เครื่องเสมือนประกอบด้วยระบบปฏิบัติการไฟล์โปรแกรมและไฟล์ข้อมูลและต้องการโปรแกรมเสมือนจริงในการรัน แต่ละเครื่องประกอบด้วยไฟล์เครื่องเสมือนต่าง ๆ รวมถึงไฟล์ฮาร์ดไดรฟ์เสมือนไฟล์กำหนดค่าและไฟล์สถานะชั่วคราว ไฟล์ทั่วไปอื่น ๆ รวมถึงไฟล์บันทึกไฟล์ภาพฟลอปปี้ดิสก์และไฟล์ภายในพิเศษที่โปรแกรมการจำลองเสมือนบางโปรแกรมต้องการให้เครื่องทำงาน
ไฟล์ฮาร์ดไดรฟ์เสมือนมักเป็นไฟล์เครื่องที่ใหญ่ที่สุดและมีระบบปฏิบัติการของเครื่องเสมือนไฟล์โปรแกรมและข้อมูลส่วนตัวใด ๆ ที่เก็บไว้ในระบบปฏิบัติการเสมือน โปรแกรมจำลองเสมือนบางโปรแกรมเก็บข้อมูลฮาร์ดไดรฟ์เสมือนทั้งหมดไว้ในไฟล์ขนาดใหญ่ไฟล์เดียว แต่บางโปรแกรมก็แบ่งฮาร์ดไดรฟ์เสมือนออกเป็นส่วนย่อย ๆ เมื่อมีการตั้งค่าเครื่องเสมือนเขาหรือเธอมักจะมีตัวเลือกในการกำหนดขนาดคงที่สำหรับฮาร์ดไดรฟ์หรืออนุญาตให้ขยายเป็นขีด จำกัด ที่ระบุ แม้ว่าเครื่องเสมือนส่วนใหญ่จะมีฮาร์ดไดรฟ์อย่างน้อยหนึ่งตัว แต่ก็สามารถมีไดรฟ์เพิ่มเติมได้
ไฟล์เครื่องเสมือนยังมีไฟล์กำหนดค่าที่ใช้เพื่อกำหนดการตั้งค่าฮาร์ดแวร์และตัวเลือกของเครื่องเสมือนแต่ละเครื่อง โปรแกรมการจำลองเสมือนแตกต่างกันในตัวเลือกการกำหนดค่าที่มีให้ แต่ผู้ใช้ทั่วไปสามารถเลือกหน่วยความจำที่เครื่องใช้ขนาดของฮาร์ดไดรฟ์ขนาดตัวประมวลผลหรือแกนประมวลผลและตัวเครื่องเสมือนใช้ออปติคัลไดรฟ์ของเครื่องจริง ตัวเลือกอื่น ๆ ได้แก่ การแชร์โฟลเดอร์ตัวเลือกการพิมพ์การตั้งค่าวิดีโอและเสียงการตั้งค่าเครือข่ายและตัวเลือกอุปกรณ์สากล serial bus (USB) แต่ละตัวเลือกมักจะรองรับการตั้งค่าขั้นสูงเพิ่มเติมที่ผู้ใช้ที่มีประสบการณ์สามารถใช้งานได้
โปรแกรมการจำลองเสมือนส่วนใหญ่อนุญาตให้ผู้ใช้ชั่วคราวระงับเครื่องเสมือนในสถานะปัจจุบันดังนั้นเครื่องเสมือนแต่ละเครื่องมักจะมีไฟล์ที่มีข้อมูลเกี่ยวกับสถานะของเครื่องเมื่อผู้ใช้หยุดการทำงานชั่วคราว เมื่อผู้ใช้เปิดเครื่องอีกครั้งโปรแกรมจำลองเสมือนจะใช้ไฟล์เพื่อเรียกคืนสภาพแวดล้อมของระบบปฏิบัติการเสมือนและโปรแกรมหรือไฟล์ใด ๆ ที่เปิดอยู่ ไฟล์นี้จะถูกเขียนทับทุกครั้งที่มีการระงับและเรียกคืนเครื่องเสมือน
ไฟล์เครื่องเสมือนอื่น ๆ รวมถึงภาพฟลอปปี้ดิสก์เสมือนล็อกไฟล์และไฟล์ภายในที่โปรแกรมจำลองเสมือนใช้เพื่อช่วยในการโหลดเครื่องเสมือนอย่างถูกต้อง เมื่อผู้ใช้สำรองเครื่องโดยใช้บางโปรแกรมกระบวนการอาจสร้างไฟล์สำรองพิเศษที่ช่วยให้ผู้ใช้นำเข้าเครื่องเสมือนไปยังโปรแกรมอื่น แม้ว่าโปรแกรมการจำลองเสมือนส่วนใหญ่จะรวมไฟล์ต่าง ๆ เหล่านี้ แต่ส่วนขยายที่ใช้สำหรับแต่ละประเภทไฟล์จะแตกต่างกันไป
