การกำจัดของเสียทางการแพทย์จำเป็นต้องได้รับการดูแลเป็นพิเศษเนื่องจากลักษณะที่เป็นอันตรายอย่างยิ่งของขยะทางการแพทย์และชีวการแพทย์ ของเสียประเภทนี้อาจรวมถึงของเหลวอันตรายของแข็งสารเคมีและวัตถุมีคม ของเสียทางการแพทย์อาจมีความเสี่ยงต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อมอย่างรุนแรงหากทิ้งอย่างไม่เหมาะสม มีวิธีการที่ถูกต้องและปลอดภัยสำหรับการกำจัดและทำลายของวัสดุชีวภาพที่เป็นอันตรายรวมถึงการแยกออกเป็นภาชนะบรรจุที่มีการประสานงานสีกำกับและปิดผนึก การฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำ เผา; และทำลายเอกสาร
ของเสียทางการแพทย์ส่วนใหญ่มีต้นกำเนิดในสถานที่ที่มีการรักษาและวินิจฉัยโรคหรือในกรณีที่จัดการกับคนและสัตว์ที่ตายแล้ว สถานที่ทั่วไปที่จำเป็นต้องมีการกำจัดขยะทางการแพทย์อย่างสม่ำเสมอรวมถึงโรงพยาบาลศูนย์ดูแลผู้ป่วยระยะสุดท้ายโรงเก็บศพห้องปฏิบัติการและสำนักงานสัตวแพทย์ สิ่งอำนวยความสะดวกมักจะพึ่งพาผู้รับเหมาภายนอกสำหรับการกำจัดและการจัดการของเสียทางการแพทย์มากกว่าที่จะพยายามดูแลตัวเอง
วิธีการกำจัดของเสียทางการแพทย์ส่วนใหญ่จะต้องเริ่มต้นในโรงงานที่ผลิต ขั้นตอนที่เข้มงวดมักจะมีไว้สำหรับการกักเก็บเริ่มต้นของวัสดุอันตรายชนิดต่าง ๆ ส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับการแยกพวกเขาจากขยะประเภทอื่น ตัวอย่างเช่นเข็มและวัตถุมีคมอื่น ๆ จะต้องถูกรวบรวมในภาชนะที่มีฉลากและสีโดยเฉพาะ สิ่งเดียวกันนี้เป็นจริงสำหรับสิ่งมีชีวิตอันตรายอื่น ๆ เช่นซาก, สารเคมี, สารพิษและการปนเปื้อนของไวรัส สิ่งนี้ไม่เพียงช่วยในการกำจัดสิ่งของ แต่ยังช่วยป้องกันการปนเปื้อนของสารอันตรายทางชีวภาพในรูปแบบต่างๆ
การทำความสะอาดและฆ่าเชื้ออุปกรณ์การแพทย์ที่สามารถนำกลับมาใช้ใหม่เป็นรูปแบบหนึ่งของการกำจัดขยะทางการแพทย์ นี่เป็นวิธีการที่ได้รับความนิยมและอนุญาตให้ใช้อุปกรณ์ราคาแพงได้อย่างปลอดภัย วิธีการทำความสะอาดรวมถึงการฆ่าเชื้อผ่านไมโครเวฟทำความสะอาดด้วยไอน้ำและสารเคมี ยกตัวอย่างเช่นเลือดของมนุษย์มักจะถูกเทลงในท่อระบายน้ำปกติหลังจากผ่านการฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำ
เมื่อรวบรวมแล้วมักจำเป็นต้องทำลายของเสียทางการแพทย์จึงไม่สามารถกลับสู่สภาพแวดล้อมได้ การเผาเป็นวิธีที่นิยมใช้ในการทำลายของเสียทางการแพทย์ซึ่งมีการแนะนำให้ใช้กับอุณหภูมิที่สูงมากและล้างพิษ สิ่งนี้ใช้ได้กับขยะทางการแพทย์บางประเภทเท่านั้น การเผาไหม้บางประเภทสามารถแนะนำวัสดุอันตรายอื่น ๆ ขึ้นไปในอากาศเช่นปรอทหรือไดออกซิน ในทำนองเดียวกันวัตถุมีคมสามารถหลอมละลายหรือหั่นเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อยเพื่อลดโอกาสที่จะเกิดสถานการณ์อันตรายและอุบัติเหตุทางสิ่งแวดล้อม
ในหลายประเทศการกำจัดของเสียอันตรายถูกควบคุมโดยรัฐบาลเพื่อความปลอดภัยและสวัสดิการทั่วไปของประชาชน ยกตัวอย่างเช่นในสหรัฐอเมริกาหน่วยงานคุ้มครองสิ่งแวดล้อม (EPA) กำหนดกฎระเบียบและแนวทางในการกำจัดอย่างปลอดภัยการขนส่งและการทำลายของเสียอันตราย ในสหราชอาณาจักรสำนักงานสิ่งแวดล้อมให้คำแนะนำดังกล่าว
