ภาวะทุพโภชนาการในเด็กเกิดจากปัจจัยภายนอกและปัจจัยภายใน เด็กขาดสารอาหารเมื่อไม่ได้รับสารอาหารในปริมาณที่เหมาะสมเช่นวิตามินและแร่ธาตุในอาหาร ในบางกรณีการขาดสารอาหารเป็นผลมาจากเด็กที่เป็นโรคที่ป้องกันไม่ให้ร่างกายของเธอดูดซับสารอาหารที่จำเป็น ในกรณีอื่นเด็กขาดสารอาหารเพราะไม่สามารถเข้าถึงอาหารได้เพียงพอ
เงื่อนไขที่อาจทำให้เกิดภาวะทุพโภชนาการในเด็กหากไม่ได้รับการรักษาอย่างเหมาะสม ได้แก่ โรค celiac และการแพ้แลคโตส เด็กที่เป็นโรค celiac ไม่สามารถทนต่อกลูเตนโปรตีนที่พบในข้าวสาลีและธัญพืชอื่น ๆ ด้วยโรค celiac ระบบภูมิคุ้มกันของเด็กจะโจมตีกลูเตนซึ่งอาจนำไปสู่ความเสียหายต่อลำไส้ป้องกันไม่ให้สารอาหารถูกดูดซึม
สัญญาณที่บ่งบอกว่าเด็กอาจมีภาวะทุพโภชนาการที่เกิดจากโรค celiac รวมถึงการลดน้ำหนักและโรคโลหิตจาง เด็กอาจได้รับแคลเซียมไม่เพียงพอนำไปสู่โรคกระดูกอ่อนหรือกระดูกนิ่ม อาการของโรค celiac รวมถึงท้องอืดและท้องเสีย
การแพ้แลคโตสเป็นภาวะที่สามารถนำไปสู่การขาดสารอาหารในเด็ก เด็กหลายคนต้องการนมเพื่อรับแคลเซียมในปริมาณที่เพียงพอ เด็กที่แพ้แลคโตสไม่สามารถย่อยนมและผลิตภัณฑ์นมอื่น ๆ ได้อย่างเหมาะสมและอาจหลีกเลี่ยงได้ วิธีหนึ่งในการหลีกเลี่ยงการขาดสารอาหารในเด็กที่เกิดจากการแพ้แลคโตสคือการให้เด็กทานแคลเซียมจากแหล่งอื่นเช่นผักใบเขียวและถั่ว
เงื่อนไขทางการแพทย์อื่นที่สามารถทำให้เกิดการขาดสารอาหารคือโรคปอดเรื้อรัง เมื่อเด็กมีอาการเปาะพังผืดเซลล์เมือกจะผลิตเมือกหนาที่อุดตันทางเดินหายใจรวมทั้งท่อที่เชื่อมต่อลำไส้และตับอ่อน การเชื่อมต่อระหว่างตับอ่อนเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการขนส่งเอนไซม์ที่ช่วยให้ร่างกายของเด็กดูดซับโปรตีนและวิตามิน A, C และ K เมื่อหลอดถูกปิดกั้นการขาดสารอาหารอาจส่งผลให้
ทารกและเด็กบางคนอาจขาดสารอาหารหากพวกเขาประสบกับสภาวะที่ทำให้การกินไม่เป็นที่พอใจ เด็กที่เป็นโรคกรดไหลย้อนอาจไม่ยอมกิน หากอาการไม่ดีขึ้นเขาอาจเกิดอาการกลืนลำบากซึ่งทำให้กลืนลำบากหรือในบางกรณีเป็นไปไม่ได้
การขาดอาหารที่เพียงพอเป็นสาเหตุของการขาดสารอาหารในเด็ก เด็กเล็กมากอาจขาดสารอาหารถ้าเขาไม่ได้รับสารอาหารที่เหมาะสมจากแม่หลังคลอด เด็ก ๆ ในประเทศที่อาหารขาดแคลนหรือมีความยากจนมีความเสี่ยงต่อการขาดสารอาหารมากกว่าเด็กที่อาศัยอยู่ในประเทศที่พัฒนาแล้วซึ่งอาหารหลายอย่างเสริมด้วยวิตามินและสารอาหารเสริม


