มีความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันหลายประเภทและมักแบ่งเป็นสองประเภทย่อย ความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันอธิบายสภาพที่ความผิดปกติของภูมิคุ้มกันมีผลต่ออวัยวะมากกว่าหนึ่งอวัยวะในร่างกายในขณะที่ความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันเฉพาะที่มักส่งผลต่ออวัยวะเดียวเท่านั้น ความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันบางประเภทที่พบได้ทั่วไป ได้แก่ โรคไขข้ออักเสบและโรคลูปัส ความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันที่พบได้ทั่วไป ได้แก่ โรคเบาหวานหลายเส้นโลหิตตีบและโรคแอดดิสัน ความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันมักจะอธิบายถึงโรคที่ระบบภูมิคุ้มกันผิดพลาดเป้าหมายและทำลายเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพภายในร่างกายแม้ว่าความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันบางตัวจะเกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันที่อ่อนแอ
โรคไขข้ออักเสบเป็นเงื่อนไขที่มักจะทำให้เกิดการอักเสบและการเสื่อมสภาพของข้อต่อ มันสามารถพัฒนาในข้อต่อใด ๆ ในร่างกาย แต่ส่วนใหญ่มีผลต่อมือและข้อมือ ไม่ทราบสาเหตุที่แท้จริงของโรคไขข้ออักเสบ แต่เชื่อว่าเกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรียภายในข้อต่อหรือเนื้อเยื่อรอบ ๆ ข้อต่อ มันสามารถส่งผลกระทบต่อผู้คนในทุกกลุ่มอายุแม้ว่าจะพบได้บ่อยในผู้ที่มีอายุมากกว่า 30 ปีและดูเหมือนว่าจะพบได้บ่อยในผู้หญิงมากกว่าในผู้ชาย โรคไขข้ออักเสบเป็นโรคทางระบบภูมิคุ้มกันที่ไม่ติดต่อและเมื่อระบบภูมิคุ้มกันเริ่มโจมตีเนื้อเยื่อข้อต่อมันมักแพร่กระจายและอาจโจมตีเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพในปอดและอวัยวะอื่น ๆ
โรคลูปัสเป็นโรคทางระบบภูมิคุ้มกันชนิดอื่นและเช่นเดียวกับโรคไขข้ออักเสบรูมาตอยด์มันเป็นเรื่องธรรมดาในผู้หญิงมากกว่าผู้ชาย ไม่เชื่อว่าเป็นโรคติดต่อและสาเหตุที่แท้จริงของโรคยังไม่ได้รับการพิจารณา งานวิจัยบางชิ้นดูเหมือนว่าโรคลูปัสอาจเป็นส่วนหนึ่งเนื่องจากพันธุกรรมเนื่องจากคนที่มีญาติที่ป่วยเป็นโรคมีความเสี่ยงสูงที่จะเป็นโรคลูปัสเอง นักวิจัยบางคนเชื่อว่าอาจมีตัวกระตุ้นสิ่งแวดล้อมที่ทำให้เกิดโรคลูปัส การสูบบุหรี่และสัมผัสกับแสงอัลตราไวโอเลตอาจเชื่อมโยงกับโรค
Multiple sclerosis (MS) เป็นโรคภูมิคุ้มกันบกพร่องที่ส่งผลกระทบต่อระบบประสาทเป็นหลัก ถือว่าเป็นโรคที่มีการแปล แต่เนื่องจากมันโจมตีระบบประสาทอาการสามารถแสดงในหลายส่วนของร่างกาย MS เป็นโรคที่ทำให้ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีการเคลือบของเส้นประสาท ความรุนแรงของโรคนั้นมีความแตกต่างกันอย่างมากจากบุคคลหนึ่งไปสู่อีกคนหนึ่ง แต่ในกรณีที่รุนแรงมากผู้ป่วยอาจไม่สามารถเดินหรือพูดได้ ขณะนี้ไม่มีวิธีการรักษาสำหรับ MS
โรคภูมิคุ้มกันบกพร่องที่ได้มา (เอดส์) เป็นโรคภูมิคุ้มกันบกพร่องชนิดอื่น เอดส์ไม่ได้โดดเด่นด้วยระบบภูมิคุ้มกันที่โจมตีเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพดี แต่เป็นเงื่อนไขที่ระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอลงจนไม่สามารถทำงานได้ดีพอที่จะต่อสู้กับความเจ็บป่วย ซึ่งแตกต่างจากความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันอื่น ๆ โรคเอดส์ถือเป็นโรคติดต่อผ่านการแลกเปลี่ยนของเหลวในร่างกายเช่นเมือกหรือเลือด
