในภาชนะที่ปลอดเชื้อ โดยปกติจะทำก่อนที่จะส่งตัวอย่างเลือดและเนื้อเยื่อไปยังสถานที่เก็บสายสะดือ
หากผู้ปกครองเลือกที่จะบันทึกเนื้อเยื่อสะดือเช่นกันสิ่งนี้จะถูกใส่ลงในภาชนะที่ปลอดเชื้อ สารกันบูดจะถูกเพิ่มไปยังภาชนะ ส่วนที่มีขนาดประมาณ 4 ถึง 6 นิ้ว (10.2 ถึง 15.2 เซนติเมตร) สามารถใส่เข้าไปในที่เก็บสายสะดือ
เนื้อเยื่อของสายสะดือจะต้องติดป้ายและส่งไปยังห้องปฏิบัติการเพื่อทำการประมวลผลอย่างรวดเร็วเนื่องจากเนื้อเยื่อจะไร้ประโยชน์หลังจากผ่านไประยะเวลาหนึ่ง ผู้เชี่ยวชาญส่วนใหญ่เห็นด้วยกับเนื้อเยื่อสะดือที่ต้องดำเนินการภายในหนึ่งหรือสองวัน ในช่วงเวลานี้เนื้อเยื่อถูกเก็บไว้ในช่องเย็นมากเพื่อช่วยรักษา
ส่วนประกอบต่าง ๆ อาจถูกดึงออกจากสายสะดือในระหว่างการประมวลผลรวมถึงเลือดที่เหลืออยู่ เจลที่ล้อมรอบหลอดเลือดแดงในสายสะดือหรือที่รู้จักในชื่อ Wharton jelly ก็อาจถูกลบออกได้เช่นกัน สารคล้ายเจลนี้เป็นเนื้อเยื่อเกี่ยวพันชนิดหนึ่งและอุดมไปด้วยสเต็มเซลล์
อุณหภูมิที่เย็นจัดเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการเก็บสายสะดือ ผู้เชี่ยวชาญส่วนใหญ่ยอมรับว่าอุณหภูมิที่เหมาะสำหรับการเก็บสายสะดือคือประมาณ -249 องศาฟาเรนไฮต์ (-156 องศาเซลเซียส) อุณหภูมิที่สูงเหล่านี้มักจะรักษาด้วยไนโตรเจนเหลวหรือไอไนโตรเจน
ไนโตรเจนเหลวสามารถเก็บสายสะดือที่อุณหภูมิประมาณ -310 องศาฟาเรนไฮต์ (-190 องศาเซลเซียส) และเนื้อเยื่อจะถูกใส่ลงในภาชนะโลหะก่อนที่จะถูกแช่ในของเหลว อย่างไรก็ตามผู้เชี่ยวชาญบางคนเชื่อว่ามีความเป็นไปได้ของการปนเปื้อนจากแบคทีเรียเมื่อใช้ไนโตรเจนเหลว ไอไนโตรเจนสามารถใช้ในการจัดเก็บสายสะดือซึ่งจะรักษาอุณหภูมิประมาณ -202 องศาฟาเรนไฮต์ (-130 องศาเซลเซียส) ข้อเสียอย่างหนึ่งของวิธีการเก็บรักษานี้คืออุณหภูมิอาจเปลี่ยนแปลงได้
การใช้ธนาคารเก็บสายสะดือส่วนตัวอาจมีราคาแพงมาก อย่างไรก็ตามผู้ที่มีสายสะดือที่เก็บไว้ส่วนตัวจะสามารถเข้าถึงสเต็มเซลล์ได้อย่างสมบูรณ์แบบในอนาคต บุคคลที่ไม่สามารถจ่ายค่าจัดเก็บส่วนตัว แต่ไม่ต้องการให้สายสะดือของทารกเป็นขยะทางการแพทย์สามารถบริจาคสายสะดือได้ ฟรีและสามารถใช้เลือดจากสายสะดือและเนื้อเยื่อจากการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิด
