มาลาเรียเฉพาะถิ่นเป็นมาลาเรียที่ยังคงมีอยู่ตามธรรมชาติและต่อเนื่องในภูมิภาคเนื่องจากมีพาหะนำโรคจำนวนมากเพื่อให้มั่นใจว่าจะยังคงผ่านเข้าสู่สังคมต่อไป ประเทศที่มาลาเรียเป็นโรคประจำถิ่นตั้งอยู่ในเขตร้อนเป็นหลักและมีแนวโน้มที่จะเป็นประเทศกำลังพัฒนาที่มีโครงสร้างพื้นฐานด้านสาธารณสุขที่ จำกัด สำหรับการต่อสู้กับโรค การต่อสู้กับมาลาเรียทั่วโลกรวมถึงการให้ความสำคัญกับการจัดการกับมาลาเรียเฉพาะถิ่นโดยมีจุดประสงค์เพื่อกำจัดโรคมาลาเรียออกจากภูมิภาคเหล่านี้เพื่อกำจัดแหล่งธรรมชาติของโรค
มาลาเรียกลายเป็นโรคประจำถิ่นในหลายภูมิภาค ปรสิตตัวนี้ต้องการยุงชนิดเฉพาะซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของวงจรชีวิตของมันและไม่สามารถแพร่กระจายในพื้นที่ที่ไม่ได้รับการสนับสนุน เขตร้อนมีแนวโน้มที่จะต้อนรับยุงอย่างมากเพราะความอบอุ่นและแหล่งน้ำที่เพียงพอ ในพื้นที่ที่มีการควบคุมยุงที่ จำกัด อาจเป็นการยากที่จะป้องกันแมลงที่ติดเชื้อจากการกัดคนและส่งผ่านการติดเชื้อ
หากประชากรมนุษย์ใช้การป้องกันโรคมาลาเรียการกัดเหล่านี้ไม่ใช่ปัญหาเนื่องจากปรสิตไม่สามารถอยู่รอดในร่างกายของพวกเขาได้ อย่างไรก็ตามการใช้ยาป้องกันโรคอย่างไม่สอดคล้องกันหรือไม่ก็สร้างหนทางสำหรับการติดเชื้อมาลาเรียและผู้ป่วยที่ติดเชื้อจะเพิ่มอายุการใช้งานของปรสิตต่อไปโดยยุงจะกินอาหารและเก็บเลือดที่ติดเชื้อ ผู้คนเดินทางไปด้วยนำปรสิตติดตัวไปด้วยและสร้างเวกเตอร์ใหม่ที่ไม่มีที่สิ้นสุด
ความพยายามในการควบคุมมาลาเรียเฉพาะถิ่นนั้นรวมถึงการพยายาม จำกัด ประชากรยุงและการติดต่อระหว่างแมลงและมนุษย์เช่นการใช้ยาฆ่าแมลงการตรวจคัดกรองบ้านและเตียงเพื่อป้องกันแมลงจากการเข้าไปข้างในและการใช้ยาที่มีสารประกอบที่ทำให้เกิดภาวะมีบุตรยากในยุง แมลงจากการผสมพันธุ์ การให้การป้องกันโรคมาลาเรียในราคาไม่แพงและการรักษาเป็นอีกมาตรการหนึ่งสำหรับแก้ไขปัญหานี้ ผู้เดินทางไปยังภูมิภาคที่มีมาลาเรียประจำถิ่นมักจะได้รับคำแนะนำให้ใช้ยาป้องกันโรคเพื่อไม่ให้นำเชื้อกลับบ้าน
ในประเทศที่โครงสร้างพื้นฐานด้านสุขภาพของประชาชนอ่อนแอและได้รับการสนับสนุนไม่ดีมาลาเรียประจำถิ่นก็ยากที่จะต่อสู้ อาจมีภูมิภาคที่ผู้คนมีไวรัสอยู่ภายใต้การควบคุม แต่ในที่อื่น ๆ นั้นอาจแพร่หลายและพบบ่อยมาก ในขณะที่ผู้คนเดินทางไปมาระหว่างภูมิภาคพวกเขานำปรสิตไปมากับพวกเขาทำให้เกิดโรคใหม่ นโยบายการควบคุมโรคมาลาเรียที่สอดคล้องกันและสม่ำเสมอก็ต้องข้ามพรมแดนด้วยเช่นกันเนื่องจากโปรแกรมที่เข้มงวดในประเทศใดประเทศหนึ่งจะทำได้ดีเพียงเล็กน้อยหากประเทศที่อยู่ใกล้เคียงมีโปรแกรมที่ไม่มีประสิทธิภาพสำหรับการควบคุมโรคมาลาเรีย
