การหาลำดับเบสไบซัลไฟต์เป็นวิธีการวิเคราะห์ภูมิภาคต่างๆของ DNA โดยใช้เมทิลเลชั่น methylation เป็นกระบวนการของการเพิ่มโมเลกุลเฉพาะที่เรียกว่ากลุ่มเมทิลไปยังนิวคลีโอไทด์ในกรณีนี้มักจะเป็นไซโตซีน นิวคลีโอไทด์ที่ไม่ใช้งานมักจะเป็นเมทิลดังนั้นวิธีนี้สามารถนำมาใช้เพื่อจุดประสงค์ที่หลากหลายตั้งแต่การหาบริเวณแอคทีฟของจีโนมจนถึงการระบุภูมิภาคที่อุดมด้วยยีน ในการหาลำดับไบซัลไฟต์เมธิลไซโตนินจะไม่ได้รับผลกระทบจากกระบวนการเรียงลำดับในขณะที่ไซโตซีนที่ไม่ใช่เมธิลจะถูกแปลงเป็น uracil นิวคลีโอไทด์มักไม่พบในสารพันธุกรรมกรด deoxyribonucleic
วิธีนี้มีความไวต่อการเปลี่ยนแปลงของเมทิลเลชันดังนั้นการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยในการจับสามารถให้ข้อมูลเฉพาะนักวิจัยเกี่ยวกับนิวคลีโอไทด์โดยเฉพาะ โซเดียมไบซัลไฟต์จะเปลี่ยนไซโตซินเป็นยูราซิล แต่การเปลี่ยนแปลงจะเกิดขึ้นในสภาพแวดล้อมที่ไซโตซีอีนของเมทิลเลตจะไม่ได้รับการเปลี่ยนแปลงนี้ เมื่อการจัดลำดับไบซัลไฟต์เสร็จสมบูรณ์ DNA ดั้งเดิมจะถูกแปลงเป็นโมเลกุลที่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ Cytosines จะหมดลงอย่างมากหรือขาดหายไป หากยังคงพบไซโตซีนในโมเลกุลที่ถูกดัดแปลงนี้มันก็จะแสดงไซโตซีอีนตามธรรมชาติในจีโนมภายใต้การพิจารณา
เช่นเดียวกับโปรโตคอลทดลองทั้งหมดการเรียงลำดับไบซัลไฟต์มีข้อเสีย ข้อเสียเปรียบที่สำคัญที่สุดคือต้องใช้ความเข้มข้นของเกลือสูงมากเพื่อให้ทำงานได้อย่างถูกต้อง เกลือช่วยให้การหลอมดีเอ็นเอแบบเส้นเดี่ยวเป็นเกลียวคู่ที่เป็นธรรมชาติยิ่งขึ้นและโซเดียมไบซัลไฟต์ไม่สามารถเข้าถึงไซโตซีนได้เสมอเมื่อพวกมันเป็นส่วนหนึ่งของดีเอ็นเอแบบเกลียวคู่ หากความเข้มข้นของเกลือสูงเกินไปไซโตซินจำนวนมากอาจไม่ถูกแปลงเป็นยูราซิลทำให้เกิดการระบุที่ผิดพลาดของไซโตซิน methylated ภายในจีโนม ตัวแทนการทำลายล้างอาจจำเป็นต้องลดจำนวนการระบุบวกปลอม
ข้อมูลจีโนมจำนวนมากไม่จำเป็นสำหรับการหาลำดับไบซัลไฟต์ดังนั้นวิธีนี้จึงมีประโยชน์ในการวิเคราะห์ตัวอย่างทางคลินิก แหล่งกรดนิวคลีอิกดั้งเดิมไม่สำคัญ แต่แหล่งที่มาต้องเป็น DNA ในทางทฤษฎีกรด ribonucleic (RNA) สามารถถูกจัดลำดับโดยใช้วิธีนี้เนื่องจาก RNA ส่วนใหญ่เป็นแบบเส้นเดี่ยวและไม่น่าจะเป็นผลบวกต่อการเท็จเนื่องจากนิวคลีโอไทด์ที่ถูกบล็อก อย่างไรก็ตามเมื่อนำไปใช้ในทางปฏิบัติการจัดลำดับไบซัลไฟต์ไม่เป็นประโยชน์สำหรับ RNA เนื่องจาก RNA นั้นมี uracil อยู่ในนั้น หากไม่มีการทำเครื่องหมายภายนอกหรือเพิ่มเติมจากโปรโตคอลบางอย่างไซโตซีนที่ได้รับการดัดแปลงจะแยกไม่ออกจาก uracil ธรรมชาติ
เมื่อดำเนินการวิธีการเรียงลำดับความแม่นยำและความแม่นยำเป็นสิ่งจำเป็น วิธีการที่ละเอียดอ่อนเช่นการจัดลำดับไบซัลไฟต์มีวิธีการวิเคราะห์ลำดับที่เชื่อถือได้ซึ่งจะช่วยในการวิเคราะห์ยีนและการระบุเป้าหมายสำหรับยาและการบำบัด แม้ว่าวิธีนี้จะไม่สามารถใช้กับคนที่ยังมีชีวิตอยู่ได้ แต่ก็ยังสามารถช่วยได้มากเมื่อมีตัวอย่างเนื้อเยื่อเพียงเล็กน้อยเท่านั้นที่สามารถใช้งานได้
