ภูมิคุ้มกันที่ซับซ้อนหรือที่เรียกว่าคอมเพล็กซ์แอนติเจนและแอนติบอดีเกิดขึ้นจากพันธะของแอนติบอดีกับแอนติเจน แอนติเจนเป็นสารใด ๆ ที่สามารถทำให้ร่างกายผลิตแอนติบอดี ตัวอย่าง ได้แก่ สารพิษจุลินทรีย์และโปรตีนที่แปลกปลอมต่อร่างกาย แอนติบอดีเป็นโปรตีนภูมิคุ้มกันเฉพาะที่ผลิตในร่างกายเนื่องจากแอนติเจน โมเลกุลที่ซับซ้อนในระบบภูมิคุ้มกันช่วยในการต่อสู้กับโรค แต่บางครั้งบุคคลก็ก่อตัวเป็น autoantibodies ที่โจมตีเนื้อเยื่อของตัวเองและทำให้เกิดโรคภูมิต้านทานผิดปกติ
พันธะของแอนติเจนและแอนติบอดีเป็นส่วนสำคัญของระบบภูมิคุ้มกันที่แข็งแรง ตัวอย่างเช่นถ้าคนสัมผัสกับสิ่งมีชีวิตที่ทำให้เกิดโรคเซลล์เม็ดเลือดขาวหรือที่รู้จักกันว่าเซลล์ B จะทำให้เกิดการผลิตของแอนติบอดี โมเลกุลใหม่ประกอบด้วยพันธะของแอนติเจนและแอนติบอดีเป็นคอมเพล็กซ์ภูมิคุ้มกัน โดยปกติแล้วแมคโครฟาจในเซลล์ม้ามและเซลล์ Kupffer ในตับจะกำจัดโมเลกุลเหล่านี้ Macrophages คำที่ประกอบด้วยคำภาษากรีกสำหรับคำใหญ่และผู้กินคือเซลล์เม็ดเลือดขาวที่อยู่ในเนื้อเยื่อ
Phagocytes หรือแมคโครฟาจกินและย่อยโมเลกุลที่ซับซ้อนของระบบภูมิคุ้มกัน นี่เป็นสิ่งสำคัญในการสร้างภูมิคุ้มกันที่มีมา แต่กำเนิดและปรับตัว หนึ่งแมคโครฟาจสามารถกินแบคทีเรียได้มากกว่า 100 ชนิดก่อนตาย หากกลุ่มที่ซับซ้อนของภูมิคุ้มกันไม่ถูกลบออกโดยแมคโครฟาจหรือเซลล์ Kupffer พวกมันจะยังคงไหลเวียนอยู่ ในที่สุดพวกเขาจะติดอยู่ในเนื้อเยื่อของมนุษย์และอาจทำให้เกิดความผิดปกติของภูมิต้านทานผิดปกติ, การติดเชื้อและมะเร็ง
โรคต่าง ๆ มากมายสามารถเกิดขึ้นได้เมื่อโมเลกุลที่ซับซ้อนของภูมิคุ้มกันสร้างขึ้นในกระแสเลือดหรือเนื้อเยื่อ ผู้ที่เป็นที่รู้จัก ได้แก่ เบาหวานประเภท 1 โรคโครห์นโรคสะเก็ดเงินมาลาเรียและไวรัสตับอักเสบ ในเบาหวานชนิดที่ 1 แอนติเจน - แอนติบอดีที่ซับซ้อนทำให้เกิดการทำลายภูมิต้านทานผิดปกติของเซลล์เบต้าที่ผลิตอินซูลินในตับอ่อน เมื่อโมเลกุลก่อให้เกิดโรคแพ้ภูมิตัวเองซึ่งทำให้ลำไส้พองตัวเป็นที่รู้จักกันว่าเป็นโรคของโครห์น
กลุ่มอาการ Guillain-Barré, โรคแอดดิสันและกลุ่มอาการของโรค Sjogren ยังเป็นโรคแพ้ภูมิตัวเองที่ไม่ค่อยเป็นที่รู้จัก พรึบมีมากกว่า 80 โรคแพ้ภูมิตัวเอง นักวิจัยบางคนเชื่อว่าความเหนื่อยล้าเรื้อรังและ fibromyalgia อาจเป็นโรคที่เกิดจากโมเลกุลที่ซับซ้อนของภูมิคุ้มกันที่ไม่ถูกลบออกจากร่างกายอย่างมีประสิทธิภาพ
ในรูปแบบที่ขัดแย้งกันโมเลกุลที่ซับซ้อนของระบบภูมิคุ้มกันสามารถช่วยร่างกายในการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันที่แข็งแรงหรืออาจก่อให้เกิดอันตรายได้ การยึดเกาะแอนติบอดีกับแอนติเจนนั้นมีประโยชน์อย่างมากในการต่อสู้กับความเจ็บป่วยหรือกำจัดสารพิษออกจากร่างกาย ระบบภูมิคุ้มกันแข็งแรงขึ้นอยู่กับโมเลกุลเหล่านี้ก่อตัว อย่างไรก็ตามหากโมเลกุลเหล่านี้ไม่ถูกกรองออกจากร่างกายโดยเซลล์แมคโครฟาจหรือเซลล์ Kupffer โรคต่าง ๆ มากมายก็สามารถเกิดขึ้นได้
