นักวิจัยยังไม่ทราบถึงพยาธิสรีรวิทยาของโรคไขข้ออักเสบ (RA) อย่างแท้จริง แต่การค้นพบจำนวนมากกำลังขยายขอบเขตของการรักษาที่เป็นประโยชน์สำหรับความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันที่ทำให้ผู้คนเกือบ 2 ล้านคนในสหรัฐอเมริกา โรคไขข้ออักเสบเป็นหนึ่งในกลุ่มของโรคที่เรียกว่าโรคแพ้ภูมิตัวเองซึ่งเซลล์ภูมิคุ้มกันของร่างกายจะโจมตีเนื้อเยื่อหรืออวัยวะของร่างกายโดยไม่ตั้งใจ ในกรณีของ RA การโจมตีเกิดขึ้นที่ข้อต่อของร่างกายทำให้เกิดการอักเสบปวดและการเคลื่อนไหวที่บกพร่อง แอนติบอดีที่เรียกว่าปัจจัยรูมาตอยด์ทำให้ระบบภูมิคุ้มกันของเนื้อเยื่อข้อต่อสุขภาพของร่างกายเป็นเนื้อเยื่อต่างประเทศโดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อทำลาย แม้ว่าจะไม่ทราบสาเหตุที่แน่นอนของโรคไขข้ออักเสบรูมาตอยด์ แต่ก็มีหลายปัจจัยที่เกี่ยวข้องเช่นเพศการติดเชื้อพันธุกรรมการสูบบุหรี่และระบบภูมิคุ้มกันที่ไม่ดี
ผู้หญิงพัฒนาโรคไขข้ออักเสบสามครั้งบ่อยกว่าเพศชายโดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงปีหลังคลอดครั้งแรก ผู้หญิงมักจะมีอาการแรกในช่วงสามถึงห้าทศวรรษของชีวิต นักวิทยาศาสตร์ตั้งสมมติฐานว่าฮอร์โมนเพศหญิงซึ่งมีแนวโน้มที่จะส่งเสริมการอักเสบมีบทบาทในพยาธิสรีรวิทยาของโรคไขข้ออักเสบ อุบัติการณ์ที่เพิ่มขึ้นของ RA ในผู้หญิงสะท้อนให้เห็นรูปแบบที่เห็นด้วยโรคแพ้ภูมิตัวเองอื่น ๆ
นักวิทยาศาสตร์ยังเชื่อว่าการติดเชื้ออาจทำหน้าที่เป็นจุดเริ่มต้นในพยาธิสรีรวิทยาของโรคไขข้ออักเสบ ในการตอบสนองต่อการติดเชื้อร่างกายผลิตโปรตีนที่เรียกว่าแอนติบอดีซึ่งโจมตีอนุภาคแปลกปลอม หากแอนติบอดีไม่จำเพาะเจาะจงกับแบคทีเรียพวกมันอาจติดอยู่กับเซลล์ร่างกายปกติที่มีลักษณะคล้ายกับแบคทีเรียในบางวิธีปิดการใช้งานเซลล์และทำเครื่องหมายเพื่อกำจัดโดยเซลล์ภูมิคุ้มกัน แพทย์หลายคนสงสัยว่า parvovirus, หัดเยอรมัน, เริมและ mycoplasma ซึ่งทำให้ "ปอดบวมเดิน" เป็นตัวแทนที่อาจก่อให้เกิด RA อย่างไรก็ตามการศึกษายังไม่สามารถยืนยันได้อย่างแน่นอนถึงสิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อ
ในขณะที่มีเพียงร้อยละ 20 ของประชากรทั่วไปเครื่องหมายของเซลล์รหัสพันธุกรรม HLA-DR4 เกิดขึ้นมากกว่าสองในสามของผู้ป่วย RA คอเคเซียน รหัสพันธุกรรมสำหรับเครื่องหมายแอนติเจนนี้ตั้งอยู่บนแขนสั้นของโครโมโซมที่หกในมนุษย์ ผู้ป่วยที่มีเครื่องหมายมีโอกาสเพิ่มขึ้นในการพัฒนาโรคไขข้ออักเสบเมื่อเทียบกับผู้ที่ไม่ได้ การปรากฏตัวของเครื่องหมายไม่รับประกันการโจมตีของโรคไขข้ออักเสบอย่างไรก็ตาม นักวิจัยเชื่อว่าเครื่องหมายระบุเฉพาะความบกพร่องทางพันธุกรรม
การสูบบุหรี่เพิ่มความเสี่ยงสองเท่าในการพัฒนาพยาธิสรีรวิทยาของโรคไขข้ออักเสบ ผู้ป่วยที่สูบบุหรี่นานกว่า 25 ปีมีโอกาสเพิ่มขึ้นถึงสามเท่าในการเป็นโรคไขข้ออักเสบร่วมกับการพัฒนาของการสึกกร่อนของกระดูก การใช้ยาสูบเพิ่มจำนวนเซลล์เม็ดเลือดขาวและระดับเลือดที่ไหลเวียนของแอนติบอดีปัจจัยไขข้ออักเสบ ความเชื่อมโยงระหว่างการสูบบุหรี่กับ RA นั้นแข็งแกร่งในผู้ชายมากกว่าผู้หญิง
ไม่ต้องสงสัยเลยว่าเซลล์ภูมิคุ้มกันและเซลล์ที่อยู่ในบริเวณข้อต่อจะเป็นสื่อกลางในการอักเสบเรื้อรังของข้ออักเสบรูมาตอยด์ เซลล์เม็ดเลือดขาวจะไหลไปที่ข้อต่อทำให้เกิดอาการปวดบวมร้อนและแดง เซลล์ยังปล่อยผู้ไกล่เกลี่ยเคมีรวมถึงไซโตไคน์แอนติบอดี interleukins และปัจจัยเนื้อร้ายเนื้องอก (TNF) ซึ่งส่งเสริมรอยแผลเป็นและการทำลายของเยื่อบุข้อต่อและกระดูกอ่อน ในช่วงปลายกระดูกกร่อนและข้อต่อบิดเบือน ไซโตไคน์ยังผลิตพยาธิสรีรวิทยาของร่างกายทั้งหมดของโรคไขข้ออักเสบเช่นปวดกล้ามเนื้อการสูญเสียน้ำหนักและมีไข้
