ขยะทางการแพทย์ที่มีการควบคุม (RMW) เป็นของเสียที่ก่อให้เกิด "ความเสี่ยงที่สำคัญ" ต่อสุขภาพของมนุษย์ผ่านการติดเชื้อ ขยะทางการแพทย์มักจะเกิดขึ้นจากสถานพยาบาลซึ่งประกอบด้วยส่วนต่างๆของร่างกายเนื้อเยื่อร่างกายเลือดและสิ่งของที่ปนเปื้อนด้วยเลือดหรือของเหลวในร่างกายอื่น ๆ ในสหรัฐอเมริกาการกำจัดของเสียทางการแพทย์ที่รู้จักกันว่าของเสียอันตรายทางชีวภาพถูกควบคุมโดยหน่วยงานคุ้มครองสิ่งแวดล้อม (EPA) และบังคับใช้โดยหน่วยงานของรัฐ ขยะทางการแพทย์ถูกควบคุมอย่างใกล้ชิดในหลาย ๆ ประเทศ
ขยะทางการแพทย์ที่มีการควบคุมนั้นได้รับความสนใจจากสาธารณชนในสหรัฐอเมริกาในช่วงปลายทศวรรษ 1980 หลังจากเกิดเหตุการณ์หลายครั้งที่มีเข็มและวัสดุชีวภาพอื่น ๆ ที่ถูกชะล้างบนชายหาด ความสนใจของสื่อเกี่ยวกับการแพร่ระบาดของโรคเอดส์ทำให้ความสำคัญของการกำจัดของเสียที่ปนเปื้อนอยู่ในระดับเหมาะสมและเกิดเสียงโวยวายต่อสาธารณะ สิ่งนี้ทำให้รัฐสภาคองเกรสแห่งสหรัฐอเมริกาประกาศใช้พระราชบัญญัติการติดตามของเสียทางการแพทย์ในปี 2531 โดยกำหนดให้วัสดุชีวภาพทั้งหมดแยกจากสำนักงานทั่วไปและขยะในครัวเรือน
ปลายปี 1997 90% ของขยะทางการแพทย์ที่ได้รับการควบคุมทั้งหมดในสหรัฐอเมริกาถูกเผา แต่ความกังวลเกี่ยวกับการปล่อยของเตาเผาขยะได้กระตุ้นให้ EPA สร้างแนวทางเกี่ยวกับการปล่อยของเตาเผาขยะ แนวทางใหม่คาดว่าจะมีการลดการปล่อยไดออกซิน, ปรอท, อนุภาคและไฮโดรเจนคลอไรด์ 90 ถึง 98% จากแนวทางของ EPA ทำให้เตาเผาขยะทางการแพทย์ที่มีอยู่ประมาณ 50 ถึง 80% ถูกหยุดใช้งาน
กฎหมายใหม่เพิ่มค่าใช้จ่ายในการกำจัดของเสียทางการแพทย์ที่มีการควบคุมเป็นสิบเท่า ศูนย์สุขภาพหลายแห่งไม่สามารถครอบคลุมค่าใช้จ่ายที่เพิ่มขึ้นอย่างยั่งยืนและการเคลื่อนไหวเกิดขึ้นเพื่อค้นหาวิธีการอื่นในการกำจัด วิธีที่ปลอดภัยและเป็นไปได้ที่สุดในเชิงเศรษฐศาสตร์คือการทำหมันของเสียเพื่อกำจัดสิ่งปนเปื้อนจากนั้นทำการทิ้งในหลุมฝังกลบ
ขยะทางการแพทย์ที่มีการควบคุมสามารถฆ่าเชื้อได้ด้วยความร้อน การรักษาที่พบมากที่สุดคือการนึ่งด้วยไอน้ำซึ่งรวมความร้อนสูงและความดันสูงเพื่อฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ การรักษาอื่น ๆ รวมถึงการฆ่าเชื้อด้วยไมโครเวฟระบบความร้อนแห้งหรือเทคโนโลยีอาร์คพลาสม่า วิธีการเหล่านี้ทั้งหมดมีประสิทธิภาพแม้ว่าต้นทุนของอุปกรณ์จะสูงและขยะจะต้องได้รับการบำบัดเป็นระยะเวลาหนึ่งเพื่อให้แน่ใจว่าสิ่งมีชีวิตที่ปนเปื้อนทั้งหมดถูกฆ่าตาย
อีกวิธีหนึ่งในการฆ่าเชื้อของเสียทางการแพทย์ที่ได้รับการควบคุมคือการสัมผัสกับสารเคมีที่ออกซิไดส์โดยทั่วไปคือคลอรีน วิธีนี้เหมาะสำหรับขยะปริมาณน้อยกว่าเพราะใช้สารเคมีและผลิตสารพิษเช่นคลอโรฟอร์ม โอโซนยังถูกนำมาใช้ในการฆ่าเชื้อของเสียทางการแพทย์เพราะมันไม่ได้ก่อให้เกิดผลพลอยได้ที่เป็นอันตรายแม้ว่าจะมีความเสี่ยงต่อคนงานในระหว่างการรักษาเนื่องจากผลกระทบด้านลบของโอโซนต่อปอด
