ซอฟต์แวร์ป้องกันไวรัสสำหรับเซิร์ฟเวอร์ทำงานในลักษณะเดียวกันกับซอฟต์แวร์ป้องกันไวรัสสำหรับคอมพิวเตอร์แต่ละเครื่อง ประเภทของการป้องกันไวรัสสำหรับเซิร์ฟเวอร์รวมถึงการสแกนตามเวลาจริงแพ็คเกจป้องกันสปายแวร์และมัลแวร์และโปรแกรมสแกนและลบไฟล์แบบเต็ม โปรแกรมป้องกันไวรัสบางโปรแกรมทำงานบนเซิร์ฟเวอร์บางประเภทเช่น SQL และพร็อกซีเซิร์ฟเวอร์ โปรแกรมป้องกันไวรัสส่วนใหญ่สำหรับเซิร์ฟเวอร์จะคอยตรวจสอบปริมาณการใช้งานอินเทอร์เน็ตและการส่งไฟล์
ซอฟต์แวร์ป้องกันไวรัสชนิดสำคัญสำหรับเซิร์ฟเวอร์คือการสแกนตามเวลาจริง ซอฟต์แวร์ประเภทนี้อาจมีคุณสมบัติอยู่ในชุดป้องกันไวรัสที่สมบูรณ์หรือแอปพลิเคชันแบบสแตนด์อโลน ซอฟต์แวร์การสแกนตามเวลาจริงจะตรวจสอบไฟล์และการสื่อสารทั้งหมดที่ส่งผ่านอินเทอร์เน็ตและพอร์ตการสื่อสารอินทราเน็ต หากแอปพลิเคชั่นตรวจพบภัยคุกคามหรือที่อยู่อินเทอร์เน็ตโพรโทคอล (IP) ที่น่าสงสัยมันจะบล็อกหรือกักกัน
การตั้งค่าในโปรแกรมสแกนไวรัสแบบเรียลไทม์สามารถกำหนดค่าได้ตามความต้องการขององค์กร โดยทั่วไปผู้ดูแลเครือข่ายมีหน้าที่กำหนดประเภทของโปรแกรมป้องกันไวรัสที่จำเป็น ผู้ดูแลระบบอาจปรับแต่งแอปพลิเคชั่นสแกนเพื่อค้นหาประเภทไฟล์และที่อยู่ IP ที่เฉพาะเจาะจง แอปพลิเคชันการสแกนส่วนใหญ่ที่เก็บไว้บนเซิร์ฟเวอร์สามารถตรวจสอบปริมาณการใช้งานทั้งหมดบนเครื่องแต่ละเครื่องที่เชื่อมต่อกับเครือข่ายท้องถิ่นหรือเครือข่ายบริเวณกว้าง
ซอฟต์แวร์ป้องกันไวรัสประเภทที่ได้รับความนิยมและจำเป็นสำหรับเซิร์ฟเวอร์คือแอปพลิเคชันที่ค้นหาโปรแกรมไวรัสภายในไฟล์ที่จัดเก็บทั้งหมด รวมอยู่ในแพ็คเกจซอฟต์แวร์เหล่านี้ส่วนใหญ่แอปพลิเคชันจะตรวจสอบไฟล์ที่มีอยู่เป็นประจำ ผู้ดูแลระบบเครือข่ายสามารถกำหนดเวลาและวันที่เฉพาะเจาะจงเพื่อให้แอปพลิเคชันทำงานซึ่งจะลบโปรแกรมที่ติดเชื้อออกจากไฟล์ที่มีอยู่ โดยปกติแล้วโปรแกรมจะแจ้งเตือนให้ผู้ดูแลระบบทราบซึ่งอาจต้องลบไฟล์ที่ติดไวรัสเพื่อลบไวรัสอย่างสมบูรณ์
แอพพลิเคชั่นสแกนเชิงรุกเป็นซอฟต์แวร์ป้องกันไวรัสประเภทอื่นสำหรับเซิร์ฟเวอร์ แอปพลิเคชันประเภทนี้สแกนเซิร์ฟเวอร์เพื่อหาช่องโหว่ที่อาจเกิดขึ้นซึ่งอาจทำให้ไวต่อการบุกรุก นอกจากเพียงแค่มองหาช่องโหว่ที่อาจเกิดขึ้นแอปพลิเคชันเหล่านี้อาจให้การแก้ไขที่เหมาะสมซึ่งสามารถเสริมความแข็งแกร่งให้กับการป้องกันของเซิร์ฟเวอร์จากการโจมตีที่ไม่พึงประสงค์
ซอฟต์แวร์ป้องกันไวรัสสำหรับเซิร์ฟเวอร์อาจปรับให้เหมาะกับประเภทของเซิร์ฟเวอร์ที่ใช้งานอยู่ โปรแกรมเซิร์ฟเวอร์ต่าง ๆ นำเสนอปัญหาความเข้ากันได้และความปลอดภัยที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่นโปรแกรมป้องกันไวรัสอาจรบกวนความสามารถด้านความเร็วของเซิร์ฟเวอร์ SQL หรือเซิร์ฟเวอร์ภาษาแบบสอบถามที่มีโครงสร้างอาจมีความเสี่ยงสูงกว่าหากใช้ในเครือข่ายท้องถิ่นสาธารณะหรือจัดการกับทั้งอีเมลและอินเทอร์เน็ต ด้วยเหตุผลนี้แพ็คเกจซอฟต์แวร์ป้องกันไวรัสที่มีการป้องกันการบุกรุกหลายช่องทางอาจเหมาะสมกว่า
