มีหลายปัจจัยที่ส่งผลต่อประสิทธิภาพของถุงยางโดยเฉพาะการสวมใส่และใช้ถุงยางทั้งชายและหญิง อายุและสภาพของถุงยางสามารถจำกัดความสามารถในการป้องกันโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์และการตั้งครรภ์ ปัจจัยเหล่านี้สามารถเพิ่มโอกาสในการตั้งครรภ์โดยไม่ตั้งใจ
จากการศึกษาพบว่าผู้ชายหลายคนไม่ใส่ถุงยางหรือสวมใส่อย่างถูกต้อง การใส่ถุงยางอนามัยเพศชายด้วยความเกรี้ยวกราดหรือภายในมากเกินไปอาจทำให้ถุงยางฉีกขาดหรืออ่อนแรงลงลดประสิทธิภาพของถุงยาง การใช้ถุงยางอนามัยที่เล็กหรือใหญ่เกินไปอาจจำกัดความสามารถในการป้องกันการตั้งครรภ์และโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ ถุงยางอนามัยที่แน่นเกินไปหรือใส่โดยไม่มีพื้นที่เพียงพอที่ปลายสามารถเพิ่มความเสี่ยงของการฉีกขาดหรือทำลาย; ถุงยางอนามัยที่มีขนาดใหญ่เกินไปมีแนวโน้มที่จะร่วงหล่นหรือหก ด้วยเหตุผลนี้ผู้ชายควรซื้อและใช้ถุงยางอนามัยที่มีขนาดเหมาะสมและใช้งานได้อย่างถูกต้องตามที่บรรจุภัณฑ์ระบุ
ถุงยางอนามัยผู้หญิงอาจมีปัญหาคล้ายกัน การใช้ถุงยางอนามัยหญิงที่ไม่เหมาะสมอาจทำให้เกิดการเคลื่อนไหวในระหว่างการมีเพศสัมพันธ์เพิ่มความเป็นไปได้ของการตั้งครรภ์และโอกาสในการติดเชื้อ STD ถุงยางอนามัยเพศหญิงโดยทั่วไปถือว่ามีประสิทธิภาพน้อยกว่าถุงยางอนามัยชายประมาณ 5 ถึง 10 เปอร์เซ็นต์
อาจเป็นหนึ่งในปัจจัยที่ใหญ่ที่สุดที่มีผลต่อประสิทธิผลของถุงยางคือเมื่อใช้ไอเท็ม เพื่อให้การคุมกำเนิดประเภทนี้เพื่อให้การปกป้องที่ดีที่สุดควรสวมใส่ก่อนการสอดใส่ใด ๆ และระหว่างการกระทำทั้งหมด การใส่ถุงยางอนามัยหลังจากมีเพศสัมพันธ์ได้เริ่มขึ้นแล้วจะช่วยเพิ่มความเสี่ยงในการผ่านหรือทำสัญญาโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์และโอกาสในการตั้งครรภ์
ด้วยความหลากหลายของเพศชายและเพศหญิงประสิทธิภาพของถุงยางอนามัยจะถูกกำหนดอย่างมากจากคุณภาพของถุงยางอนามัย ถุงยางอนามัยทุกชิ้นมาพร้อมกับวันหมดอายุที่พิมพ์บนกล่องและบรรจุภัณฑ์ของถุงยางอนามัยของแต่ละคน การใช้ถุงยางอนามัยแบบเก่าสามารถเพิ่มโอกาสในการแตกหรือพัฒนาน้ำตาหรือรูในถุงยาง การตรวจสอบวันที่บนบรรจุภัณฑ์ก่อนการใช้งานทุกครั้งสามารถช่วยขจัดปัญหานี้ได้
แม้กระทั่งก่อนที่ถุงยางอนามัยจะถึงวันหมดอายุมันก็อาจเสียหายได้ ควรเก็บถุงยางอนามัยในที่เย็นและแห้งภายในบรรจุภัณฑ์จนกว่าจะถูกต้องก่อนใช้งาน การเก็บไว้ในกระเป๋าเงินกระเป๋าเงินหรือรถยนต์สามารถสัมผัสกับความร้อนระดับสูงและความเสียหายที่อาจเกิดขึ้นจากสิ่งอื่น ๆ ลดประสิทธิภาพของถุงยาง ถุงยางอนามัยไม่ควรสัมผัสกับแสงแดดโดยตรงหรือเก็บไว้ใกล้แหล่งความร้อน
ควรตรวจสอบถุงยางก่อนใช้และควรใช้เพียงครั้งเดียว ถ้าถุงยางมีสีเหลืองแตกหรือแห้งไม่ควรใช้ การศึกษาพบว่าเมื่อใช้ถุงยางอนามัยชายอย่างสมบูรณ์แบบผู้หญิงสองคนจากทุก ๆ 100 คนตั้งครรภ์ เมื่อมีการใช้งานอย่างไม่ถูกต้องตัวเลขนี้จะกระโดดข้ามผู้หญิงทุก 15 ใน 100 คน ถุงยางอนามัยเพศหญิงเมื่อใช้อย่างถูกต้องจะส่งผลให้เกิดการตั้งครรภ์ในผู้หญิงห้าใน 100 คน; เมื่อใช้อย่างไม่ถูกต้องการตั้งครรภ์จะส่งผลให้มีผู้หญิง 21 คนจากทุก ๆ 100 คน
