ตัวตรวจจับรูทคิตเป็นซอฟต์แวร์ชนิดพิเศษที่ใช้เพื่อค้นหาสถานะของรูทคิทที่ซ่อนอยู่ในคอมพิวเตอร์ ไม่ใช่รูทคิททั้งหมดเป็นมัลแวร์ แต่ความสามารถในการข้ามการตั้งค่าความปลอดภัยของระบบปฏิบัติการตามปกติและยังคงซ่อนอยู่จากผู้ใช้คอมพิวเตอร์ทำให้รูทคิตเป็นตัวเลือกยอดนิยมในหมู่ผู้สร้างมัลแวร์ ตัวตรวจจับรูทคิทนั้นอยู่นอกเหนือขอบเขตของโปรแกรมป้องกันไวรัสและมัลแวร์ทั่วไปเพื่อค้นหาโปรแกรมที่ซ่อนอยู่เหล่านี้ซึ่งได้รับการเข้าถึงระดับรูตไปยังคอมพิวเตอร์โดยการเข้าถึงรูทของระบบปฏิบัติการคอมพิวเตอร์เพื่อค้นหาโปรแกรมที่ซ่อนอยู่ ปัญหา
รูทคิทนำเสนอความเสี่ยงด้านความปลอดภัยที่ร้ายแรงสำหรับผู้ใช้คอมพิวเตอร์เนื่องจากโปรแกรมเหล่านี้สามารถซ่อนการแสดงตนและล้มล้างระบบปฏิบัติการโดยไม่ต้องมีผู้ดูแลระบบคอมพิวเตอร์หรือผู้ใช้รายอื่นรู้ ด้วยความสามารถของรูทคิทในการเข้าถึงระบบในระดับรากผู้สร้างมัลแวร์สามารถใช้รูทคิทเพื่อขโมยรหัสผ่านและข้อมูลที่สำคัญอื่น ๆ จากระยะไกลเพื่อทำลายไฟล์ระบบปฏิบัติการที่จำเป็นหรือเพื่อสร้างความโกลาหลทั่วไปบนคอมพิวเตอร์ของเหยื่อ ด้วยความสามารถในการซ่อนอยู่รูทคิทมักจะถูกวางไว้บนคอมพิวเตอร์เป็นส่วนของข้อมูลที่มาพร้อมกับโปรแกรมหรือไฟล์อื่นที่ผู้ใช้คอมพิวเตอร์ดาวน์โหลด ในกรณีอื่น ๆ รูทคิตอาจถูกวางไว้บนคอมพิวเตอร์โดยบุคคลที่มีเจตนาประสงค์ร้ายและผู้ที่เคยเข้าถึงรูทของระบบปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ไม่ว่าจะผ่านการติดต่อทางกายภาพหรือผ่านการเข้าถึงระยะไกลโดยใช้ช่องโหว่ของระบบ
ความหลากหลายของวิธีการที่รูทคิทสามารถติดตั้งบนคอมพิวเตอร์ของเหยื่อคือสาเหตุที่เครื่องตรวจจับรูทคิทสามารถมีหลายรูปแบบ เครื่องตรวจจับรูทคิทสามารถเกี่ยวข้องกับการใช้อัลกอริทึมที่ซับซ้อนเพื่อสแกนหาการเปลี่ยนแปลงในไฟล์ระบบปฏิบัติการหรือลายเซ็นรูปแบบพฤติกรรมที่พบได้ทั่วไปในมัลแวร์และสปายแวร์หรือการสแกนไฟล์ดัมพ์หน่วยความจำเพื่อค้นหาหลักฐานการติดตั้งมัลแวร์ ในบางกรณีตัวตรวจจับรูทคิททำงานเป็นระบบปฏิบัติการแยกต่างหากเพื่อให้แน่ใจว่าตัวตรวจจับรูตคิตไม่ได้รับอันตราย
เมื่อใช้เครื่องตรวจจับรูทคิทร่วมกับเครื่องมือลบรูทคิทมันเป็นสิ่งสำคัญที่ต้องเข้าใจว่าถึงแม้ว่ารูทคิทส่วนใหญ่จะเป็นมัลแวร์ แต่รูทคิทบางตัวก็มีจุดประสงค์ที่เป็นประโยชน์ รูทคิทสามารถใช้ในการตรวจจับการโจมตีโดยโปรแกรมที่เป็นอันตรายเพิ่มพลังที่ยิ่งใหญ่กว่าให้กับซอฟต์แวร์การจำลองรันโปรแกรมที่ไม่จำเป็นต้องมีส่วนต่อประสานกับผู้ใช้หรือแม้แต่ป้องกันแล็ปท็อปจากการโจรกรรม เมื่อรูทคิทถูกตรวจพบโดยเครื่องตรวจจับรูทคิทสิ่งสำคัญคือที่มาของรูทคิทและการใช้งานของมันจะได้รับการตรวจสอบก่อนที่จะลบมันออกจากระบบเพื่อให้แน่ใจว่าความเสียหายส่วนใหญ่ไม่ได้ทำกับระบบในกระบวนการ
