อาการเจ็บคอเป็นอาการที่พบบ่อยของการแพ้ หลายคนจะประสบกับอาการเจ็บคอคันบวมในขณะที่มีอาการแพ้แม้ว่าการเชื่อมต่อระหว่างโรคภูมิแพ้และเจ็บคอแตกต่างกันไป แหล่งที่มาของปฏิกิริยาอาจเกิดการระคายเคืองต่อสิ่งแวดล้อมเช่นละอองเกสรหรือรา ในกรณีเหล่านี้เจ็บคอมักเป็นผลพลอยได้จากการคัดจมูกที่เกี่ยวข้องกับการโจมตี การแพ้อาหารยังสามารถกระตุ้นการตอบสนองในร่างกายที่นำไปสู่อาการเจ็บคอ ปฏิกิริยาประเภทนี้มักเป็นผลโดยตรงจากปฏิกิริยาการแพ้เอง
อาการแพ้และเจ็บคอมักจะเชื่อมโยงกันเนื่องจากความแออัดที่มาพร้อมกับปฏิกิริยาต่อสารก่อภูมิแพ้สิ่งแวดล้อม หลายครั้งสิ่งเหล่านี้เป็นอาการแพ้ตามฤดูกาลเช่นไข้ละอองฟางแม้ว่าสารระคายเคืองอื่น ๆ เช่นความโกรธของสัตว์ควันบุหรี่หรือมลพิษอาจมีผลเช่นเดียวกัน คนที่มีอาการแพ้ประเภทนี้มักมีอาการคัดจมูกซึ่งจะนำไปสู่การไซนัสที่ไหลไปทางด้านหลังของลำคอ การปรากฏตัวที่คงที่ของหยดน้ำหลังจมูกนี้ทำให้ระคายเคืองและอักเสบที่เยื่อบุคอ ตราบใดที่ยังมีอาการคัดจมูกผู้ป่วยมักจะมีอาการเจ็บคอ หากปล่อยทิ้งไว้ไม่ถูกรักษาความแออัดเรื้อรังอาจก้าวหน้าไปสู่การติดเชื้อซึ่งอาจทำให้สถานการณ์แย่ลงไปอีก
พร้อมกับหยดหลังจมูก, ผลกระทบอื่น ๆ ของความแออัดไซนัสอาจเกิดขึ้นจากการแพ้และเจ็บคอสามารถเป็นผล หากบุคคลนั้นไม่สามารถหายใจทางจมูกเขาอาจถูกบังคับให้หายใจทางปากโดยเฉพาะในขณะนอนหลับ การสูดดมอากาศด้วยวิธีนี้จะทำให้ลำคอแห้ง เมือกที่มากเกินไปอาจนำไปสู่การไอซึ่งอาจทำให้รุนแรงขึ้นคอ
อาการแพ้อาหารและอาการเจ็บคอก็มักจะไปด้วยกันแม้ว่าจะไม่เหมือนกับสารที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม แต่เป็นปฏิกิริยาการแพ้ที่มักจะทำให้เกิดอาการปวดโดยตรง เมื่อคนกินอาหารที่เขาหรือเธอแพ้แอนติบอดีพัฒนาในร่างกายและยึดติดกับเซลล์ที่เรียกว่าเซลล์เสา ครั้งต่อไปที่กินอาหารมันจะมีปฏิกิริยากับแอนติบอดี้กับเซลล์เสาซึ่งจะกระตุ้นเซลล์เสาให้ปล่อยสารเช่นฮีสตามีนเพื่อโจมตีภัยคุกคามที่รับรู้ เนื่องจากเซลล์เสานั้นพบได้ทั่วไปในเนื้อเยื่อของลำคอและเซลล์ถูกสัมผัสกับอาหารที่นั่นเมื่อถูกกลืนลงไปทำให้เกิดอาการเจ็บคอซึ่งมักเป็นผลมาจากปฏิกิริยาประเภทนี้
