ในคำศัพท์ทางการแพทย์ "กระเพาะอาหาร" หมายถึงกระเพาะอาหาร การติดเชื้อในทางเดินอาหารเป็นสิ่งหนึ่งที่ส่งผลกระทบต่อกระเพาะอาหารหรือลำไส้และทำให้เกิดอาการท้องเสีย การติดเชื้อบางอย่างเช่น E. coli และ shingella นั้นเกิดจากแบคทีเรีย ส่วนอื่น ๆ เช่น Norwalk และ Sapporo นั้นเกิดจากไวรัส Giardia เป็นโรคติดเชื้อในทางเดินอาหารที่เกิดจากปรสิต
การติดเชื้อเหล่านี้จำนวนมากติดเชื้ออย่างมาก การติดเชื้อในทางเดินอาหารสามารถแพร่กระจายได้หากคนที่มีร่องรอยของเชื้อโรคในมือของเขาสัมผัสกับบุคคลอื่นหรืออาหารของบุคคลอื่น Salmonella เป็นการติดเชื้อแบคทีเรียที่ถ่ายทอดในลักษณะนี้ มักพบในไข่และไก่ หากผลิตภัณฑ์เหล่านั้นไม่ได้รับการจัดการอย่างเหมาะสมหรือไม่ได้ปรุงอย่างทั่วถึงผู้คนอาจป่วย
ชิงเกิ้ลลายังเป็นโรคติดเชื้อในทางเดินอาหารที่เกิดจากแบคทีเรีย โดยปกติแล้วโรคงูสวัดมักจะถูกส่งเข้ามาโดยการกินสารที่ปนเปื้อนเช่นน้ำ แบคทีเรียสามารถทำให้เกิดโรคบิดซึ่งเป็นเงื่อนไขทางการแพทย์ที่ลำไส้บวม เมือกที่ติดกับผนังลำไส้โดยทั่วไปจะเริ่มพังทลายและสามารถเห็นได้ชัดเจนในการเคลื่อนไหวของลำไส้ บุคคลที่สามารถพัฒนาแผลเลือดออกเป็นผลมาจากการติดเชื้อนี้
E. coli เป็นโรคติดเชื้อในทางเดินอาหารที่อาจทำให้คนท้องเสียได้ การติดเชื้อนี้เกิดจากแบคทีเรียที่มักพบในอาหารเช่นเนื้อดิบบางส่วน เมื่อคน ๆ หนึ่งติดเชื้ออีโคไลเขามีแนวโน้มที่จะเป็นตะคริว หากเขาไม่ระมัดระวังในการล้างมือให้สะอาดหลังจากเดินทางไปห้องน้ำการติดเชื้อสามารถแพร่กระจายไปทั่วบ้านหรือที่ทำงานของเขาได้อย่างง่ายดาย
Giardia เป็นปรสิตที่มีเปลือกแข็งที่สามารถอาศัยอยู่ในลำไส้ของบุคคลและทำให้เขาป่วย เมื่อผู้ติดเชื้อมีการเคลื่อนไหวของลำไส้ปรสิตและเชื้อโรคจำนวนมากจะถูกปล่อยออกมา Giardia มีการถ่ายทอดเป็นหลักผ่านการกลืนกิน เนื่องจากปรสิตมีแนวโน้มที่จะต้านทานต่อคลอรีนน้ำที่ปนเปื้อนจำนวนเล็กน้อยที่ถูกกลืนเข้าไปในขณะที่ว่ายน้ำก็เพียงพอที่จะนำไปสู่การติดเชื้อ สัตว์ก็มีแบคทีเรียและของเสียมักปนเปื้อนแหล่งน้ำตามธรรมชาติเช่นทะเลสาบและบ่อซึ่งผู้คนอาจติดเชื้อ
ไวรัส Norwalk ซึ่งได้รับการตั้งชื่อตามสถานที่ในรัฐโอไฮโอซึ่งถูกค้นพบนั้นมีคุณลักษณะหลายอย่างเช่นการติดเชื้อในทางเดินอาหารที่เกิดจากแบคทีเรียหรือปรสิต การติดเชื้อมักแพร่กระจายเมื่อผู้ที่มีมือที่เปื้อนสารสัมผัสกับแหล่งอาหาร อาหารทะเลที่รับประทานดิบหรือปรุงสุกบางส่วนสามารถแพร่เชื้อไวรัสได้เนื่องจากแหล่งน้ำหลายแห่งปนเปื้อนสัตว์และของเสียจากมนุษย์ อย่างไรก็ตามความแตกต่างในเชิงบวกกับไวรัส Norwalk ก็คือโดยทั่วไปแล้วจะทำให้เกิดการติดเชื้อที่สั้นลงและรุนแรงกว่าแบคทีเรียและปรสิตจำนวนมาก
