ไฮโดรเจนถูกผลิตขึ้นเป็นผลพลอยได้จากกระบวนการทางอุตสาหกรรมหรือเก็บเกี่ยวเป็นกระบวนการแยกต่างหากเพื่อใช้ในเซลล์เชื้อเพลิงไฮโดรเจน การผลิตไฮโดรเจนสามารถทำได้หลายวิธี บางวิธีที่พบมากที่สุดรวมถึงการปฏิรูปไอน้ำหยิกไฮโดรเจนอิเล็กโทรไลซิสและ thermolysis หรือการผลิตไฮโดรเจนชีวภาพ
การปฏิรูประบบไอน้ำเป็นกระบวนการที่ใช้กันทั่วไปในการเก็บเกี่ยวไฮโดรเจนที่สร้างขึ้นเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการอุตสาหกรรม การใช้นิกเกิลเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาไอจะทำปฏิกิริยากับเมทานอลที่อุณหภูมิสูงเพื่อผลิตไฮโดรเจนและคาร์บอนมอนอกไซด์ ที่อุณหภูมิต่ำกว่าคาร์บอนมอนนอกไซด์ที่เกิดขึ้นสามารถถูกปรับสภาพใหม่เพื่อผลิตไฮโดรเจนและคาร์บอนไดออกไซด์ วิธีการผลิตไฮโดรเจนนี้มีอัตราประสิทธิภาพ 65% ถึง 75%
อีกวิธีหนึ่งในการผลิตไฮโดรเจนเรียกว่าไฮโดรเจนหยิก กระบวนการนี้เปลี่ยนการใช้ไฮโดรเจนไปทั่วพื้นที่ของกระบวนการแคร็กไฮโดร เป้าหมายคือการสร้างกระบวนการสุดท้ายที่ไม่ได้ผลิตหรือปล่อยไฮโดรเจน ไฮโดรเจนส่วนเกินใด ๆ จะถูกจับและใช้เพื่อจุดประสงค์อื่น
อิเล็กโทรไลซิสและเทอร์โมไลซิสใช้ในการผลิตไฮโดรเจนในระดับอุตสาหกรรม หรือที่เรียกว่าการแยกน้ำวิธีนี้แยกโมเลกุลไฮโดรเจนออกจากโมเลกุลออกซิเจนในน้ำโดยผ่านกระแสไฟฟ้าผ่านน้ำ ในขณะที่ส่วนของกระบวนการอิเล็กโทรไลซิสนั้นมีประสิทธิภาพโดยปราศจากความร้อนเป็นพิเศษ แต่อุณหภูมิที่สูงขึ้นของเทอร์โมไลซิสทำให้ผลผลิตของไฮโดรเจนมีมากขึ้น ในบางกรณีปัสสาวะถูกใช้แทนที่น้ำทำให้กระบวนการมีประสิทธิภาพมากขึ้น 332%
การผลิตไฮโดรเจนชีวภาพสร้างไฮโดรเจนที่ใช้ประโยชน์ได้เนื่องจากกระบวนการทางชีวภาพ การใช้ปฏิกิริยาหมักเอนไซม์และอิเล็กโตรเจนจิเนสสามารถผลิตไฮโดรเจนจากวัสดุชีวภาพและของเสีย การหมักใช้แบคทีเรียในการย่อยสลายวัสดุชีวภาพเพื่อผลิตไฮโดรเจนในกระบวนการ ปฏิกิริยาเอนไซม์ใช้เอนไซม์ในการสร้างไฮโดรเจนจากผลิตภัณฑ์น้ำตาล Electrohydrogenesis เป็นกระบวนการทางชีวภาพที่เป็นผลมาจากจุลินทรีย์และการสลายตัวของน้ำเสียหรือวัสดุพืช
แม้ว่ามันจะถูกนำมาใช้เป็นแหล่งพลังงานสะอาดเพื่อให้พลังงานแก่กระบวนการทางอุตสาหกรรม แต่ก็ต้องมีการพัฒนาวิธีการประหยัดต้นทุนในการผลิตไฮโดรเจนจำนวนมากเพื่อให้เป็นเชื้อเพลิงทางเลือกในการแข่งขัน ด้วยการพัฒนาและวิจัยวิธีการผลิตไฮโดรเจนต่อไปจึงเป็นไปได้ที่จะสร้างเศรษฐกิจที่ใช้ไฮโดรเจนเป็นหลักลดการพึ่งพาเชื้อเพลิงฟอสซิล เมื่อค้นพบวิธีการผลิตไฮโดรเจนที่ดีขึ้นและมีประสิทธิภาพมากขึ้นทรัพยากรเหล่านี้อาจถูกใช้เป็นแหล่งเชื้อเพลิงทางเลือก เชื้อเพลิงทางเลือกนี้สามารถใช้กับรถยนต์พลังงานไฮโดรเจนอุปกรณ์อุตสาหกรรมและอุปกรณ์พลังงานสะอาดอื่น ๆ
