การติดเชื้อในลำไส้เป็นการติดเชื้อที่เกิดจากไวรัสแบคทีเรียหรือปรสิตที่มีผลต่อระบบทางเดินอาหารในร่างกาย สิ่งมีชีวิตเล็ก ๆ ที่เรียกว่าเชื้อโรคก่อให้เกิดโรคและการติดเชื้อในกระเพาะอาหารและลำไส้ อาการทั่วไปที่มาพร้อมกับการติดเชื้อในลำไส้ทุกชนิดมักมีอาการคลื่นไส้อาเจียนและท้องเสีย
Rotavirus เป็นเชื้อไวรัสที่เกิดขึ้นเมื่อมีคนสัมผัสอุจจาระของมนุษย์ที่ติดเชื้อ ส่วนใหญ่มีผลกระทบต่อเด็กที่อายุน้อยและมักพบในโรงเรียนสถานรับเลี้ยงเด็กหรือบ้านที่มีเด็กเล็ก ในขณะที่การติดเชื้อในลำไส้โดยไวรัสนี้ไม่จำเป็นต้องได้รับการรักษา แต่ไข้ที่มาพร้อมกับอาเจียน, ท้องร่วงและปวดท้องสามารถอยู่ได้นานถึงหนึ่งสัปดาห์
ไวรัสตับอักเสบเอเป็นไวรัสที่มีผลต่อผู้ที่กินปลาจากน้ำที่ปนเปื้อนหรืออาหารที่ปลูกในดินที่มีการปนเปื้อน การแบ่งปันอาหารและเครื่องดื่มกับผู้ที่ปนเปื้อนการแบ่งปันเข็มฉีดยาและการมีเพศสัมพันธ์นั้นเป็นวิธีการแพร่กระจายของการติดเชื้อไวรัสตับอักเสบเอ ไวรัสตับอักเสบเอสามารถทำให้ตับถูกทำลายได้และผู้ที่ติดเชื้อมักจะอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์
Salmonella เป็นแบคทีเรียที่ทำให้เกิดการติดเชื้อในลำไส้ แบคทีเรียชนิดนี้มีหลายสายพันธุ์ที่อาจก่อให้เกิดปัญหารุนแรงน้อยถึงรุนแรงเกี่ยวกับอาการคลื่นไส้อาเจียนท้องเสียและปวดท้องอย่างรุนแรง การรับประทานเนื้อสัตว์หรือผลิตภัณฑ์ที่ไม่สุกซึ่งมาจากสัตว์ที่มีการปนเปื้อนจะทำให้เกิดพิษจากเชื้อ
Escherichia coli หรือที่ เรียกกันว่า E. coli ก็มีสายพันธุ์ที่แตกต่างกันเช่น Salmonella สายพันธุ์เฉพาะของ เชื้อ E. coli ที่อันตรายที่สุดมาจากวัวที่ปนเปื้อน การรับประทานเนื้อวัวที่ไม่สุกและบริโภคผลิตภัณฑ์นมหรือน้ำผลไม้ที่ไม่ผ่านการฆ่าเชื้อในสถานที่ทำให้บุคคลเสี่ยงต่อการติดเชื้อแบคทีเรีย อีโคไล
Staphylococcus เป็นแบคทีเรียที่ทำให้อาหารเป็นพิษ การปล่อยให้อาหารนั่งที่อุณหภูมิห้องจะทำให้สารพิษสะสมและผลิตแบคทีเรียนี้ การติดเชื้อแบคทีเรียชนิดอื่น ได้แก่ Listeriosis , Clostridium difficile , Campylobacteriosis และ Shigellosis
การติดเชื้อปรสิตภายในลำไส้สามารถเกี่ยวข้องกับเวิร์มที่มีขนาดใหญ่พอที่จะมองเห็นได้ด้วยตาเปล่าหรือโปรโตซัวเล็ก ๆ หรืออะมีบาที่สามารถมองเห็นได้โดยใช้กล้องจุลทรรศน์ พยาธิตัวตืดพยาธิตัวกลมและพยาธิใบไม้อาศัยอยู่ในลำไส้และกินอาหารที่เรากินมักจะทำให้เราขาดสารอาหาร โพรโทซัวและอะมีบานั้นมีขนาดเล็กมากจนสามารถเคลื่อนย้ายไปยังส่วนต่าง ๆ ของร่างกายผ่านทางกระแสเลือดและเป็นอันตรายมาก ผู้ที่ติดเชื้อปรสิตจำเป็นต้องได้รับการดูแลจากแพทย์
การติดเชื้อในลำไส้ทุกชนิดมักจะสามารถหลีกเลี่ยงได้ เพื่อหลีกเลี่ยงการติดเชื้อจำเป็นต้องล้างเตรียมและปรุงอาหารทุกอย่างให้ถูกต้องเพื่อฆ่าไวรัสและแบคทีเรีย การล้างมือให้สะอาดก่อนและหลังการสัมผัสอาหารหรือผู้ที่ปนเปื้อนสามารถฆ่าเชื้อได้ก่อนที่จะเริ่ม หากคนติดเชื้อการติดเชื้อส่วนใหญ่จะหายไปเองด้วยการพักอย่างเหมาะสมและให้ความชุ่มชื้นแก่ร่างกาย เด็กเล็กผู้สูงอายุและผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอมีความไวต่อการเกิดอาการรุนแรงที่อาจนำไปสู่ความตายหากไม่ได้รับการรักษา


