ไบโอดีเซลเป็นแหล่งพลังงานทดแทนที่สำคัญที่ทำจาก "สีเขียว" และวัตถุดิบที่ยั่งยืน ข้อดีของไบโอดีเซลคือช่วยลดการพึ่งพาเชื้อเพลิงฟอสซิลสร้างมลพิษน้อยลงและสามารถนำกลับมาใช้ใหม่ได้ หนึ่งในข้อเสียของเชื้อเพลิงไบโอดีเซลคือปริมาณของเสียที่ผลิตได้ ของเสียจากไบโอดีเซลประกอบด้วยกลีเซอรอลเป็นส่วนใหญ่หรือที่เรียกว่ากลีเซอรีนและเมทานอลโดยมีสิ่งเจือปนอื่น ๆ จำนวนน้อย ถึงแม้ว่ากลีเซอรอลจะไม่เป็นอันตรายและมีประโยชน์ แต่ของเสียจากการผลิตไบโอดีเซลนั้นมีความบริสุทธิ์ต่ำและทำให้ไม่สามารถใช้งานได้และเป็นพิษจากเมทานอลและสารอื่น ๆ
การทำเชื้อเพลิงไบโอดีเซลนั้นเกี่ยวข้องกับกระบวนการที่เรียกว่าทรานเอสเทอริฟิเคชันซึ่งน้ำมันพืชจะทำปฏิกิริยากับเมทานอลโดยใช้โซเดียมหรือโพแทสเซียมไฮดรอกไซด์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการผลิตส่วนผสมของเอสเทอร์ไขมัน ผลิตภัณฑ์อื่นของปฏิกิริยานี้คือกลีเซอรอล โดยปกติแล้วกลีเซอรอลหนึ่งส่วนจะถูกผลิตขึ้นสำหรับทุก ๆ สิบส่วนของไบโอดีเซล ในทางปฏิบัติผู้ผลิตไบโอดีเซลส่วนใหญ่ใช้เมทานอลมากถึงสองเท่าตามหลักการซึ่งจำเป็นสำหรับการทำปฏิกิริยาเพื่อให้แน่ใจว่าน้ำมันทั้งหมดจะถูกเปลี่ยน กลีเซอรอลที่เหลือจึงมีสัดส่วนของเมทานอลเป็นจำนวนมากและสบู่ปริมาณเล็กน้อยที่เกิดจากปฏิกิริยาของตัวเร่งปฏิกิริยากับน้ำมันพืช
เมทานอลสามารถกู้คืนได้โดยการกลั่นและนำกลับมาใช้ใหม่; อย่างไรก็ตามกลีเซอรอลที่เหลือจะยังคงมีร่องรอยของเมทานอลและสิ่งสกปรกอื่น ๆ การทำให้กลีเซอรีนบริสุทธิ์เพื่อให้ขายได้นั้นมีราคาแพงและในปี 2011 กลีเซอรอลจำนวนมากถูกผลิตขึ้นด้วยวิธีนี้ซึ่งเป็นการยากที่จะหาตลาดสำหรับมัน ซึ่งหมายความว่าผู้ผลิตไบโอดีเซลสามารถทิ้งกลีเซอรอลคุณภาพต่ำจำนวนมากไว้เพื่อกำจัด เนื่องจากมีสิ่งสกปรกที่เป็นพิษจึงไม่สามารถล้างออกแพร่กระจายไปทั่วพื้นดินหรือฝังอยู่ในพื้นที่ฝังกลบและผู้ผลิตอาจต้องจ่ายเพื่อนำมันออกไป
การใช้ขยะไบโอดีเซลเป็นเรื่องที่ท้าทาย แต่ในปี 2554 มีการเสนอข้อเสนอมากมาย แนวคิดหนึ่งคือใช้ เชื้อ แบคทีเรีย E. coli ทั่วไปเพื่อเปลี่ยนกลีเซอรอลของเสียโดยการหมักให้เป็นซัคซิเนตและรูปแบบ - สารเคมีที่มีการใช้งานที่หลากหลาย ข้อเสนอแนะอีกประการหนึ่งคือการรวมของเสียไบโอดีเซลกับขยะชีวมวลจากการเกษตรเพื่อสร้างเชื้อเพลิงแข็ง - นี่คือข้อได้เปรียบของการนำของเสียทั้งสองกลับมาใช้ใหม่ การใช้กลีเซอรีนของเสียรวมกับผลิตภัณฑ์ชีวมวลอื่น ๆ เป็นวัตถุดิบในการผลิตโฟมโพลียูรีเทนเป็นวิธีการผลิตที่ใช้กันอย่างแพร่หลาย การทดลองยืนยันว่าสาหร่ายชนิดหนึ่งที่เรียกว่า Schizochytrium limacinum สามารถเปลี่ยนกลีเซอรีนดิบเป็นกรด docosahexanoic (DHA) ซึ่งเป็นกรดไขมันโอเมก้า 3 ชนิด polyunsaturated ที่มีประโยชน์ต่อสุขภาพสำหรับมนุษย์เป็นอย่างดี
