ความพิการทางปัญญาและสุขภาพจิตเป็นปัญหาที่สองที่มักจะพันกัน บุคคลที่มีความผิดปกติทางสติปัญญามักจะอ่อนแอต่อความผิดปกติของสุขภาพจิตบางอย่างเช่นภาวะซึมเศร้า ในทางกลับกันโรคสุขภาพจิตบางอย่างอาจแบ่งปันต้นกำเนิดกับความพิการทางปัญญา เนื่องจากความบกพร่องทางจิตหรือความรู้ความเข้าใจสามารถมีสาเหตุที่คล้ายกันหรือสร้างผลลัพธ์ที่คล้ายกันบางอย่างการรักษาความพิการทางปัญญาและความผิดปกติของสุขภาพจิตอาจรวม
ความผิดปกติทางจิตเกิดขึ้นเมื่อความผิดปกติในการรับรู้ทางอารมณ์และพฤติกรรมทำให้เกิดความทุกข์ในระยะยาวและการด้อยค่าในการทำงานประจำวันของแต่ละบุคคล ความผิดปกติทางจิตมีอยู่หลากหลายรวมถึงความผิดปกติทางบุคลิกภาพ, ความผิดปกติของความวิตกกังวลและความผิดปกติทางอารมณ์ ความผิดปกติเหล่านี้มักเกิดจากการผสมผสานระหว่างปัจจัยทางพันธุกรรมและสิ่งแวดล้อม
สัญญาณของความพิการทางปัญญามักจะเกี่ยวข้องกับความบกพร่องในการคิดความเข้าใจและการแก้ปัญหาและการวิเคราะห์ที่ซับซ้อน ความพิการเหล่านี้ยังมีระบบการจำแนกประเภทที่กว้างตั้งแต่ปัญญาอ่อนจนถึงการเรียนรู้คนพิการ ความผิดปกติทางพันธุกรรมข้อบกพร่องที่เกิดและการบาดเจ็บที่สมองมักจะนำไปสู่การพัฒนาความพิการทางปัญญา
นักวิจัยทางวิทยาศาสตร์แนะนำว่ามากถึงหนึ่งในสามถึงครึ่งของบุคคลที่มีความบกพร่องทางสติปัญญามีความผิดปกติทางจิตอย่างน้อยหนึ่งเช่นกัน ตัวอย่างเช่นเงื่อนไขหนึ่งที่อาจมีอยู่ร่วมกับความผิดปกติทางปัญญาคือโรคจิตเภท ในความเป็นจริงตัวชี้วัดเริ่มต้นของโรคจิตเภทมักจะเลียนแบบอาการของความบกพร่องทางสติปัญญา: การด้อยค่าของหน่วยความจำขาดความสนใจและความสามารถในการประมวลผลข้อมูลที่ช้าลง ความผิดปกติของพัฒนาการที่แพร่หลายเช่นออทิสซึ่มมีความสัมพันธ์แบบเดียวกันกับความบกพร่องทางสติปัญญา จากหลักฐานทางวิทยาศาสตร์พบว่าความผิดปกติทางพันธุกรรมและระบบประสาทที่คล้ายกันอาจเป็นสาเหตุให้ทั้งความพิการทางสติปัญญาและการขาดดุลทางสุขภาพจิตเช่นโรคจิตเภทและออทิสติก
ความพิการทางปัญญาและความเครียดที่เกิดจากสิ่งแวดล้อมอาจทำให้บุคคลมีความเสี่ยงต่อความผิดปกติทางจิตเช่นกัน ความผิดปกติของความวิตกกังวลแสดงด้วยความกังวลอย่างมากและความคิดครอบงำเกี่ยวกับผลลัพธ์เชิงลบที่อาจเกิดขึ้น บุคคลที่มีความผิดปกติของการเรียนรู้หรือความบกพร่องทางสติปัญญาที่คล้ายกันอาจพบว่าตัวเองอยู่ในสถานะที่ปั่นป่วนยิ่งขึ้นและยืดเยื้อมากขึ้นหากงานด้านปัญญาประจำไม่สามารถทำได้ในระดับเฉลี่ย ความหงุดหงิดอาจทำให้อารมณ์ของแต่ละคนเศร้าหมองมากขึ้นซึ่งอาจทำให้เกิดเหตุการณ์ซึมเศร้าระยะสั้นที่สามารถพัฒนาไปสู่ภาวะซึมเศร้าทั่วไป
โปรโตคอลการรักษาจำนวนมากอาจทับซ้อนสำหรับความพิการทางปัญญาและความผิดปกติทางจิต การบำบัดทางความคิดที่อยู่และพยายามที่จะแก้ไขรูปแบบความคิดที่เปลี่ยนแปลงและไม่ถูกต้องเป็นเรื่องธรรมดาในการรักษาทางจิตวิทยาต่างๆ การบำบัดพฤติกรรมที่ใช้งานด้านพฤติกรรมที่เฉพาะเจาะจงมักจะถูกรวมเข้ากับวิธีการทางความคิดสร้างโปรโตคอลการรักษาด้วยเสียงสำหรับการวินิจฉัยที่สองของความพิการทางปัญญาและความผิดปกติของสุขภาพจิต การให้คำปรึกษาแบบพูดคุยแบบดั้งเดิมสามารถช่วยให้บุคคลบรรเทาความกังวลเกี่ยวกับปัญหาด้านสติปัญญาและอารมณ์ที่หลากหลายได้เช่นกัน
