เกษตรอินทรีย์เป็นรูปแบบของการเกษตรที่อาศัยทั้งหมดโดยวิธีธรรมชาติของการควบคุมศัตรูพืชการปฏิสนธิและการเจริญเติบโตของพืช เกษตรอินทรีย์มักถูกนำมาใช้เป็นทางเลือกแทนการทำการเกษตรแบบ "ดั้งเดิม" ซึ่งมักอาศัยสารกำจัดศัตรูพืชทางเคมีและปุ๋ยเพื่อให้ได้ผลผลิตที่สูงขึ้น การทำเกษตรอินทรีย์ได้รับการพิจารณาอย่างยั่งยืนและมีสุขภาพดีกว่าการทำฟาร์มแบบดั้งเดิมโดยผู้เชี่ยวชาญจำนวนมากแม้ว่าจะไม่ได้รับการฝึกฝนอย่างกว้างขวางเมื่อเทียบกับวิธีการทำฟาร์มแบบดั้งเดิม
หากต้องการได้รับการระบุว่าเป็นฟาร์ม "ปลอดสารพิษ" อย่างเป็นทางการในประเทศที่เข้าร่วมจะต้องปฏิบัติตามกฎระเบียบที่กำหนดโดยสหพันธ์การเคลื่อนย้ายเกษตรอินทรีย์ระหว่างประเทศ IFOAM เน้นการใช้กระบวนการทางนิเวศวิทยาธรรมชาติเพื่อเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร สินค้าเกษตรอินทรีย์ที่ผ่านการรับรองจะต้องมาจากฟาร์มที่ปราศจากยาฆ่าแมลงและการดัดแปลงพันธุกรรม
เกษตรอินทรีย์มักอาศัยการควบคุมศัตรูพืชทางชีวภาพมากกว่าการใช้สารเคมีที่อาจเป็นอันตราย การควบคุมศัตรูพืชแบบชีวภาพเกี่ยวข้องกับการปล่อยเกษตรด้วยสัตว์นักล่าตามธรรมชาติของศัตรูพืชเกษตรทั่วไป นักล่าตามธรรมชาติกินปรสิตหรือสัตว์กินพืชที่มีหน้าที่ทำลายพืชผลจึงไม่จำเป็นต้องใช้ยาฆ่าแมลง
โดยทั่วไปแล้วการทำเกษตรอินทรีย์ถือเป็นการพัฒนาที่ยั่งยืนและเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม แต่บางครั้งการควบคุมศัตรูพืชทางชีวภาพก็ทำให้เกิดข้อโต้แย้งทางนิเวศวิทยา ในบางกรณีการควบคุมศัตรูพืชทางชีวภาพสามารถทำลายระบบนิเวศตามธรรมชาติของพื้นที่ แม้ว่าสิ่งที่เรียกว่า "ศัตรูพืช" นั้นถือว่าไม่ดีต่อพืชผลทางการเกษตร แต่ก็เป็นส่วนสำคัญของระบบนิเวศในท้องถิ่น การทำลายศัตรูพืชในท้องถิ่นสามารถทำให้เสียสมดุลตามธรรมชาติเช่นเดียวกับการเพิ่มของนักล่าใหม่
การถกเถียงกันน้อยกว่าการควบคุมศัตรูพืชการปฏิสนธิตามธรรมชาติเป็นวัตถุดิบของเกษตรอินทรีย์ การปฏิสนธิตามธรรมชาติมักส่งเสริมให้พืชมีสุขภาพดีใช้ "ปุ๋ยพืชสด" ปุ๋ยพืชสดที่เกี่ยวข้องกับการปลูกพืชคลุมดินที่ออกแบบมาเพื่อเพิ่มธาตุอาหารในดิน พืชคลุมดินจะปลูกในช่วงเวลาสั้น ๆ จากนั้นจะถูกนำไปปลูกในดินเพื่อย่อยสลาย พืชที่ย่อยสลายจะเพิ่มอินทรียวัตถุที่อุดมด้วยสารอาหารลงไปที่พื้น วิธีนี้บางครั้งใช้ควบคู่กับปุ๋ยคอกสัตว์ที่ปราศจากฮอร์โมนการเจริญเติบโต
การหมุนเวียนพืชยังใช้ในเกษตรอินทรีย์เพื่อให้แน่ใจว่าดินอุดมสมบูรณ์ การหมุนเวียนพืชเป็นวิธีปฏิบัติที่มีอายุมากโดยการปลูกพืชหมุนเวียนในรอบการหมุนที่เหมาะสมที่สุดสำหรับฤดูกาลที่เฉพาะเจาะจงและสภาพดิน การปลูกพืชหมุนเวียนช่วยให้ดินมีสุขภาพดีโดยไม่ต้องใช้ปุ๋ยมากเกินไป
ผลิตจากฟาร์มเกษตรอินทรีย์ต้องเป็นธรรมชาติโดยไม่มีการสับเปลี่ยนทางพันธุกรรม ฟาร์มทั่วไปในปัจจุบันมักอาศัยการจัดการยีนอย่างมากเพื่อกระตุ้นการเจริญเติบโตที่รวดเร็วและการป้องกันศัตรูพืชที่เพิ่มขึ้น ในขณะที่สหรัฐอเมริกาสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา (FDA) ได้อนุมัติอาหารดัดแปลงพันธุกรรมมากมายมีการศึกษาระยะยาวเพียงไม่กี่เรื่องและหลายคนกังวลว่าอาหารดัดแปลงพันธุกรรมนั้นไม่ดีต่อสุขภาพเช่นเดียวกับสารอินทรีย์
