แม้ว่าจะมีหลายวิธีในการควบคุมอาการของโรคท้องร่วง แต่การรักษาอาการท้องร่วงเรื้อรังที่พบบ่อยที่สุดนั้นรวมถึงการกำจัดอาหารที่ทำให้เกิดการระคายเคือง ตัวเลือกอื่น ๆ ในการควบคุมอาการปวดท้องและท้องร่วงคือการรักษาด้วยโปรไบโอติกและยาต้านอาการท้องร่วง หากอาการท้องเสียเรื้อรังเกิดจากอาการลำไส้แปรปรวน (IBS) ยาบางชนิดอาจช่วยบรรเทาปัญหาได้ การป้องกันภาวะขาดน้ำเป็นสิ่งสำคัญในผู้ป่วยที่มีอาการท้องเสียบ่อยครั้ง
ปัจจัยที่สำคัญสำหรับการรักษาอาการท้องเสียเรื้อรังมักจะรวมถึงการเติมของเหลวอย่างรวดเร็วเพื่อหลีกเลี่ยงการขาดน้ำ เครื่องดื่มกีฬาและน้ำผลไม้ที่มีสารละลายอิเล็กโทรไลต์สามารถรักษาอาการที่เกี่ยวข้องกับอาการท้องเสีย แมกนีเซียมโพแทสเซียมโซเดียมคลอไรด์และแคลเซียมสามารถหายได้ในช่วงที่ท้องเสียบ่อยครั้งและการหาวิธีที่มีประสิทธิภาพในการเติมแร่ธาตุเหล่านี้มีความสำคัญต่อการฟื้นฟู สิ่งนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งกับผู้ป่วยโรคอุจจาระร่วงและท้องร่วงในผู้สูงอายุ
บุคคลหลายคนพบว่าวิธีที่มีประสิทธิภาพในการรักษาอาการท้องเสียเรื้อรังคือการรับประทานโปรไบโอติกเป็นประจำ สิ่งนี้สามารถเป็นได้ทั้งในรูปแบบอาหารเสริมหรือในอาหารเช่นโยเกิร์ตที่มีวัฒนธรรมที่มีชีวิตและมีชีวิตชีวา ผู้ป่วยบางรายที่ทุกข์ทรมานจากโรค IBS และ Crohn พบว่าการรักษาด้วยโปรไบโอติกช่วยรักษาสมดุลในระบบทางเดินอาหารและช่วยควบคุมอาการของโรคท้องร่วงและอาการวูบวาบจากสภาวะต่างๆ
บางคนพบว่าบรรเทาอาการท้องร่วงด้วยการใช้ยาที่ขายตามเคาน์เตอร์ (OTC) หรือที่รู้จักกันในชื่อ anti-diarrheal อย่างไรก็ตามยาเหล่านี้มีจุดมุ่งหมายเพื่อใช้ในการแข่งขันของอาการท้องเสียเป็นครั้งคราวและไม่แนะนำให้ใช้กับการรักษาอาการท้องเสียเรื้อรัง โดยเฉพาะอย่างยิ่งหากมีการติดเชื้อซึ่งอาจต้องได้รับการรักษาที่แตกต่างกัน
การรักษาอาการท้องร่วงเรื้อรังอีกรูปแบบหนึ่งที่สามารถช่วยในระหว่างการลุกเป็นไฟคือทำตามสิ่งที่เป็นที่รู้จักกันในชื่อ BRAT สิ่งนี้หมายถึงเพียงแค่การบริโภคอาหารที่อ่อนโยนเช่นกล้วย, ข้าว, แอปเปิ้ลซอสและขนมปังแห้งอาจเพิ่มความเร็วในการรักษาและชะลออาการของโรคท้องร่วงอย่างต่อเนื่อง การหลีกเลี่ยงอาหารทอดหรือไขมันจะทำให้ลำไส้ฟื้นตัวได้ การกำจัดผลิตภัณฑ์จากนมอาจช่วยควบคุมอาการได้
การทำความสะอาดลำไส้ใหญ่เป็นการรักษาอาการท้องเสียเรื้อรังอีกประเภทหนึ่ง วิธีนี้ทำงานโดยการล้างสารพิษและแบคทีเรียที่เป็นอันตรายที่มีอยู่ในระบบทางเดินอาหาร ในขณะที่หลายคนเชื่อว่าสิ่งนี้จะเป็นประโยชน์อย่างมากในการรักษาอาการท้องเสียเรื้อรังผู้เชี่ยวชาญบางคนไม่เห็นด้วยกับการล้างลำไส้ใหญ่และเชื่อว่าผลกระทบอาจเป็นอันตรายในบุคคลบางคน ขอแนะนำให้ตรวจสอบกับแพทย์ก่อนทำการรักษาที่ไม่คุ้นเคย


