ในกรณีส่วนใหญ่ MRI เป็นรูปแบบการทดสอบทางการแพทย์ที่ปลอดภัยและเชื่อถือได้ ความปลอดภัยของ MRI ยังคงมีความสำคัญอย่างไรก็ตามเนื่องจากสนามแม่เหล็กที่แข็งแกร่งสามารถทำให้เกิดปัญหาที่อาจเกิดขึ้นได้ ยกตัวอย่างเช่นวัตถุแม่เหล็กใด ๆ ในห้องอาจเคลื่อนที่ไปทางเครื่องอย่างรวดเร็วเมื่อเปิดเครื่องและอาจทำให้เกิดการบาดเจ็บได้ หากผู้ป่วยมีวัตถุแม่เหล็กใด ๆ ในร่างกายของเขาหรือเธอเช่นปั๊มหรือการปลูกถ่ายบางประเภทสิ่งนี้อาจเป็นอันตรายได้ ปัญหาด้านความปลอดภัยอื่น ๆ ที่อาจเกิดขึ้น ได้แก่ hyperthermia ที่เกิดจากการให้ความร้อนจากเครื่องส่งสัญญาณวิทยุและความรู้สึกไม่สบายที่เกิดจากอาการง่วงนอน
การสแกน MRI ใช้สนามแม่เหล็กแรงเพื่อสร้างภาพเนื้อเยื่อของร่างกาย สนามแม่เหล็กแรงสูงนี้จะดึงดูดสิ่งใดก็ตามที่เป็น ferromagnetic ซึ่งมักจะมีความเร็วสูง หากกระสุนปืนกระทบผู้ป่วยระหว่างการสแกน MRI อาจส่งผลให้เกิดการบาดเจ็บรุนแรง แม้จะมีการบันทึกการเสียชีวิตจากอุบัติเหตุประเภทนี้ ด้วยเหตุนี้จึงจำเป็นต้องรักษาความปลอดภัยของ MRI ด้วยการทำให้แน่ใจว่าผู้ป่วยไม่ได้สวมใส่โลหะใด ๆ เช่นนาฬิกาหรือสร้อยคอ
หากผู้ป่วยมีอุปกรณ์ใด ๆ ในร่างกายของเขาหรือเธอเช่นเครื่องกระตุ้นหัวใจสิ่งนี้จะทำให้ความปลอดภัยของ MRI นั้นยากขึ้น ในบางกรณีจำเป็นต้องมีโปรโตคอลพิเศษเพื่อให้แน่ใจว่าสามารถทำการสแกนได้อย่างปลอดภัย บางครั้งการสแกนอาจต้องถูกยกเลิกอย่างสมบูรณ์ ตัวอย่างของการปลูกถ่ายที่ไม่สามารถนำเสนอในระหว่างการสแกน MRI รวมถึงปั๊มอินซูลินและเครื่องกระตุ้นประสาท
ภายในเครื่อง MRI นั้นเป็นเครื่องส่งสัญญาณวิทยุที่ใช้ในการรับภาพที่ชัดเจน ในบางกรณีนี้อาจทำให้เกิดความร้อนในร่างกายของผู้ป่วยและยังนำไปสู่ hyperthermia ปัญหาความปลอดภัยของ MRI ประเภทนี้พบได้บ่อยในผู้ป่วยที่น้ำหนักเกิน
พื้นที่ จำกัด ของเครื่อง MRI อาจทำให้เกิดปัญหาด้านความปลอดภัยที่อาจเกิดขึ้น สำหรับการสแกน MRI ของแขนขาที่ต่ำกว่านั้นผู้ป่วยไม่จำเป็นต้องแนบมาด้วยเสมอ อย่างไรก็ตามมีหลายสถานการณ์ที่ผู้ป่วยจะต้องนอนในพื้นที่เล็ก ๆ เป็นเวลานานซึ่งอาจนำไปสู่ความรู้สึกหวาดกลัว
มีปัญหาด้านความปลอดภัยอื่น ๆ ที่อาจเกิดขึ้นจาก MRI แต่ส่วนใหญ่เป็นเรื่องที่ผิดปกติอย่างยิ่ง ปัญหาส่วนใหญ่สามารถหลีกเลี่ยงได้หากช่างเทคนิคได้รับข้อมูลที่ครบถ้วนและถูกต้องโดยผู้ป่วยและแพทย์ผู้แนะนำ อย่างไรก็ตามมีการเพิ่มขึ้นของปัญหาความปลอดภัย MRI ที่เกิดขึ้นในสถานที่ถ่ายภาพของสหรัฐเมื่อไม่นานมานี้แม้ว่าเหตุผลเรื่องนี้ยังไม่ได้รับการยอมรับ
