สามารถสร้างต้นทุนเอทานอลได้โดยการแยกย่อยผลิตภัณฑ์และบริการที่ใช้ในการผลิตเชื้อเพลิงทางเลือกนี้ ในกรณีส่วนใหญ่การสร้างเอทานอลเกรดเชื้อเพลิงต้องใช้แหล่งแป้งโรงงานผลิตและสารเติมแต่งเพื่อแปลงแป้งเป็นน้ำตาลและกำจัดน้ำออกจากเอทานอล ผู้สนับสนุนค่าใช้จ่ายเอทานอลอื่น ๆ อาจรวมถึงการขนส่งเชื้อเพลิงและการบำรุงรักษาโรงงานผลิตเอทานอล
แหล่งแป้งที่ใช้กันมากที่สุดที่ใช้ในการผลิตเอทานอลคือข้าวโพด ข้าวโพดสามารถปลูกได้โดยมีวัตถุประสงค์เพียงอย่างเดียวในการผลิตเอทานอลหรือเพื่อบริโภคทั้งเอทานอลและมนุษย์ ไม่มีความแตกต่างระหว่างข้าวโพดเกรดเอธานอลและข้าวโพดที่ได้รับอนุมัติให้ใช้เป็นแหล่งอาหาร ต้นทุนเอทานอลจะแตกต่างกันไปตามราคาตลาดของข้าวโพดในปัจจุบันหรือในรูปแบบอื่น ๆ ของแป้งที่ใช้ในการผลิตเชื้อเพลิงเอทานอล
โรงงานผลิตจะต้องแปลงแป้งจากข้าวโพดหรือแหล่งอื่นเป็นเอทานอล สิ่งอำนวยความสะดวกเหล่านี้สามารถติดตั้งถังกลั่นถังหมักและถังที่ใช้สำหรับผสม ผลผลิตที่ต้องการของโรงกลั่นชีวภาพดังกล่าวอาจส่งผลกระทบต่อขนาดของอุปกรณ์ที่ใช้ผลิตเอทานอล ปัจจัยเหล่านี้จะต้องนำมาพิจารณาในการพิจารณาต้นทุนเอทานอล
ในการแปลงแป้งที่ใช้ผลิตเอทานอลเป็นแอลกอฮอล์บริสุทธิ์ต้องใช้เอนไซม์และสารเติมแต่ง ในปี 2005 เอนไซม์ตัวใหม่ล่าสุดที่ใช้ในการแปลงแป้งข้าวโพดเป็นน้ำตาลคือเอนไซม์อัลฟาอะไมเลส สารเติมแต่งอื่น ๆ ที่จำเป็นอาจรวมถึงจุลินทรีย์ในการแปลงน้ำตาลเป็นแอลกอฮอล์เช่นเดียวกับวัสดุดูดซับเพื่อเอาน้ำออกจากเอทานอลในตอนท้ายของการผลิต วัสดุเหล่านี้ทั้งหมดอาจมีส่วนทำให้ต้นทุนโดยรวมของเอทานอล
เมื่อผลิตเอทานอลแล้วอาจต้องย้ายเชื้อเพลิงชีวภาพไปยังที่เก็บสินค้าหรือสถานที่ที่ใช้ผสมเอทานอลกับน้ำมันเบนซินแบบดั้งเดิม หลายเมืองต้องการเชื้อเพลิงที่ผสมเอทานอล 10% ต่ออัตราส่วนน้ำมันเบนซิน 90% เพื่อลดก๊าซเรือนกระจกที่ปล่อยออกจากรถยนต์โดยใช้เชื้อเพลิงนี้ เอทานอลยังสามารถผสมในอัตราส่วนของเอทานอล 85% ต่อน้ำมันเบนซิน 15% ส่งผลให้ E85 เรียกว่าเอทานอล ค่าใช้จ่ายในการขนส่งอาจเปลี่ยนแปลงต้นทุนของเอทานอล
การผลิตเอทานอลยังต้องมีการบำรุงรักษาโรงกลั่นชีวภาพ พนักงานมักจะทำงานเพื่อผลิตเอทานอลและทำให้โรงกลั่นชีวภาพทำงานได้อย่างเต็มประสิทธิภาพ การบำรุงรักษาเครื่องจักรที่ใช้ในแต่ละขั้นตอนของการผลิตเอทานอลอาจต้องมีการทำความสะอาดซ่อมแซมและปรับปรุงอย่างเป็นระบบเพื่อให้สามารถทำงานต่อได้อย่างปลอดภัยและมีประสิทธิภาพ ค่าใช้จ่ายของการบำรุงรักษาและเงินเดือนดังกล่าวอาจถูกบวกเข้ากับต้นทุนเอทานอล
