การส่องกล้องเป็นกระบวนการที่ช่วยให้ผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์สามารถมองเห็นด้านในของระบบทางเดินอาหารของแต่ละคนตั้งแต่หลอดอาหารจนถึงลำไส้ แม้ว่ามันจะไม่ได้เป็นขั้นตอนการผ่าตัด แต่ก็ยังมีความเสี่ยงในการส่องกล้องเช่นเลือดออกและการติดเชื้อในบริเวณที่กล้องตรวจ ร่างกายอาจมีปฏิกิริยาในระหว่างขั้นตอนที่รวมถึงการเต้นของหัวใจผิดปกติและอาการเจ็บหน้าอก เนื่องจากบุคคลต้องงดการรับประทานอาหารหรือดื่มเป็นเวลาแปดชั่วโมงก่อนขั้นตอนจึงมีความเสี่ยงของการขาดน้ำ
ในระหว่างการส่องกล้องส่วนบนกล้องขนาดเล็กและท่อยาวจะถูกสอดเข้าไปในปากของแต่ละบุคคลแล้วดันเบา ๆ ผ่านระบบย่อยอาหาร หนึ่งในความเสี่ยงของการส่องกล้อง ได้แก่ การทำลายเนื้อเยื่ออ่อนของหลอดอาหารกระเพาะอาหารหรือลำไส้ ในบางกรณีมีคนที่เคยมีกล้องฉีกขาดส่วนหนึ่งของระบบทางเดินอาหาร หากสิ่งนี้เกิดขึ้นโดยทั่วไปจะต้องมีการผ่าตัดเพื่อแก้ไข นอกจากนี้ยังมีโอกาสที่อนุภาคหรือน้ำลายอาจเข้าไปในหลอดลมและปอดของแต่ละบุคคลข้างๆกล้องทำให้หายใจลำบาก
แม้ว่ามันจะไม่ฉีกพวกเขา แต่กล้องก็ยังสามารถทำให้ระคายเคืองเนื้อเยื่อที่ถูกผลักเข้าไป อาจมีเลือดออกที่ผิวซึ่งอาจทำให้เลือดรั่วเข้าไปในกระเพาะอาหาร; เนื่องจากธรรมชาติของระบบทางเดินอาหารแม้บาดแผลบนพื้นผิวอาจใช้เวลาในการรักษา เกี่ยวข้องกับบาดแผลเหล่านี้คือความเสี่ยงของการติดเชื้อ การติดเชื้ออาจมาจากกล้องหรือเกิดความเสียหายจากกล้อง
อีกหนึ่งความเสี่ยงของการส่องกล้องที่อาจเกิดขึ้นคือปฏิกิริยาทางกายภาพในระหว่างกระบวนการ เมื่อกล้องถูกแทรกลงไปในลำคอการอุดปากสะท้อนของแต่ละบุคคลจะต้องเอาชนะ เช่นเดียวกับยากล่อมประสาทใด ๆ ที่มีศักยภาพที่มีอยู่ว่าร่างกายจะมีปฏิกิริยาการแพ้ยา
นอกจากนี้ยังมีอันตรายของร่างกายที่แสดงให้เห็นถึงการตอบสนองอื่น ๆ โดยไม่สมัครใจกับขั้นตอน อาการปวดหน้าอกและการเต้นของหัวใจผิดปกติอาจพัฒนา แม้ว่าบุคคลนั้นยังสามารถหายใจได้เขาหรือเธออาจรู้สึกหายใจไม่สะดวก
หลังจากขั้นตอนดังกล่าวมีความเสี่ยงที่หาได้ยาก แต่มีความเสี่ยงของการส่องกล้อง อาจมีอาการเจ็บหน้าอกและท้องอย่างต่อเนื่องแม้หลังจากนำกล้องออกแล้ว บุคคลนั้นอาจมีความรู้สึกหยาบกระด้างในคอและหน้าอกซึ่งอาจส่งผลให้เกิดความยากลำบากหรือเจ็บปวดเมื่อกลืนกิน อาการเหล่านี้ใด ๆ ที่พัฒนาขึ้นหลังจากเสร็จสิ้นกระบวนการสามารถบ่งบอกถึงปัญหาในระบบทางเดินอาหารที่เกิดจากกล้องหรือท่อระหว่างขั้นตอน
ความเสี่ยงของการส่องกล้องที่คล้ายกันนั้นมีความสัมพันธ์กับกระบวนการส่องกล้องที่ต่ำกว่า เลือดและการติดเชื้อเป็นกลุ่มที่พบได้บ่อยที่สุด ภาวะแทรกซ้อนที่พัฒนาหลังจากขั้นตอนยังหายากมาก
