แม้ว่าผู้ป่วยบางรายมักใช้คำที่ใช้แทนกันได้ แต่การสแกน MRI และ CT เป็นการทดสอบวินิจฉัยที่แตกต่างกันอย่างสิ้นเชิง ขณะที่พวกเขากำลังทำการทดสอบการถ่ายภาพทางการแพทย์ที่แพทย์อาจใช้ในการวินิจฉัยปัญหาภายในร่างกาย MRI และ CT scan ใช้วิธีการต่าง ๆ ในการสร้างภาพ ความแตกต่างอื่น ๆ ระหว่างการสแกน MRI และ CT รวมถึงคุณภาพของภาพบางประเภทความยาวของการทดสอบเอเจนต์ตัดกันที่ใช้ระหว่างขั้นตอนและความปลอดภัย
การทดสอบ MRI หรือการสร้างภาพด้วยคลื่นสนามแม่เหล็กนั้นใช้แม่เหล็กเพื่อสร้างภาพ ในช่วง MRI ผู้ป่วยจะนอนลงบนโต๊ะและใส่เข้าไปในทรงกระบอกยาวซึ่งเป็นสนามแม่เหล็กไฟฟ้าขนาดใหญ่ คลื่นวิทยุภายในหลอดผลิตภาพภายใน
การทดสอบ CT หรือเอกซ์เรย์คอมพิวเตอร์คำนวณเป็นเทคนิคการถ่ายภาพที่ใช้รังสีในการสร้างภาพภายใน เครื่องสแกน CT หมุนไปรอบ ๆ ร่างกายของผู้ป่วย ในขณะที่สิ่งนี้เกิดขึ้นรังสีเอกซ์จะถูกส่งผ่านเครื่องสแกนเพื่อสร้างภาพ
ข้อแตกต่างที่สำคัญอีกอย่างหนึ่งระหว่างการสแกน MRI และ CT คือคุณภาพของภาพบางภาพ ในขณะที่การสแกน MRI โดยทั่วไปจะให้ภาพที่ชัดเจนกว่า แต่ก็มักใช้เพื่อรับภาพของเนื้องอกและเนื้อเยื่ออ่อนเช่นเดียวกับการบาดเจ็บของสมองและไขสันหลัง ซึ่งแตกต่างจากการสแกน CT โดยทั่วไปมักจะไม่ได้ผลดีเมื่อพยายามรับภาพของโพรงร่างกายเช่นหน้าอกหรือหน้าท้อง การสแกน CT ถือเป็นวิธีที่ดีที่สุดในการรับภาพกระดูกที่แม่นยำ
ในอดีตทั้งการสแกน MRI และ CT ใช้เวลานานถึงหนึ่งชั่วโมงหรือมากกว่าในการทำให้เสร็จสมบูรณ์ อย่างไรก็ตามในวันนี้ทั้งสองขั้นตอนเหล่านี้มักจะเสร็จเร็วกว่ามาก การสแกน MRI นั้นใช้เวลาดำเนินการนานกว่าเล็กน้อย
ระหว่างการสแกน MRI และ CT อาจใช้ตัวแทนคอนทราสต์ นี่คือประเภทของสีย้อมที่สามารถใช้เพื่อเพิ่มทัศนวิสัยในบางพื้นที่ของร่างกายเช่นหลอดเลือดหรือระบบทางเดินอาหาร ตัวแทนความคมชัดที่ใช้ในระหว่าง MRI, แกโดลิเนียมมักจะทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์น้อยกว่าแบเรียมหรือไอโอดีนโดยทั่วไปจะใช้ในระหว่างการสแกน CT
เนื่องจากใช้รังสีเป็นเครื่องมือในการสร้างภาพจึงมีความกังวลเกี่ยวกับความปลอดภัยของการสแกน CT งานวิจัยบางชิ้นชี้ให้เห็นว่าการได้รับการสแกนประเภทนี้อาจเพิ่มความเสี่ยงของผู้ป่วยในการเป็นมะเร็ง เนื่องจาก MRI ไม่ใช้รังสีจึงถือว่าปลอดภัยกว่ามาก อย่างไรก็ตามผู้ที่มีเครื่องกระตุ้นหัวใจเทียมควรหลีกเลี่ยงการได้รับ MRI เนื่องจากอาจทำให้เครื่องกระตุ้นหัวใจทำงานผิดปกติ
