ไมโครคอนโทรลเลอร์ของมอเตอร์สเต็ปคือชิ้นส่วนของฮาร์ดแวร์ที่สามารถควบคุมมอเตอร์สเต็ปได้โดยบอกให้มอเตอร์ทราบว่ามีพัลส์แม่เหล็กหรือขั้นตอนในการหมุนมอเตอร์ สเต็ปเปอร์มอเตอร์ทุกตัวต้องการชุดควบคุมบางประเภทและผู้ใช้สามารถเลือกใช้คอมพิวเตอร์เต็มรูปแบบหรือไมโครคอนโทรลเลอร์สเต็ปปิ้งมอเตอร์ การใช้ไมโครคอนโทรลเลอร์นั้นทำได้ยากขึ้นเล็กน้อยเนื่องจากการติดตั้งนั้นยากกว่า แต่ก็ทำให้มอเตอร์สามารถทำงานได้อย่างอิสระจากคอมพิวเตอร์ ไมโครคอนโทรลเลอร์ใช้พลังงานน้อยกว่าคอมพิวเตอร์เป็นอย่างมากและอาจจำเป็นต้องใช้พลังงานต่ำในแอพพลิเคชั่นสเต็ปเปอร์มอเตอร์
มอเตอร์สเต็ปเปอร์ทั้งหมดถูกควบคุมด้วยแรงกระตุ้นไฟฟ้าซึ่งทำให้มีความแม่นยำสูง แตกต่างจากมอเตอร์อื่น ๆ ซึ่งเมื่อปั่นสามารถหมุนได้มากกว่าหรือน้อยกว่าที่ต้องการมอเตอร์สเต็ปจะแบ่งการหมุนเป็นขั้นตอน ตัวควบคุมไม่ว่าจะเป็นคอมพิวเตอร์หรือไมโครคอนโทรลเลอร์ป้อนคำแนะนำที่ทำให้มอเตอร์เคลื่อนที่ตามจำนวนขั้นตอนที่ระบุเท่านั้น
ไมโครคอนโทรลเลอร์สเต็ปมอเตอร์เป็นฮาร์ดแวร์ชิ้นเล็ก ๆ ที่มีอยู่น้อยมาก มักจะมีหน่วยความจำและหน่วยประมวลผลอยู่บ้าง แต่ก็มีไม่เพียงพอที่จะทำให้มันทำงานได้ตามลำพัง ฮาร์ดแวร์นี้ใช้สำหรับแอปพลิเคชันแบบฝังซึ่งผู้ใช้แทรกการเขียนโปรแกรมลงในไมโครคอนโทรลเลอร์และคอนโทรลเลอร์จะฟีดการเขียนโปรแกรมลงในฮาร์ดแวร์อีกชิ้นหนึ่งเช่นมอเตอร์สเต็ปเปอร์
ในการเริ่มต้นไมโครคอนโทรลเลอร์ stepper มอเตอร์เชื่อมต่อกับคอมพิวเตอร์ จากนั้นผู้ใช้คอมพิวเตอร์จะเขียนโปรแกรมสำหรับสเต็ปเปอร์มอเตอร์ตามความเร็วของการหมุนของมอเตอร์และจำนวนก้าวที่จะเคลื่อนที่ หลังจากการเขียนโปรแกรมเสร็จสิ้นไมโครคอนโทรลเลอร์จะถูกฝังลงในสเต็ปเปอร์มอเตอร์
กระบวนการฝังอาจเป็นเรื่องยากสำหรับผู้ใช้ใหม่และผู้ที่มีปัญหาในการอ่านแผนผัง ต้องต่อสายอย่างระมัดระวังและถูกต้องเข้ากับไมโครคอนโทรลเลอร์จากสเต็ปเปอร์มอเตอร์ หากตั้งสายไฟไม่ถูกต้องมอเตอร์จะไม่ทำงานหรืออาจจะสั้น
ในขณะที่ใช้เวลานานกว่านั้นเล็กน้อยไมโครคอนโทรลเลอร์ของมอเตอร์สเต็ปจะแสดงข้อได้เปรียบบางประการมากกว่าการใช้คอมพิวเตอร์เป็นตัวควบคุม ตอนนี้มอเตอร์สามารถใช้งานได้อย่างอิสระจากคอมพิวเตอร์ดังนั้นผู้ใช้สามารถเคลื่อนที่ไปรอบ ๆ มอเตอร์และอุปกรณ์ใด ๆ ที่เชื่อมต่อกับมัน ไมโครคอนโทรลเลอร์ใช้พลังงานน้อยลงและหากแอปพลิเคชันมีความไวต่อพลังงานก็จะช่วยได้ ไมโครคอนโทรลเลอร์ยังมีราคาถูกกว่าชุดควบคุมอื่น ๆ ซึ่งทำให้ดีขึ้นสำหรับมือสมัครเล่นและสำหรับ บริษัท ที่ต้องการประหยัดเงิน
