พยาธิวิทยาคือการศึกษาการเปลี่ยนแปลงของเนื้อเยื่อเซลล์และอวัยวะภายในร่างกายอันเป็นผลมาจากโรค การเกิดโรคเป็นคำที่นำไปใช้กับเชื้อโรคที่มีความสามารถในการก่อให้เกิดโรคติดเชื้อภายในร่างกาย ปัญหาสุขภาพที่เกิดจากจุลินทรีย์เหล่านี้รวมถึงการติดเชื้อโปรโตซัวและแบคทีเรียและโรคติดเชื้อ เชื้อก่อโรคของสิ่งมีชีวิตมักถูกอ้างถึงว่ามีความรุนแรง
ระบบทั้งหมดทำงานร่วมกันในร่างกายเพื่อรักษาสภาวะสมดุลหรือกระบวนการทางสรีรวิทยาปกติ Homeostasis เป็นกระบวนการที่ร่างกายสามารถควบคุมอุณหภูมิการเผาผลาญและความดันโลหิตแม้จะมีเงื่อนไขในสภาพแวดล้อมภายนอก หากระบบภายในร่างกายมีการเปลี่ยนแปลงอย่างไรก็ตามอาจเกิดโรคได้ นักพยาธิวิทยาศึกษาโรคต่างๆเพื่อทำความเข้าใจวิธีการทำงานและการรักษาโรค
กลไกการเกิดโรคหมายถึงวิธีการที่โรคเริ่มต้นแล้วพัฒนาเมื่อเวลาผ่านไป เมื่อนักพยาธิวิทยาศึกษาโรคเขาหรือเธอโดยเฉพาะอย่างยิ่งการศึกษากิจกรรมของเซลล์และสรีรวิทยาที่มีส่วนร่วมในการพัฒนาของโรค กระบวนการของการเกิดโรคเกี่ยวข้องกับการกำหนดสิ่งที่ก่อให้เกิดโรคความเสียหายที่เกิดขึ้นและการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นตั้งแต่การปรากฏตัว จุลินทรีย์บางชนิดมักทำให้เกิดโรคหรือเป็นโรคที่เกิดขึ้นในขณะที่คนอื่นไม่ค่อยทำให้เกิดโรค ตัวอย่างเช่นการเกิดโรคของเชื้อก่อโรคฉวยโอกาสไม่เกิดขึ้นอีกในผู้ที่มีสุขภาพที่ดี แต่สามารถทำให้เกิดการติดเชื้อในคนที่มีระบบภูมิคุ้มกันต่ำ
โรคต่าง ๆ เช่นการติดเชื้อเกิดจากจุลินทรีย์ จุลินทรีย์เหล่านี้เป็นเชื้อโรคและรวมถึงแบคทีเรียและโปรโตซัว ความเสียหายต่อร่างกายอันเป็นผลมาจากเชื้อโรคดังกล่าวอาจถูกส่งตรงจากเนื้อเยื่อที่ถูกทำลายหรืออาจเป็นทางอ้อมอันเป็นผลมาจากสารพิษที่ผลิตได้ พยาธิสภาพหรือความรุนแรงของเชื้อโรคเช่นแบคทีเรียและโปรโตซัววัดโดยนักพยาธิวิทยาและพิจารณาจากจำนวนของสิ่งมีชีวิตที่จำเป็นสำหรับโรคที่จะเกิดขึ้น
แบคทีเรียเกี่ยวข้องกับโรคของมนุษย์หลายชนิด การติดเชื้อดังกล่าวอาจเล็กน้อยเช่นตาหรือหูที่ติดเชื้อ นอกจากนี้ยังอาจเป็นอันตรายถึงตายได้เช่นวัณโรคอาการทั่วไปที่มีผลต่อปอดและทำให้เกิดอาการเช่นเหงื่อออกตอนกลางคืนมีไข้และการลดน้ำหนัก เชื้อโรคชนิดนี้สามารถเข้าสู่ร่างกายผ่านทางผิวหนังหรือช่องปากเช่นปากและจมูก โรคเกิดขึ้นเมื่อแบคทีเรียติดเชื้อผลิตสารพิษและสารพิษที่มีพิษทำให้เกิดการอักเสบของเนื้อเยื่อ
เชื้อโรคอีกชนิดคือโปรโตซัวซึ่งเป็นสัตว์ดึกดำบรรพ์ที่ประกอบด้วยเซลล์เดียว พวกมันมีขนาดใหญ่กว่าแบคทีเรีย แต่ก็ยังมีขนาดเล็ก คนส่วนใหญ่มีชีวิตอิสระและสามารถขับถ่ายดูดซึมอาหารและหายใจ อย่างไรก็ตามมีโปรโตซัวบางตัวที่เป็นกาฝากและทำให้เกิดโรคในมนุษย์ Giardiasis เป็นโรคที่เกิดจากโปรโตซัวส่งผลให้เกิดการติดเชื้อในลำไส้ทำให้เกิดอาการท้องร่วง
