การที่เอทานอลโน้มน้าวให้รัฐบาลหลายประเทศโดยเฉพาะอย่างยิ่งสหรัฐฯได้นำไปสู่การโต้เถียงอย่างมาก ในสหรัฐอเมริกาที่ซึ่งเงินจำนวนหนึ่งพันล้านดอลลาร์ของผู้เสียภาษีถูกใช้ไปกับเงินอุดหนุนเอทานอลการโต้เถียงได้เกิดขึ้นอย่างรุนแรงโดยเฉพาะอย่างยิ่งและมีเหตุผลหลายประการที่อยู่เบื้องหลัง หลายคนต้มจนทะเลาะกันเรื่องเอทานอลโดยเฉพาะอย่างยิ่งเอทานอลข้าวโพดเป็นเรื่องน่าอัศจรรย์อย่างที่ผู้คนอ้างว่าเป็นหรือไม่
นักเศรษฐศาสตร์บางคนแย้งว่าเมื่อผลิตภัณฑ์มีคุณค่าโดยธรรมชาติคนจะจ่ายเพื่อให้ได้เงินอุดหนุนที่ไม่จำเป็น การลดต้นทุนการผลิตเอทานอลให้แก่ผู้เสียภาษีแม้ว่าจะเป็นทางอ้อมและทำให้ราคาต่ำลงแทนที่จะปล่อยให้พวกเขาตั้งค่าตามมูลค่าตลาดที่เป็นธรรม นักเศรษฐศาสตร์ที่ต้องการเห็นการส่งเสริมพลังงานที่ยั่งยืนโดยทั่วไปอ้างว่าการอุดหนุนเอทานอลใช้เงินทุนจากแหล่งพลังงานอื่นที่ยั่งยืนรวมถึงแหล่งที่สะอาดกว่ามีประสิทธิภาพมากกว่าและได้รับง่ายกว่าเอทานอล
การอุดหนุนเอทานอลอาจมีบทบาทในการเพิ่มราคาอาหารและในการอภิปรายอาหารและเชื้อเพลิงอย่างต่อเนื่อง ข้อโต้แย้งคือว่าเกษตรกรมีค่าใช้จ่ายมากขึ้นในการผลิตพืชอาหารเป็นอาหารเนื่องจากพืชเหล่านี้ได้รับการอุดหนุนน้อยกว่าและพวกเขาส่งผ่านราคาไปยังผู้บริโภค การจัดหาอาหารก็ลดลงเนื่องจากการอุดหนุนเอทานอลภายใต้เหตุผลนี้เนื่องจากเกษตรกรมีแรงจูงใจในการปลูกพืชสำหรับเอทานอลดังนั้นพวกเขาจึงหันเหความสนใจไปที่ไร่ซึ่งเคยใช้เป็นแหล่งอาหารเพื่อปลูกข้าวโพด การลดลงของอุปทานสามารถทำให้เกิดการเพิ่มขึ้นของราคาและแม้กระทั่งการขาดแคลนในบางกรณี
เอทานอลเองนั้นเป็นเชื้อเพลิงที่มีข้อดีที่น่าสงสัย มันต้องมีการจัดการเป็นพิเศษรวมถึงน้ำมันเบนซินสูตรเฉพาะสำหรับการผสมเชื้อเพลิงและขั้นตอนการขนส่งพิเศษซึ่งทำให้มีราคาแพง มันไม่ได้เผาไหม้หมดจดอย่างสิ้นเปลืองและประหยัดพลังงานน้อยกว่าน้ำมันเบนซินซึ่งหมายความว่ารถที่วิ่งกับเอทานอลหรือส่วนผสมของเอธานอล / น้ำมันเบนซินจะมีระยะทางที่ต่ำกว่า นอกจากนี้การผลิตเอทานอลเองนั้นไม่ได้ใช้พลังงานอย่างมีประสิทธิภาพและในบางกรณีเชื้อเพลิงอาจมีราคาสูงกว่าในการผลิตและขนส่งมากกว่าที่ผลิต
นักวิจารณ์เรื่องการอุดหนุนเอทานอลให้เหตุผลว่ากองทุนของรัฐบาลควรมุ่งเน้นไปที่การส่งเสริมแหล่งพลังงานทดแทนที่เป็นนวัตกรรมใหม่อย่างแท้จริงแทนที่จะใช้เป็นเชื้อเพลิงที่มีค่าน่าสงสัย การคงการอุดหนุนเอทานอลนั้นดูสิ้นเปลืองภายใต้อาร์กิวเมนต์นี้ การเลือกว่าจะกำหนดเป้าหมายกองทุนจะเป็นประโยชน์มากขึ้นในระยะยาวแม้ว่าเทคโนโลยีใหม่จะไม่ประสบความสำเร็จในทันที
