วัคซีน subunit เป็นวัคซีนที่มีโปรตีนที่แยกได้จากไวรัส แต่ขาดกรดนิวคลีอิกของไวรัส วัคซีนเหล่านี้ทำให้ร่างกายได้รับสารแอนติเจนเพื่อให้สามารถเรียนรู้ที่จะรับรู้ได้โดยไม่ต้องให้ร่างกายเสี่ยงต่อการติดเชื้อไวรัสและการติดเชื้อในภายหลัง วัคซีนไข้หวัดใหญ่หลายชนิดมีให้บริการในรูปของ subunit vaccines และ บริษัท ยาหลายแห่งกำลังทำงานเกี่ยวกับการใช้เทคโนโลยีเพื่อการพัฒนาวัคซีนชนิดอื่นเช่นกัน ข้อได้เปรียบหลักของการใช้วัคซีนหน่วยย่อยก็คือมันปลอดภัยมากแม้ในคนที่มีระบบภูมิคุ้มกันที่ถูกบุกรุก
ในการผลิตวัคซีนหน่วยย่อย บริษัท ยาจะทำการแยกออกไปหมดยกเว้นโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับแอนติเจนที่จำเพาะและไม่ซ้ำกัน ด้วยการใช้พันธุวิศวกรรมสิ่งมีชีวิตสามารถจัดการได้ดังนั้นพวกเขาจะแสดงโปรตีนเหล่านี้ในปริมาณมากสำหรับการผลิตวัคซีน วัคซีนของหน่วยย่อยนั้นไม่รุนแรงเนื่องจากไม่มีส่วนประกอบทางพันธุกรรมจากไวรัสมีเพียงโปรตีนที่อยู่ด้านนอกของไวรัส
เมื่อฉีดวัคซีนเหล่านี้แล้วระบบภูมิคุ้มกันจะเรียนรู้ที่จะจดจำแอนติเจนและพัฒนาแอนติบอดีจำเพาะ สิ่งนี้ทำให้มั่นใจได้ว่าเมื่อไวรัสเข้าสู่ร่างกายระบบภูมิคุ้มกันจะระบุและกำหนดเป้าหมายเพื่อทำลายก่อนที่มันจะมีโอกาสเริ่มทำซ้ำและก่อให้เกิดโรค เนื่องจากวัสดุในวัคซีน subunit ไม่สามารถเลียนแบบได้ความเสี่ยงของการเกิดอาการไม่พึงประสงค์จึงต่ำมากและวัคซีนนั้นปลอดภัยสำหรับใช้ในผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันไม่ดี
ปัญหาอย่างหนึ่งของเทคนิคการผลิตวัคซีนของหน่วยย่อยคือบางครั้งการแยกโปรตีนจะทำให้พวกมันเสื่อมสภาพทำให้พวกมันมีรูปร่างที่แตกต่างออกไป ระบบภูมิคุ้มกันจะพัฒนาแอนติบอดี้ไปยังโปรตีนที่ถูกทำลาย แต่จะไม่รู้จักโปรตีนของไวรัสในแหล่งกำเนิดบนการเคลือบของไวรัส นักวิจัยบางคนได้กล่าวถึงปัญหานี้โดยการสร้างวัคซีนหน่วยย่อย recombinant ซึ่งโปรตีนจากไวรัสที่เป็นอันตรายจะถูกรวมเข้ากับไวรัสที่ไม่เป็นอันตรายเพื่อการส่งมอบในรูปแบบของวัคซีน สิ่งนี้จะป้องกันไม่ให้โปรตีนทำลายสภาพและสอนระบบภูมิคุ้มกันให้รู้จักโปรตีนบนพื้นผิวของไวรัส
การแยกโปรตีนจำเพาะเป็นการให้โอกาสในการฉีดวัคซีนกับไวรัสหลายสายพันธุ์ซึ่งเป็นลักษณะสำคัญของวัคซีนไข้หวัดใหญ่ งานวิจัยเกี่ยวกับวัคซีนสำหรับไวรัสเอชไอวีของมนุษย์ได้มีส่วนเกี่ยวข้องกับการพัฒนาวัคซีนของหน่วยย่อยที่สามารถใช้โปรตีนเฉพาะเพื่อสอนให้ร่างกายรับรู้และกำจัดเชื้อเอชไอวีโดยไม่ต้องให้ผู้คนเสี่ยงต่อการติดเชื้อไวรัส
