การเปลี่ยน Antigenic เป็นหนึ่งในวิธีที่ไวรัสบางตัวใช้ในการพัฒนาและหลบหนีความสนใจของระบบภูมิคุ้มกันของร่างกาย การเปลี่ยน Antigenic เกิดขึ้นเมื่อมีสปีชี่โฮสต์ใหม่สัมผัสกับเชื้อไวรัสที่ไม่เคยเห็นมาก่อนผ่านการส่งผ่านสปีชีส์ถึงสปีชีส์และผ่านการจัดประเภทใหม่ของสารพันธุกรรม ระบบภูมิคุ้มกันของโฮสต์ใหม่ไม่รู้จักไวรัสอย่างมีประสิทธิภาพเนื่องจากแอนติเจนที่มีอยู่ในไวรัสนั้นแตกต่างจากไวรัสสายพันธุ์ก่อนที่โฮสต์ได้รับการสัมผัส กระบวนการนี้มีการศึกษากันมากที่สุดในโรคไข้หวัดใหญ่และเป็นปัจจัยสำคัญในการวิวัฒนาการของเชื้อไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่
การเปลี่ยนแอนติเจนสามารถอธิบายได้หนึ่งในสามวิธี ไวรัสสองตัวที่ติดเชื้อในเซลล์เดียวกันสามารถสร้างกลุ่มยีนที่ผสมกันเพื่อสร้างสายพันธุ์ไวรัสใหม่ ไวรัสที่หมุนเวียนอยู่ในสายพันธุ์ใดชนิดหนึ่งสามารถกระโดดไปยังโฮสต์สัตว์ใหม่ได้โดยตรง ตัวอย่างเช่นไวรัสนกสามารถข้ามไปยังโฮสต์หมูแล้วไปยังโฮสต์มนุษย์
ไวรัสไข้หวัดใหญ่มีสามประเภทคือ A, B และ C ในประเภทนี้มีเพียงไข้หวัดใหญ่ชนิด A เท่านั้นที่ทำให้เกิดการเจ็บป่วยที่รุนแรงจากการติดเชื้อทั่วโลก ไข้หวัดใหญ่ A มีแอนติเจนที่สำคัญสองชุดคือ neuraminidase (N) และ haemagglutinin (H) ที่ด้านนอกของแคปซูลไวรัส สิ่งเหล่านี้เป็นแอนติเจนที่ระบบภูมิคุ้มกันรับรู้และใช้ในการกำหนดเป้าหมายไวรัสเพื่อการทำลาย ศิลปะของการเปลี่ยนแอนติเจนหมายถึงไวรัสสามารถสลับรอบแอนติเจนเหล่านี้ในระหว่างการจำลองแบบเพื่อสร้างไวรัสใหม่ระบบภูมิคุ้มกันไม่รู้จักในตอนแรก
ตัวอย่างเช่นการระบาดใหญ่ของไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 เกิดจากเชื้อไวรัสชนิดหนึ่งที่มีแอนติเจน H1 และ N1 เป็นที่เชื่อกันว่าไวรัสไข้หวัดใหญ่นี้มีต้นกำเนิดมาจากการแบ่งประเภทพันธุกรรมของไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2 สายพันธุ์ในเซลล์หมู ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคแห่งสหรัฐอเมริกากล่าวว่าไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่นี้ยังมียีนจากเชื้อไข้หวัดนกและสายพันธุ์มนุษย์ แต่ยีนเหล่านี้อาจหมุนเวียนในสุกรมานานหลายทศวรรษก่อนที่จะมีการระบาดใหญ่อันเป็นผลมาจากการเปลี่ยนแปลงของแอนติเจนก่อนหน้า หลังจากการเปลี่ยนแปลงของแอนติเจนในหมูผ่านการจัดประเภททางพันธุกรรมไวรัสก็จะกระโดดไปติดเชื้อในมนุษย์
กระบวนการเปลี่ยนแอนติเจนไม่ควรสับสนกับวิธีอื่นที่ไวรัสใช้เพื่อเปลี่ยนแอนติเจนที่เรียกว่าดริฟตีแอนติเจน Antigenic drift คือการกลายพันธุ์อย่างค่อยเป็นค่อยไปของยีนไข้หวัดใหญ่ที่เปลี่ยนแปลงผลิตภัณฑ์ของยีนไปเล็กน้อย Antigenic drift ทำให้เกิดความแตกต่างเล็กน้อยในอนุภาคของไวรัสที่สามารถหลอกระบบภูมิคุ้มกันให้ไม่รู้ตัวไวรัสได้อย่างมีประสิทธิภาพ
