มีปัญหาการประมวลผลแบบคลาวด์ที่แตกต่างกันมากมายที่เกิดขึ้นในยุค 2000 และ 2010 เนื่องจากการประมวลผลแบบคลาวด์กลายเป็นที่แพร่หลายมากขึ้น ข้อกังวลที่สำคัญที่สุดคือความเกี่ยวข้องกับการควบคุมและความปลอดภัยของข้อมูลส่วนบุคคลซึ่งอยู่ภายใต้การคุ้มครองของ บริษัท คลาวด์และอยู่นอกความปลอดภัยของเซิร์ฟเวอร์ของแต่ละบุคคล ในขณะที่ความกังวลยังคงเกิดขึ้นผู้ให้บริการคลาวด์จะทำงานเพื่อแก้ไขปัญหาการประมวลผลแบบคลาวด์ก่อนที่จะกลายเป็นความไม่สะดวกสำหรับลูกค้าของพวกเขา
หนึ่งในปัญหาคอมพิวเตอร์คลาวด์ที่ใหญ่ที่สุดคือเรื่องความปลอดภัย ผู้ให้บริการคลาวด์โฮสต์ข้อมูลจำนวนมากบนเซิร์ฟเวอร์ของตนและผู้คนและธุรกิจจำนวนมากกังวลว่าข้อมูลที่จัดเก็บในสถานที่ห่างไกลอาจถูกแฮกโดยโจรหรืออดีตพนักงาน อย่างไรก็ตามผู้ให้บริการลงทุนทรัพยากรจำนวนมากในการรักษาความปลอดภัยมักจะมากกว่าคนทั่วไปหรือธุรกิจจะ
การถ่ายโอนข้อมูลจากคอมพิวเตอร์เครื่องหนึ่งไปยังอีกระบบหนึ่งเป็นปัญหาคอมพิวเตอร์คลาวด์ที่หลายคนกังวล ด้วยการสร้างและการใช้งานหลายโปรแกรมและรูปแบบข้อมูลจะต้องสามารถถ่ายโอนจากระบบหนึ่งไปยังอีกระบบหนึ่งได้อย่างง่ายดาย ในขณะที่มีผู้ให้บริการคลาวด์บางรายที่จัดเก็บข้อมูลในรูปแบบที่ทำให้เป็นเรื่องยากสำหรับบางระบบปฏิบัติการในการเรียกข้อมูล แต่ผู้ให้บริการจำนวนมากใช้รูปแบบที่สามารถแปลงได้ง่ายระหว่างระบบปฏิบัติการและโปรแกรม สิ่งนี้เรียกว่าการสนับสนุนหลายแพลตฟอร์ม
ความสามารถในการเข้าถึงข้อมูลเป็นอีกปัญหาหนึ่งของการประมวลผลแบบคลาวด์ ในการคำนวณแบบคลาวด์ข้อมูลจะถูกเก็บไว้บนเซิร์ฟเวอร์ระยะไกลที่อยู่ในความครอบครองของผู้ให้บริการและเข้าถึงได้ผ่านอินเทอร์เน็ต การหยุดชะงักในบริการอินเทอร์เน็ตหรือในการทำงานของเซิร์ฟเวอร์สามารถรบกวนความสามารถของผู้ใช้ในการเข้าถึงข้อมูลของพวกเขา ผู้ให้บริการคลาวด์คาดการณ์ว่ามีการหยุดชะงักดังกล่าวและพยายามชดเชยให้กับพวกเขาโดยมีระบบสำรองข้อมูลและเซิร์ฟเวอร์ที่ลูกค้าสามารถเข้าถึงได้หากระบบหลักไม่ทำงาน
ปัญหาคอมพิวเตอร์เมฆอีกประการหนึ่งคือการเป็นเจ้าของข้อมูลและสิทธิ์ในทรัพย์สินทางปัญญา ข้อตกลงระหว่างผู้ให้บริการคลาวด์และลูกค้าสรุปประเด็นทางกฎหมายที่อาจเกิดขึ้นได้หากทั้งสองฝ่ายโต้แย้งการเป็นเจ้าของข้อมูลที่จัดเก็บภายในคลาวด์ ผู้ให้บริการคลาวด์ส่วนใหญ่มีข้อตกลงที่ชัดเจนว่าทรัพย์สินใด ๆ ที่ลูกค้าวางไว้ในคลาวด์ยังคงเป็นของลูกค้า
