แอนติเจนเป็นโมเลกุลที่อาจเป็นอันตรายและการประมวลผลแอนติเจนหมายถึงวิธีทางชีวภาพในการระบุโมเลกุลเหล่านี้และจัดการกับสิ่งที่เป็นอันตรายต่อร่างกาย แอนติเจนที่ผลิตโดยร่างกายมักจะถูกทิ้งไว้ตามลำพังในขณะที่การบุกรุกโมเลกุลต่างประเทศเข้าสู่ร่างกายนั้นจะถูกทำให้เป็นกลางหรือถูกทำลาย มีสองวิธีที่แอนติเจนถูกประมวลผลในร่างกายและแต่ละเซลล์เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันต่างกัน ทางเดินภายนอกจะจัดการกับอนุภาคภายในเซลล์และทางเดินจากภายนอกจะทำหน้าที่ควบคุมอนุภาคที่ไม่คุ้นเคยนอกเซลล์
เส้นทางภายนอกของการประมวลผลแอนติเจนส่วนใหญ่จัดการกับไวรัสหรือโปรตีนที่ทำโดยร่างกายและเรียกว่าแอนติเจนของตัวเอง ภายในเซลล์ไวรัสหรือแอนติเจนเองถูกแบ่งออกเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อยและแนะนำให้รู้จักกับโมเลกุลขนาดใหญ่ที่เรียกว่า histocompatibility complex (MHC) Class โมเลกุล MHC เชื่อมต่อกับแอนติเจนส่งผ่านไปยังเยื่อหุ้มเซลล์และนำเสนอไปยัง T-cells ในเลือด ในระหว่างขั้นตอนการนำเสนอ antigen แอนติเจนของตัวเองจะถูกละเว้นโดย T-cells แต่อนุภาคของไวรัสก่อให้เกิดการตอบสนอง เพื่อป้องกันไม่ให้ไวรัสแพร่กระจาย cytolytic T-cells จะกำจัดเซลล์ที่ติดเชื้อ
ทางเดินภายนอกของการประมวลผลแอนติเจนเข้าร่วมกับอนุภาคที่ไม่คุ้นเคยในเลือด เซลล์ที่สร้างแอนติเจน (APC) จะใช้ผู้บุกรุกจากต่างประเทศซึ่งมักจะเป็นแบคทีเรียผ่านกระบวนการของการสร้างสารเอนโดโทซิส ตัวอย่างของ APCs รวมถึงแมคโครฟาจ, เซลล์ B และเซลล์ dendritic ภายใน APC อนุภาคสิ่งแปลกปลอมจะถูกเก็บไว้ในตุ่มที่แตกออกเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อย เมื่อตุ่มนี้รวมกับตุ่มอื่นที่เต็มไปด้วยโมเลกุล Class II MHC โมเลกุล MHC จะเชื่อมโยงกับชิ้นส่วน
ตุ่มรวมจะย้ายไปที่เยื่อหุ้มเซลล์เพื่อนำเสนอแอนติเจนซึ่งโมเลกุล MHC นำเสนอแอนติเจนไปยัง T-cells ในเลือด แทนที่จะเป็น cytolytic T-cells ตัวช่วย T-cells ทำปฏิกิริยากับแอนติเจนที่แสดงใน APCs Helper T-cells ช่วย B-cells ผลิตแอนติบอดีต่อต้านแบคทีเรีย เมื่อแอนติบอดีถูกสร้างขึ้นสำหรับแบคทีเรียชนิดใดชนิดหนึ่งผู้กระทำผิดในอนาคตชนิดเดียวกันจะได้รับการยอมรับอย่างรวดเร็วมากขึ้นโดยระบบภูมิคุ้มกัน สิ่งนี้ก่อให้เกิดการตอบสนองของสารโพลีโคลนอลซึ่งบี - เซลล์จำนวนมากผลิตแอนติบอดีจำนวนมากเมื่อเทียบกับแอนติเจนเดียวกัน
การประมวลผลแอนติเจนอาจเป็นอันตรายต่อร่างกายหากบุคคลนั้นมีโรคภูมิต้านทานตนเองเช่นโรค celiac หรือโรคไขข้ออักเสบ ในบุคคลที่เป็นโรคภูมิต้านทานตนเองร่างกายจะระบุแอนติเจนของตนเองอย่างไม่ถูกต้องว่าเป็นผู้บุกรุกจากต่างประเทศและโจมตีพวกมัน ปฏิกิริยาการแพ้ยังเกิดจากการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันที่ไม่เหมาะสมซึ่งระบบภูมิคุ้มกันมีปฏิกิริยาต่อแอนติเจนมากเกินไปทำให้เกิดการอักเสบ
