การเจาะเอวหรือการแตะกระดูกสันหลังนั้นจะเป็นการสอดเข็มเข้าไปในกระดูกสันหลังส่วนล่าง จุดของขั้นตอนนี้มักจะเรียกน้ำไขสันหลัง (CSF) เพื่อทดสอบการติดเชื้อแม้ว่าจะสามารถใช้การแตะกระดูกสันหลังเพื่อจัดการกับยาหรือบรรเทาความดันในกระดูกสันหลัง มีผลข้างเคียงบางส่วนของขั้นตอน แต่มีอาการปวดหัวเป็นส่วนใหญ่ อาการปวดหลังส่วนล่างใกล้กับบริเวณที่เข็มเข้าไปในบริเวณกระดูกสันหลัง ผลข้างเคียงอื่น ๆ ของการเจาะที่เอวนั้นหายาก แต่รุนแรงกว่าเช่นการมีเลือดออกในกระดูกสันหลังการชักและอัมพาตที่เกิดจากเส้นประสาทถูกทำลาย
หนึ่งในผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดของการเจาะเอวคืออาการปวดหัวซึ่งมีแนวโน้มที่จะเกิดขึ้นเนื่องจากผู้ป่วยมีน้ำไขสันหลังน้อย ผู้ที่สังเกตเห็นอาการนี้มักจะรู้สึกเจ็บปวดที่ฐานของกะโหลกหรือใกล้กับด้านหน้าของหัว อาการปวดหัวที่เกิดจากกระบวนการนี้อาจไม่รุนแรงหรือรุนแรงและมักจะแย่ลงเมื่อผู้ป่วยยืน ดังนั้นผู้ป่วยมักจะได้รับคำแนะนำจากแพทย์ให้นอนลงให้มากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้หลังจากผ่านไปสองสามวัน การดื่มของเหลวพิเศษสำหรับหนึ่งวันและรับยาแก้ปวดรวมถึงไอบูโพรเฟนและอะซิตามิโนเฟนอาจช่วยกำจัดอาการปวดหัวของกระดูกสันหลัง
ผลข้างเคียงที่เป็นไปได้อีกอย่างหนึ่งของการเจาะเอวก็คืออาการปวดหลังซึ่งเป็นเรื่องธรรมดาเพราะเข็มจะต้องเจาะหลังส่วนล่าง ผลข้างเคียงนี้ควรหายไปภายในไม่กี่วันของขั้นตอนเช่นปวดหัว รักษาหลังให้ตรงและงอเมื่อจำเป็นเท่านั้นจะช่วยรักษาพื้นที่ได้ ผู้ป่วยมักได้รับคำแนะนำให้พักผ่อนและใช้ยาแก้ปวดเพื่อลดอาการไม่สบายและอักเสบ แต่ควรพูดคุยกับแพทย์หากอาการปวดหลังส่วนล่างยังคงอยู่นานกว่าสองสามวัน
ผลข้างเคียงของการเจาะที่เอวบางครั้งถือว่ารุนแรงมากขึ้นและไม่สามารถรักษาให้หายขาดได้ด้วยเวลาและเวลาที่เหลือแม้ว่าปัญหาดังกล่าวจะค่อนข้างหายาก ตัวอย่างเช่นบริเวณที่เข็มถูกดันผ่านผิวหนังอาจมีเลือดออกอย่างต่อเนื่องหรือถูกปกคลุมด้วยหนองซึ่งในกรณีนี้ผู้ป่วยควรโทรหาแพทย์ ผลข้างเคียงที่หายาก แต่ร้ายแรงอีกอย่างหนึ่งของการเจาะเอวคือความเสียหายต่อเส้นประสาทไขสันหลังหรือเส้นประสาทซึ่งอาจส่งผลให้เกิดอัมพาตของร่างกายส่วนล่าง นอกจากนี้ผู้ป่วยบางรายอาจมีอาการชักหลังการเจาะเอวซึ่งเป็นผลข้างเคียงที่ต้องรีบไปพบแพทย์ทันที
