ระบบย่อยอาหารของมนุษย์เริ่มต้นในปากและขยายไปถึงทวารหนัก ฟลอรา Gut หมายถึงจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในทางเดินอาหาร จุลินทรีย์เหล่านี้มักไม่เป็นอันตราย การกระจายของพวกเขาแตกต่างกันไปตามที่ตั้งของลำไส้และในหมู่บุคคล พวกเขามีบทบาทสำคัญในการป้องกันโครงสร้างและการเผาผลาญของลำไส้
แบคทีเรียเป็นจุลินทรีย์สำคัญในลำไส้ พวกเขาครองทั้ง jejunum และ ileum ของลำไส้เล็กส่วนปลายรวมถึงลำไส้ใหญ่ สารคัดหลั่งที่เป็นกรดตับอ่อนและน้ำดีป้องกันไม่ให้ลำไส้และลำไส้เล็กส่วนต้นอุดตันในลำไส้ใหญ่ แอโรบิกแบคทีเรียเช่นแอโรบิกแลคโตบาซิลลัสและ enterococci เป็นฟลอร่าลำไส้ที่โดดเด่นใน jejunum, และ ileum และลำไส้ใหญ่ถูกครอบงำโดยแบคทีเรียแบบไม่ใช้ออกซิเจนเช่น bifidobacteria, Escherichia coli, และแอนนาโรบิคแลคติก ในลำไส้ผู้ใหญ่อาจมีการเปลี่ยนแปลงบางอย่างในประชากรแบคทีเรียเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงในอายุ, อาหาร, วิถีชีวิตและสภาพแวดล้อม
ภายใต้สภาวะปกติโฮสต์ของมนุษย์และพืชในลำไส้นั้นมีความสัมพันธ์ทางชีวภาพที่ทั้งสองเป็นประโยชน์ซึ่งกันและกัน โฮสต์ของมนุษย์ให้อาหารและสภาพแวดล้อมที่มั่นคงสำหรับพืชในลำไส้ ในขณะเดียวกันพืชในลำไส้ให้ประโยชน์แก่โฮสต์ของมนุษย์โดยการป้องกันการตั้งอาณานิคมของแบคทีเรียที่เป็นอันตรายในลำไส้ป้องกันการอักเสบในลำไส้ทำให้เกิดการพัฒนาระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายเพิ่มการดูดซึมอาหารและน้ำและสังเคราะห์วิตามิน K และ B 12
การเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่เป็นอันตรายจะถูกป้องกันผ่านสิ่งกีดขวางซึ่งหมายถึงการยึดมั่นของพืชในลำไส้ที่เยื่อบุลำไส้แข่งขันและยับยั้งการบุกรุกของแบคทีเรียที่เป็นอันตราย บทบาทในการป้องกันการอักเสบในลำไส้และในการพัฒนาระบบภูมิคุ้มกันมีสาเหตุมาจากความสามารถของฟลอราลำไส้ในการกระตุ้นเนื้อเยื่อน้ำเหลืองในลำไส้เพื่อผลิตแอนติบอดีต่อแบคทีเรียที่เป็นอันตราย การเจริญเติบโตของเนื้อเยื่อน้ำเหลืองอาจเกิดจากการกระทำของกรดไขมันสายสั้นซึ่งเป็นผลิตภัณฑ์จากการหมักคาร์โบไฮเดรตจากแบคทีเรีย นอกจากนี้กรดไขมันสายสั้นยังควบคุมการเพิ่มจำนวนและความแตกต่างของเซลล์เยื่อบุลำไส้ที่ช่วยในการป้องกันการบาดเจ็บของเยื่อบุลำไส้
นอกเหนือจากการหมักคาร์โบไฮเดรตแล้วเอนไซม์ที่ผลิตโดยพืชในลำไส้ยังช่วยเพิ่มการดูดซับคาร์โบไฮเดรต เอนไซม์เหล่านี้ย่อยคาร์โบไฮเดรตเป็นรูปแบบของพลังงานที่มีประโยชน์และสารอาหารสำหรับมนุษย์ นอกจากนี้การดูดซึมน้ำและแร่ธาตุในอาหารเช่นเหล็กแคลเซียมและแมกนีเซียมซึ่งมีความสำคัญในการเผาผลาญของร่างกายมนุษย์ก็เพิ่มขึ้นเช่นกัน
