หนึ่งในสัญญาณหลักของการแพ้กลูเตนในเด็กคืออาการปวดท้องมักส่งผลให้ความอยากอาหารและอาเจียนลดลง อาการดังกล่าวมักทำให้เกิดความล้มเหลวในอัตราที่เหมาะสม นอกจากนี้ความรู้สึกไม่สบายทางกายภาพอาจนำไปสู่ปัญหาพฤติกรรมบางอย่างเช่นหงุดหงิดอ่อนเพลียและซึมเศร้า อาการของการแพ้กลูเตนในเด็กมักจะไม่สังเกตจนกระทั่งพวกเขาโตพอที่จะเริ่มกินอาหารที่มีโปรตีนนี้เช่นขนมปัง, ชีสนุ่ม, ซีเรียล, เค้ก, ขนมอบ, พาสต้าและเนื้อสัตว์แปรรูปเพื่อชื่อผลิตภัณฑ์ไม่กี่
ความไวต่อกลูเตนซึ่งเป็นโปรตีนที่พบในข้าวสาลีข้าวบาร์เลย์ข้าวไรย์และข้าวโอ๊ตไม่ได้ระบุว่าเป็นเด็กเสมอไปเพราะพ่อแม่อาจล้มเหลวในการสังเกตอาการ หนึ่งในตัวชี้วัดหลักของการแพ้กลูเตนในเด็กคือความรู้สึกไม่สบายในลำไส้ ความอยากอาหารลดลงเป็นสัญญาณอีกอย่างหนึ่งซึ่งอาจเกิดจากการเป็นตะคริวในช่องท้องและปวดทำให้ยากที่จะคิดถึงการรับประทาน การอาเจียนมักจะเกิดขึ้นแม้ในขณะที่เด็กกินจริง โรคท้องร่วงแก๊สและท้องผูกเป็นปัญหาในกระเพาะอาหารอื่น ๆ ที่มักเกิดขึ้นกับเด็กที่มีอาการแพ้กลูเตน ในความเป็นจริงอิจฉาริษยาอาการลำไส้แปรปรวนกรดไหลย้อนและมีเลือดออกทางทวารหนักสามารถเกิดขึ้นได้กับการแพ้กลูเตนในเด็กทำให้พวกเขาหลีกเลี่ยงอาหารที่ทำให้เกิดปัญหา
ความรู้สึกไม่สบายท้องนี้มักนำไปสู่การลดน้ำหนักหรืออย่างน้อยก็ไม่สามารถที่จะรับน้ำหนักได้อย่างเหมาะสม ท้องบวมที่จับคู่กับขาและแขนที่บางผิดปกติมักเป็นสัญญาณของการแพ้กลูเตนในเด็ก นี่เป็นเพราะพวกเขาไม่สามารถดูดซึมสารอาหารได้อย่างถูกต้องและมักจะรู้สึกไม่สบายบ่อยจนไม่กินมากหรือบ่อยเท่าที่ควร วัยแรกรุ่นก็มักจะล่าช้าเป็นเวลาหลายปีในเด็กที่มีอาการแพ้กลูเตนเนื่องจากพวกเขาไม่สามารถกินได้มากในช่วงหลายปีที่พวกเขาควรจะเติบโตมากที่สุด
ความรู้สึกไม่สบายทางกายภาพมากและไม่สามารถที่จะเติบโตมักจะนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมในเด็กที่ได้รับผลกระทบ หงุดหงิดอ่อนเพลียอารมณ์แปรปรวนและซึมเศร้าเกิดขึ้นบ่อยครั้งในเด็กที่ไม่สามารถดูดซึมสารอาหารได้อย่างเหมาะสมเนื่องจากการแพ้กลูเตน ปวดหัว, โรคโลหิตจางและอาการปวดข้อมักจะไม่ทำให้อารมณ์ดีขึ้น นอกจากนี้เด็กที่มีปัญหานี้มักประสบปัญหาทางการแพทย์เล็กน้อยอื่น ๆ แต่เจ็บปวดเช่นแผลในปาก, กลากบนผิวหนังและปัญหาทางทันตกรรม อาการดังกล่าวเป็นสิ่งที่คาดหวังและมักจะนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมจนกระทั่งเด็กได้รับการวินิจฉัยว่ามีอาการแพ้กลูเตนและในที่สุดก็ตัดอาหารที่ทำให้เกิดปัญหาออกมา
