ระบบทางเดินอาหารคลินิกคือการศึกษาและการรักษาโรคของระบบย่อยอาหาร แพทย์ที่มีความเชี่ยวชาญในการศึกษาและรักษาความผิดปกติของระบบทางเดินอาหารรวมถึงการทำงานที่ดีต่อสุขภาพนั้นเรียกว่าแพทย์ระบบทางเดินอาหาร เครื่องมือวินิจฉัยหลักของระบบทางเดินอาหารคือกล้องเอนโดสโคปซึ่งสามารถตรวจจับความผิดปกติเช่นโรคมะเร็งติ่งเนื้อและลำไส้ใหญ่อักเสบเป็นต้น
คลินิกระบบทางเดินอาหารเป็นสาขาเฉพาะของการแพทย์ตะวันตก แพทย์ที่เชี่ยวชาญในสาขานี้จะเรียกว่าแพทย์ระบบทางเดินอาหาร แพทย์ระบบทางเดินอาหารจะต้องสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีและดำเนินการต่อการศึกษาของพวกเขาด้วยปริญญาแพทยศาสตร์หมอของกระดูก หลังจากการศึกษาเสร็จสิ้นแพทย์เหล่านี้จะต้องดำเนินการเป็นพันธมิตรระบบทางเดินอาหารเพื่อที่จะสรุปความเชี่ยวชาญของพวกเขา
ความเข้าใจที่ครอบคลุมเกี่ยวกับการทำงานปกติและมีสุขภาพดีของระบบทางเดินอาหารเป็นงานแรกของระบบทางเดินอาหารทางคลินิก ในการระบุโรคและความผิดปกติของระบบย่อยอาหารสิ่งสำคัญคือต้องเข้าใจก่อนว่าอวัยวะและระบบย่อยอาหารควรทำหน้าที่อย่างไร สาขานี้ครอบคลุมการศึกษาสุขภาพและโรคของหลอดอาหารกระเพาะอาหารและตับอ่อนในอวัยวะอื่น ๆ
ระบบทางเดินอาหารคลินิกนำไปใช้กับความผิดปกติของการย่อยอาหารที่แตกต่างกัน บางส่วนที่พบมากที่สุดของความผิดปกติของการย่อยอาหารเหล่านี้รวมถึงติ่งลำไส้ใหญ่มะเร็งและอาการลำไส้แปรปรวน นอกจากนี้ยังเกี่ยวข้องกับการศึกษาและรักษาโรคของตับถุงน้ำดีและตับอ่อนเช่นตับอักเสบถุงน้ำดีและโรคระบบทางเดินน้ำดีและตับอ่อนอักเสบ การดูดซึมสารอาหารและปัญหาโภชนาการยังเป็นปัญหาของระบบทางเดินอาหาร
หนึ่งในเครื่องมือวินิจฉัยหลักของระบบทางเดินอาหารคลินิกคือลำไส้ใหญ่ การส่องกล้องตรวจลำไส้ใหญ่เกี่ยวข้องกับหลอดที่บางและยาวพร้อมกับกล้องและแสงที่ติดอยู่กับปลายที่เรียกว่าหุนหัน กล้องเอนโดสโคปจะถูกสอดเข้าไปในทวารหนักและทำงานอย่างช้าๆและค่อยๆเข้าไปในลำไส้ใหญ่และลำไส้ใหญ่ในขณะที่ผู้ป่วยมีความใจเย็น ด้วยเครื่องมือนี้แพทย์ระบบทางเดินอาหารสามารถเห็นติ่งเลือดออกหรืออาการอื่น ๆ ของโรคทางเดินอาหาร กล้องเอนโดสโคปยังช่วยให้แพทย์สามารถกำจัดติ่งเนื้อและนำตัวอย่างเนื้อเยื่อจากทางเดินอาหาร
อีกเครื่องมือวินิจฉัยที่คล้ายกันของระบบทางเดินอาหารคลินิกคือการส่องกล้องด้านบน เครื่องมือส่องกล้องด้านบนใช้เครื่องมือส่องกล้องแบบเดียวกับที่ต้องใช้กล้องส่องตรวจลำไส้ใหญ่ แต่คราวนี้จะสอดเข้าไปในปากแทนทวารหนัก จากปาก, กล้องเอนโดสโคปจะทำงานช้าๆและค่อยๆเข้าไปในหลอดอาหารและกระเพาะอาหาร ส่องกล้องด้านบนสามารถตรวจจับติ่งอิจฉาริษยาและแผล กล้องเอนโดสโคปสามารถเอาติ่งเนื้อและนำตัวอย่างเนื้อเยื่อของกระเพาะอาหารไปตรวจดูว่ามีการติดเชื้อแบคทีเรียหรือไม่ เมื่อมีปัญหาในการกลืนเนื่องจากหลอดอาหารมีขนาดแคบลงกล้องเอนโดสโคปอาจถูกนำมาใช้เพื่อยืดหลอดอาหารด้วยตัวขยายหรือบอลลูน
