เอทานอลข้าวโพดซึ่งเป็นเชื้อเพลิงชีวภาพที่ผลิตโดยการหมักและแปรรูปข้าวโพดมักถูกขนานนามว่าเป็นทางเลือกแทนเชื้อเพลิงที่ใช้ปิโตรเลียม อย่างไรก็ตามน้ำมันเชื้อเพลิงที่น่าแปลกใจนี้ได้ดึงดูดความขัดแย้งอย่างมากโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อความนิยมเพิ่มขึ้นโดยเน้นถึงความจริงที่ว่าไม่มีวิธีแก้ปัญหาง่ายๆที่จำเป็นสำหรับพลังงาน
หนึ่งในประเด็นสำคัญที่เกี่ยวข้องกับการผลิตเชื้อเพลิงทุกประเภทคือประสิทธิภาพในการผลิต กล่าวอีกนัยหนึ่งคือเชื้อเพลิงเท่าไรต่อหน่วยของแหล่งที่มา น้ำมันเบนซินอาจไม่ใช่เชื้อเพลิงที่สมบูรณ์แบบในหลาย ๆ ด้าน แต่มีประสิทธิภาพอย่างมากโดยให้ผลผลิตที่สูงมากของก๊าซที่ใช้งานได้ต่อบาร์เรลน้ำมันดิบ นี่ไม่ใช่กรณีที่มีข้าวโพด โดยคำนึงถึงทุกขั้นตอนที่เกี่ยวข้องในกระบวนการผลิตเอทานอลข้าวโพดให้พลังงานมากกว่าพลังงานที่ใช้ในกระบวนการผลิตเชื้อเพลิงประมาณ 30% ซึ่งไม่น่าประทับใจมาก
โดยเฉพาะอย่างยิ่งข้าวโพดมีประสิทธิภาพน้อยกว่าพืชเช่น switchgrass ซึ่งทำให้บางคนแนะนำว่าแทนที่จะให้ความสำคัญกับการผลิตเอทานอลข้าวโพดคนควรหันไปหาพืชอื่นเพื่อใช้เป็นเชื้อเพลิง การเพิ่มประสิทธิภาพนี้จะทำให้เอทานอลเป็นทางเลือกที่มีศักยภาพมากขึ้นสำหรับเชื้อเพลิงที่ทำจากน้ำมันดิบ
บางคนยังมีความกังวลเกี่ยวกับต้นทุนด้านสิ่งแวดล้อมของการผลิตเอทานอลข้าวโพด เอทานอลเผาไหม้ได้ดีกว่าน้ำมันเบนซิน แต่เมื่อบัญชีหนึ่งที่ปล่อยออกมาทั้งหมดที่เกิดขึ้นในระหว่างการผลิตความแตกต่างระหว่างเอทานอลข้าวโพดและน้ำมันเบนซินไม่น่าสังเกตมากนัก การเพิ่มขึ้นของการผลิตข้าวโพดยังนำไปสู่ความกังวลเกี่ยวกับมลพิษทางน้ำใต้ดินจากปุ๋ยและการใช้น้ำมากเกินไปในการชลประทานพืชข้าวโพด
อาหารกับเชื้อเพลิงโต้เถียงยังมีบทบาทในการผลิตเอทานอลข้าวโพด บางคนแย้งว่าด้วยการหันข้าวโพดไปผลิตเชื้อเพลิง บริษัท เอทานอลมีส่วนทำให้เกิดความหิวโหยและราคาน้ำมันที่สูงขึ้นโดยเฉพาะในประเทศกำลังพัฒนา นี่เป็นเพราะทั้งอาหารที่ใช้งานได้ในรูปแบบของข้าวโพดไม่สามารถใช้งานได้และเพราะก่อนหน้านี้มีการใช้ทุ่งนาสำหรับพืชอาหารได้ทุ่มเทให้กับการเลี้ยงข้าวโพดเพื่อผลิตเอทานอล ราคาอาหารที่เพิ่มขึ้นเป็นผลมาจากความต้องการข้าวโพดและพืชอื่น ๆ เพิ่มขึ้นจาก บริษัท เอทานอล วิกฤตการณ์ตอร์ตีญาในปี 2550 ซึ่งราคาตอร์ตีญาข้าวโพดเพิ่มขึ้นอย่างรุนแรงเนื่องจากการผลิตเอทานอลข้าวโพดเพิ่มขึ้นเป็นตัวอย่างสำคัญของอาหารและการอภิปรายเรื่องเชื้อเพลิง
ต้นทุนการผลิตเอทานอลก็สูงมากเมื่อเปรียบเทียบกับยอดขาย รัฐบาลหลายแห่งให้เงินอุดหนุนแก่เกษตรกรที่เลี้ยงข้าวโพดเพื่อผลิตเอทานอลเพื่อให้มีคุณค่าในขณะเดียวกัน
