การเชื่อมต่อหลักระหว่างกลิ่นตัวและโรคอยู่ในพื้นที่ของผลข้างเคียงที่มีอาการ กลิ่นตัวอาจเป็นอาการรองของโรคบางชนิดดังนั้นจึงเป็นไปได้ที่จะควบคุมปัญหาประเภทนี้ภายใต้การดูแลของแพทย์ วิธีที่ดีที่สุดสำหรับคนที่จะตรวจสอบว่ามีกลิ่นตัวถาวรเกิดขึ้นเนื่องจากการเจ็บป่วยแทนการปรากฏตัวของแบคทีเรียหรือการเปลี่ยนแปลงของฮอร์โมนคือการเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับโรคให้ความสนใจกับการเปลี่ยนแปลงของกลิ่นตัวและรายงานการเปลี่ยนแปลงดังกล่าวต่อแพทย์
ความสัมพันธ์ที่รู้จักกันดีที่สุดระหว่างกลิ่นตัวและโรคเกิดขึ้นในผู้ป่วยที่เป็นโรคไขมันในเลือดสูงซึ่งเป็นที่รู้จักกันว่าเหงื่อออกมากเกินไป ถึงแม้ว่าภาวะเหงื่อออกมากเป็นอาการที่ร้ายแรงส่วนใหญ่แล้วผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดคือความชื้นแฉะและกลิ่นตัวเพิ่มขึ้น รูปแบบที่ดีที่สุดของการป้องกันกลิ่นสำหรับผู้ที่เป็นโรคนี้คือการอาบน้ำบ่อย ๆ ร่วมกับการใช้ยาดับกลิ่นเหงื่อดับกลิ่นและการรักษาด้วยยา anticholinergic เป็นครั้งคราว
ผู้ที่ป่วยเป็นโรคเบาหวานอาจสังเกตเห็นว่ามีการเปลี่ยนแปลงอาการกลิ่นตัวเป็นประจำ ในกรณีส่วนใหญ่สาเหตุของกลิ่นตัวเหม็นในผู้ป่วยโรคเบาหวานเกิดจากการควบคุมระดับน้ำตาลในเลือดที่ไม่เหมาะสมซึ่งอาจนำไปสู่ภาวะ ketoacidosis หรือระดับคีโตนที่เพิ่มขึ้นในเลือดหรือเนื้อเยื่อของร่างกาย เพื่อป้องกันการเชื่อมโยงระหว่างกลิ่นตัวกับโรคชนิดนี้ผู้ป่วยเบาหวานควรยึดถือแผนการรักษาที่กำหนดไว้อย่างเคร่งครัดซึ่งออกแบบมาเพื่อควบคุมและรักษาระดับน้ำตาลในเลือด
การเชื่อมต่อที่หายากระหว่างกลิ่นตัวและโรคคือ trimethylaminuria ซึ่งเป็นความเจ็บป่วยทางพันธุกรรมที่ร่างกายไม่สามารถดำเนินการกับสารประกอบที่เรียกว่า trimethylamine เมื่อสารประกอบนี้สะสมอยู่ในเนื้อเยื่อของร่างกายคนที่ได้รับผลกระทบมักจะปล่อยกลิ่นตัวที่ไม่พึงประสงค์ซึ่งมีกลิ่นเหมือนปลาเน่า trimethylaminuria ส่วนใหญ่มักเกิดจากการกลายพันธุ์ของยีน FMO3 แบบ autosomal recessive แต่บางครั้งผู้ร้ายคือโรคไตโปรตีนในอาหาร - เช่นจากไข่พืชตระกูลถั่วหรือปลา - หรือเพิ่มจำนวนแบคทีเรียที่ก่อให้เกิด trimethylamine ในระบบย่อยอาหาร
อีกโรคหนึ่งที่ทำให้เกิดกลิ่นตัวคือ phenylketonuria (PKU) ซึ่งเป็นความผิดปกติของการเผาผลาญที่หายากซึ่งสามารถทำลายระบบประสาทและทำให้เกิดภาวะปัญญาอ่อน ผู้ปกครองหลายคนค่อนข้างคุ้นเคยกับโรคนี้เพราะการทดสอบครั้งแรกที่ทารกแรกเกิดจะได้รับมักจะเป็นการทดสอบ PKU มักจะดำเนินการไม่นานหลังคลอดโดยวิธีการเก็บตัวอย่างเลือดที่ได้จากส้นเท้าของทารก นอกเหนือจากอาการที่รุนแรงมากขึ้นคนที่มี PKU มักจะให้กลิ่นตัวที่เหม็นอับเนื่องจากมีกรดอะมิโนฟีนิลอะลานีนมากเกินไป
อินสแตนซ์อื่น ๆ ของกลิ่นตัวและโรคอาจเกิดขึ้นตามอาการในผู้ที่เป็นโรคตับโรคพิษสุราเรื้อรังหรือการติดเชื้อรา ความไม่สมดุลของอาหารและการขาดแร่ธาตุยังสามารถทำให้เกิดกลิ่นตัว การปรึกษากับแพทย์หรือบุคลากรทางการแพทย์อื่น ๆ อาจช่วยเปิดเผยสาเหตุที่สำคัญสำหรับการเปลี่ยนกลิ่นตัว


