การปนเปื้อนของแบคทีเรียเป็นสถานการณ์ที่เกิดขึ้นเมื่อแบคทีเรียอยู่ในตำแหน่งที่ไม่ควรจะเป็น มักจะใช้เพื่ออ้างถึงการปนเปื้อนของอาหารโดยแบคทีเรียที่อาจทำให้เกิดโรค แต่การปนเปื้อนของแบคทีเรียสามารถเกิดขึ้นได้ในสถานที่อื่น ๆ สถานการณ์นี้ไม่เป็นที่ต้องการเพราะสามารถก่อให้เกิดภัยคุกคามสุขภาพและทำให้เกิดปัญหาอื่น ๆ เป็นผลให้มีการดำเนินการตามขั้นตอนเพื่อหลีกเลี่ยงการปนเปื้อนของแบคทีเรียในการตั้งค่าที่สามารถเป็นปัญหาได้
ในกรณีของอาหารการปนเปื้อนของแบคทีเรียสามารถเกิดขึ้นได้หลายขั้นตอนตลอดห่วงโซ่อุปทานตั้งแต่ผู้ผลิตจนถึงโต๊ะอาหารเย็น แบคทีเรียสามารถพบได้ในน้ำและดินและขี่ไปกับพืช พวกเขายังสามารถถ่ายโอนจากคนที่จัดการกับอาหารหรือแนะนำให้รู้จักกับอาหารผ่านอุปกรณ์สกปรกตั้งแต่อุปกรณ์บรรจุภัณฑ์ที่เปื้อนเปรอะเปื้อนไปจนถึงกระทะสกปรกในร้านอาหาร การปนเปื้อนของแบคทีเรียที่บ้านมักเกิดขึ้นจากการทิ้งอาหารไว้บนเคาน์เตอร์ไม่ทำให้อาหารเย็นหรือล้างมือก่อนจัดการอาหาร เมื่ออยู่ในอาหารแบคทีเรียสามารถเพิ่มจำนวนได้ทำให้กระโดดไปยังโฮสต์ของมนุษย์เมื่อมีคนกินอาหาร
การปนเปื้อนแบคทีเรียอาจเป็นปัญหาในคลินิกการแพทย์ห้องผ่าตัดและสถานพยาบาลอื่น ๆ แบคทีเรียสามารถถ่ายโอนจากผู้ป่วยหรือผู้ให้บริการด้านการดูแลสุขภาพและพวกเขาอาจลงเอยด้วยเครื่องมือผ่าตัดเครื่องมือแพทย์ลูกบิดประตูและสถานที่อื่น ๆ อีกมากมาย ในการดูแลสุขภาพการปนเปื้อนของแบคทีเรียเป็นปัญหาใหญ่โดยเฉพาะอย่างยิ่งเพราะคนป่วยมีความเสี่ยงที่จะป่วยมากขึ้นหากพวกเขาสัมผัสกับแบคทีเรียที่เป็นอันตราย
ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์การปนเปื้อนของแบคทีเรียในตัวอย่างอาจเป็นปัญหาเช่นเดียวกับการปนเปื้อนของตัวอย่างที่นำมาวิเคราะห์โดยนักพยาธิวิทยา การปรากฏตัวของแบคทีเรียที่ไม่พึงประสงค์สามารถทำให้การทดลองเป็นไปในทางที่ผิดทำให้เกิดผลทางพยาธิวิทยาหรือทำให้นักวิจัยสับสน แบคทีเรียแพร่กระจายอย่างรวดเร็วผ่านห้องปฏิบัติการผ่านพื้นผิวที่หลากหลายรวมถึงอุปกรณ์ที่ไม่ผ่านการฆ่าเชื้ออย่างเหมาะสมมือสกปรกและผ่านระบบระบายอากาศ
การป้องกันการปนเปื้อนของเชื้อแบคทีเรียเป็นเรื่องที่ท้าทาย การรักษาพื้นที่ให้สะอาดและปฏิบัติตามขั้นตอนการจัดการที่เหมาะสมเป็นส่วนสำคัญในการป้องกัน ขั้นตอนง่ายๆเช่นการล้างมือจุ่มรองเท้าในอ่างต้านเชื้อแบคทีเรียหลังจากออกจากห้องของผู้ป่วยและการสวมถุงมือเพื่อจัดการกับสิ่งส่งตรวจสามารถลดความเสี่ยงต่อการแพร่เชื้อแบคทีเรียจากที่หนึ่งไปอีกที่หนึ่ง นอกจากนี้ยังเป็นสิ่งสำคัญที่จะต้องทำการทดสอบเป็นประจำเพื่อตรวจสอบการปนเปื้อนของแบคทีเรียเพื่อให้สามารถระบุได้ก่อนที่จะทำให้คนป่วยหรือทำให้เกิดปัญหากับการทดสอบหรือการทดสอบ
