การติดเชื้อแฝงเป็นสถานการณ์ที่มีไวรัสอยู่ในร่างกาย แต่ก็ยังคงอยู่เฉยๆไม่ก่อให้เกิดอาการชัดเจนใด ๆ ผู้ป่วยยังคงติดไวรัสและเขาหรือเธอสามารถส่งต่อไวรัสให้ผู้อื่นเมื่อพวกเขาได้สัมผัสกับไวรัสอยู่เฉยๆ การติดเชื้อแฝงยังสามารถเปิดใช้งานทำให้เกิดอาการและความเจ็บป่วยที่จะเกิดขึ้นอีกครั้ง ตัวอย่างคลาสสิกของการติดเชื้อที่แฝงอยู่คือเริมเริมซึ่งลุกเป็นไฟเป็นระยะเพื่อให้เกิดแผลเย็นก่อนที่จะหยุดอยู่กับที่อีกครั้ง
บางครั้งผู้คนสับสนกับการแฝงเร้นของเวลาแฝง ความหน่วงหรือความหน่วงแฝงทางคลินิกเป็นหนึ่งในสิ่งที่เกิดขึ้นในช่วงระยะฟักตัวของการติดเชื้อซึ่งมีตัวแทนเชิงสาเหตุอยู่ในร่างกายและทวีคูณ แต่ไม่ก่อให้เกิดอาการ ไวรัสที่เกี่ยวข้องกับความล่าช้าทางคลินิกไม่ได้หยุดอยู่เฉยๆเช่นเดียวกับกรณีของการติดเชื้อที่แฝงตัว ในที่สุดไวรัสจะเคลื่อนที่ออกจากเวลาแฝงและเริ่มก่อให้เกิดอาการที่ตรวจพบได้การแจ้งเตือนโฮสต์ถึงความจริงที่ว่ามีการติดเชื้อเกิดขึ้น
การติดเชื้อบางอย่างไม่สามารถล้างออกจากร่างกายได้อย่างสมบูรณ์แฝงด้วยการใช้ยาและมาตรการอื่น ๆ เพื่อควบคุมไวรัสและยับยั้งการจำลองแบบ ในกรณีเหล่านี้การติดเชื้อแฝงอาจลุกเป็นไฟเป็นระยะเพื่อตอบสนองต่อการชี้นำสิ่งแวดล้อม การติดเชื้อแฝงยังสามารถเกิดขึ้นได้เมื่อไวรัสกลายพันธุ์กลายเป็นไปไม่ได้ที่จะกำจัดหรือเมื่อการรักษาไม่เสร็จสิ้นทำให้ไวรัสยังคงอยู่ในร่างกาย
จำนวนไวรัสมีลักษณะที่ทำให้เกิดการติดเชื้อที่แฝงอยู่ทำให้ไวรัสสามารถไหลเวียนและไหลเวียนในร่างกายในรอบการเปลี่ยนแปลงสภาพแวดล้อม จากมุมมองของไวรัสความสามารถในการหยุดทำงานชั่วคราวเป็นสิ่งสำคัญเนื่องจากจะทำให้ไวรัสสามารถเก็บโฮสต์ได้ในขณะที่อยู่เฉยๆเมื่อสภาพเป็นมิตรหรือไม่พึงประสงค์สำหรับไวรัส การติดเชื้อแฝงยังสามารถตรวจจับหรือจัดการได้ยากมาก
นอกเหนือจากการทำให้เกิดปัญหากับโฮสต์โดยวูบวาบเป็นระยะและก่อให้เกิดอาการการติดเชื้อแฝงสามารถกลายเป็นน่ากลัวมากขึ้น ไวรัสหลายตัวถูกเชื่อมโยงกับการแบ่งเซลล์ออกจากการควบคุมซึ่งน่าจะเกิดจากการตรวจจับไวรัสและดีเอ็นเอของเซลล์ซึ่งนำไปสู่การข้ามสายและการแบ่งอาละวาดของเซลล์ การติดเชื้อแฝงอาจกลายเป็นปัญหาร้ายแรงเมื่อผู้ป่วยมีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องเนื่องจากการติดเชื้อแฝงอาจปรากฏขึ้นเมื่อระบบภูมิคุ้มกันของผู้ป่วยผ่านจุดวิกฤติ
