คออักเสบอาจเกิดจากปัญหาหลายอย่าง บ่อยครั้งที่เงื่อนไขเป็นผลมาจากการติดเชื้อไวรัสหรือแบคทีเรีย ผู้ที่เป็นกรดไหลย้อนอาจมีอาการเจ็บคอจากการกระเด็นของกรดในกระเพาะอาหาร การสูบบุหรี่หรือสัมผัสกับมลภาวะต่อสิ่งแวดล้อมอาจถูกตำหนิ ปัจจัยอื่น ๆ ได้แก่ โรคภูมิแพ้หายใจเข้าทางปากมากเกินไปและสายพันธุ์คอร์ดเสียง
สาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของคออักเสบคือการติดเชื้อไวรัส โรคหวัดและไข้หวัดใหญ่มักนำไปสู่อาการเจ็บคอทั้งจากการระบายไซนัสที่ติดเชื้อเข้าสู่คอรวมถึงอาการไอที่เกี่ยวข้อง ไวรัสคอกซากีที่สามารถทำให้เกิดแผลในลำคอซึ่งอาจเจ็บปวดมาก การติดเชื้อ mononucleosis อาจเกี่ยวข้องกับอาการบวมอย่างรุนแรงในลำคอและต่อมทอนซิลซึ่งสามารถทำลายการกลืน นอกจากนี้ยังมีไวรัสอื่น ๆ อีกจำนวนหนึ่งที่มักนำไปสู่การอักเสบที่คอเช่นคางทูมหัดและไอกรน
การติดเชื้อแบคทีเรียอาจนำไปสู่การอักเสบคอ แบคทีเรียที่พบมากที่สุดที่ทำให้เกิดอาการปวดคอคือกลุ่ม Streptococcus A อาการที่เป็นที่รู้จักกันทั่วไปว่าเป็นคอ strep มักจะมีลักษณะที่เจ็บปวดมากคอแดงบวมพร้อมกับมีไข้และต่อมบวม
บางครั้งคออักเสบนั้นเกิดจากการติดเชื้อของต่อมทอนซิลซึ่งเป็นก้อนเนื้อเยื่อที่อยู่ด้านหลังลิ้น เงื่อนไขนี้เรียกว่าต่อมทอนซิลอักเสบอาจเกิดจากไวรัสหรือแบคทีเรีย นอกเหนือจากความเจ็บปวดต่อมทอนซิลและบริเวณโดยรอบจะบวมมากและอาจมีหนองในจุดนั้น
เงื่อนไขอื่นมักจะมาพร้อมกับอาการเจ็บคอคือกรดไหลย้อน กรดไหลย้อนทำให้กรดย่อยอาหารเดินทางขึ้นสู่หลอดอาหารและเข้าไปในลำคอ การสัมผัสกับผลกระทบการกัดกร่อนของกรดทำให้เนื้อเยื่อระคายเคืองทำให้เกิดการอักเสบ
การสูดดมสิ่งแปลกปลอมสามารถทำให้ระคายเคืองคอและนำไปสู่การอักเสบ การสูบบุหรี่ทำให้คอเจ็บมาก การสูดดมควันมือสองอาจทำให้ทางเดินหายใจอักเสบ มลพิษในอากาศเช่นหมอกควันอาจทำให้เนื้อเยื่อของคอแย่ลง
ยังมีอีกหลายปัจจัยที่อาจทำให้เกิดการอักเสบที่คอ การใช้คอร์ดเสียงมากเกินไปไม่ว่าจะจากการร้องเพลงหรือตะโกนอาจทำให้เครียดที่คอทำให้เกิดอาการปวดและบางครั้งโรคกล่องเสียงอักเสบ การแพ้โดยเฉพาะที่เกิดจากการระคายเคืองต่อสิ่งแวดล้อมเช่นละอองเกสรหรือราอาจทำให้เกิดการระคายเคือง คนที่หายใจทางปากโดยเฉพาะในช่วงฤดูหนาวอาจจะมีอาการเจ็บคอ
