ทั้งสปายแวร์และไวรัสสร้างความเสียหายให้กับซอฟต์แวร์คอมพิวเตอร์หรือไฟล์ที่เรียกว่ามัลแวร์ แต่มีการแพร่กระจายที่แตกต่างกัน ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างสปายแวร์คอมพิวเตอร์และไวรัสคือสปายแวร์สอดแนมในกิจกรรมคอมพิวเตอร์มักจะส่งข้อมูลเกี่ยวกับผู้ใช้ไปยังบุคคลที่สามในขณะที่ไวรัสไม่ได้ ความแตกต่างที่สำคัญอีกประการหนึ่งก็คือไวรัสมักจะทำสำเนาตัวเองและต่างก็พยายามใช้คอมพิวเตอร์เครื่องหนึ่งเพื่อแพร่กระจายไวรัสไปสู่ผู้อื่น แม้ว่าทั้งคู่จะส่งผลกระทบต่อการทำงานของคอมพิวเตอร์ในเชิงลบ แต่สปายแวร์ก็ไม่ค่อยจะพยายามทำอันตรายระบบในขณะที่ไวรัสมักจะสร้างความเสียหายยาวนานกว่าปกติ
สปายแวร์และไวรัสมักจะโหลดเข้าสู่คอมพิวเตอร์โดยที่ผู้ใช้ไม่ได้รับทราบและทำงานโดยที่ผู้ใช้ไม่ทราบหรือยินยอม โหมดทั่วไปของการส่งมอบสปายแวร์อยู่ในกลุ่มที่มีไฟล์หรือโปรแกรมอื่น ๆ ที่ผู้ใช้คอมพิวเตอร์เลือกที่จะดาวน์โหลด สปายแวร์ย่องเข้าไปในระบบของผู้ใช้พร้อมกับเนื้อหาที่ต้องการ อย่างไรก็ตามไวรัสมักแพร่กระจายไปตามสิ่งที่แนบมากับอีเมลหรือผ่านข้อความโต้ตอบแบบทันทีแม้ว่าจะสามารถซ่อนอยู่ในเนื้อหาที่ดาวน์โหลด
แม้ว่าทั้งคู่จะเป็นอันตรายต่อคอมพิวเตอร์ แต่ความแตกต่างระหว่างสปายแวร์และไวรัสนั้นพบได้ในวัตถุประสงค์หลักของมัลแวร์ สปายแวร์ได้รับการออกแบบโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อบันทึกกิจกรรมของผู้ใช้คอมพิวเตอร์และส่งต่อข้อมูลนั้นไปยังบุคคลที่สาม สามารถติดตามพฤติกรรมการใช้คอมพิวเตอร์ของบุคคลและส่งต่อข้อมูลไปยังผู้โฆษณาและผู้อื่นได้ การใช้งานที่อันตรายยิ่งกว่านั้นสามารถขโมยข้อมูลส่วนตัวเช่นที่อยู่อีเมลรหัสผ่านหมายเลขบัตรเครดิตและข้อมูลส่วนบุคคลที่สำคัญอื่น ๆ และส่งต่อไปยังแฮ็กเกอร์หรือขโมยข้อมูลประจำตัว
วัตถุประสงค์หลักของไวรัสคือการคัดลอกและแพร่กระจายตัวเอง มันมักจะทำซ้ำตัวเองหลายครั้งดังนั้นการใช้ทรัพยากรของคอมพิวเตอร์และทำให้ระบบล้มเหลว ชั้นเชิงไวรัสทั่วไปอีกประการหนึ่งคือการเข้าถึงสมุดที่อยู่อีเมลของผู้ใช้คอมพิวเตอร์และส่งสำเนาของตัวเองไปยังที่อยู่ทั้งหมด นอกจากนี้ยังอาจลองใช้วิธีการอื่นในการส่งสัญญาณซึ่งคอมพิวเตอร์เครื่องหนึ่งสื่อสารกับอีกเครื่องหนึ่งเช่นในบริการแบ่งปันไฟล์และการส่งข้อความด่วน สปายแวร์จะไม่ทำสำเนาตัวเองหรือส่งต่อไปยังคอมพิวเตอร์เครื่องอื่นที่ใช้ระบบที่ติดเชื้อ
ความแตกต่างระหว่างสปายแวร์และไวรัสเกี่ยวข้องกับเจตนาของผู้เขียน ผู้เขียนสปายแวร์มักต้องการรวบรวมข้อมูลที่จะใช้เพื่อวัตถุประสงค์ต่างๆ สปายแวร์ต้องการระบบปฏิบัติการเพื่อให้บรรลุผลดังนั้นจึงไม่ค่อยเป็นอันตรายต่อคอมพิวเตอร์แม้ว่าจะใช้ทรัพยากรของคอมพิวเตอร์และสามารถทำให้ทำงานช้าลง ไวรัสมักเขียนด้วยเจตนาทำลายล้างมากกว่าและทำให้ระบบคอมพิวเตอร์และเครือข่ายใช้ไม่ได้ หลังจากที่พวกเขาแพร่กระจายตัวเองไวรัสมักทำให้เกิดความเสียหายยาวนานกับระบบปฏิบัติการและฮาร์ดแวร์
