เส้นประสาทเวกัสซึ่งไหลจากกระเพาะอาหารไปยังสมองสามารถเกิดความเสียหายได้หลายวิธี หนึ่งในรูปแบบที่พบบ่อยที่สุดของความเสียหายเกิดจากความไม่สมดุลของฮอร์โมน ความเสียหายทางกายภาพไม่ว่าจะจากการบาดเจ็บหรือการผ่าตัดก็สามารถทำให้เกิดการด้อยค่าได้ ผู้ป่วยบางรายอาจมีความเสียหายเนื่องจากการติดเชื้อไวรัสหรือแบคทีเรียหรือการเจริญเติบโตของมะเร็งที่จุดใด ๆ ตามความยาวของเส้นประสาท ผลของความเสียหายใด ๆ ของเส้นประสาทเวกัสประเภทนี้มักจะลดลงการทำงานของระบบย่อยอาหาร
โรคเบาหวานเป็นหนึ่งในสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของความเสียหายต่อเส้นประสาทเวกัส ผู้ป่วยที่เป็นโรคนี้มาเป็นเวลานานจะได้รับความเสียหายต่อเส้นประสาททั่วร่างกายบ่อยครั้งเนื่องจากการไหลเวียนของเลือดไม่เหมาะสม หากไม่มีเลือดเพียงพอเส้นประสาทเวกัสอาจบกพร่องได้อย่างถาวร มะเร็งยังสามารถทำให้เกิดความเสียหายต่อเส้นประสาทและเนื้องอกในสมองหรือที่รบกวนการไหลเวียนของเลือดไปยังระบบประสาทสามารถทำลายมันได้เช่นกัน
นอกจากนี้ยังเป็นไปได้ที่เส้นประสาทเวกัสจะได้รับบาดเจ็บจากการบาดเจ็บต่อร่างกายของผู้ป่วย เส้นประสาทถูกฝังลึกลงไปภายในร่างกายและสมองดังนั้นผู้ป่วยจึงต้องได้รับความเสียหายอย่างมากเพื่อให้เส้นประสาทบาดเจ็บ บ่อยครั้งที่ผู้ป่วยที่ได้รับการผ่าตัดสมองหรือระบบย่อยอาหารอาจได้รับความเสียหายโดยไม่ตั้งใจ
พิษสุราเรื้อรังสามารถนำไปสู่ความเสียหายของเส้นประสาทเวกัสชนิดอื่น ผู้ป่วยที่เป็นโรคนี้อาจมีอาการเส้นประสาทเสื่อมทั่วร่างกาย อย่างไรก็ตามในหลายกรณีความเสียหายนั้นสามารถย้อนกลับได้ถ้าผู้ป่วยหยุดดื่ม
ความเสียหายของเส้นประสาทบางประเภทเกิดจากการติดเชื้อ เป็นที่ทราบกันดีว่าไวรัสแพร่กระจายจากหูจมูกและลำคอไปจนถึงเส้นประสาทเวกัสซึ่งไหลเวียนอยู่ด้านหลังอวัยวะเหล่านี้ การติดเชื้อไวรัสอาจรักษาได้ยากและอาจนำไปสู่ความเสียหายต่อเส้นประสาทที่ไม่สามารถกลับคืนสภาพเดิมได้ การติดเชื้อแบคทีเรียยังสามารถแพร่กระจายไปยังเส้นประสาทเวกัสแม้ว่าการติดเชื้อเหล่านี้มักจะได้รับการรักษาด้วยการใช้ยาปฏิชีวนะ
ความเสียหายของเส้นประสาทเวกัสชนิดใดก็สามารถนำไปสู่การ gastroparesis ผู้ป่วยที่มีอาการนี้จะลดการเคลื่อนไหวของระบบทางเดินอาหารเนื่องจากเส้นประสาทเวกัสมีหน้าที่ในการเบี่ยงเบนเลือดไปสู่ระบบย่อยอาหารเพียงพอเพื่อให้สามารถแปรรูปอาหารได้อย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพ ในผู้ป่วยที่มีความเสียหายต่อเส้นประสาทที่ไม่สามารถกลับคืนสภาพได้สามารถควบคุมทางการแพทย์ได้แม้ว่าจะไม่สามารถรักษาให้หายขาดได้
