ดีเซลและไบโอดีเซลเป็นสองผลิตภัณฑ์ที่สามารถทำงานได้เหมือนกัน แต่มาจากแหล่งที่แตกต่างกันมาก ทั้งดีเซลและไบโอดีเซลสามารถใช้เป็นเชื้อเพลิงในรถยนต์ดีเซลเช่นรถยนต์รถบรรทุกรถแทรกเตอร์และเครื่องตัดหญ้าแบบขับเคลื่อนได้ ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างแหล่งเชื้อเพลิงทั้งสองนี้คือดีเซลมาจากปิโตรเลียมซึ่งเป็นผลพลอยได้จากเชื้อเพลิงฟอสซิลที่ไม่สามารถนำกลับมาใช้ใหม่ได้ในขณะที่ไบโอดีเซลนั้นสกัดจากพืชเมล็ดพืชและน้ำมันจากสัตว์ ดีเซลและไบโอดีเซลก็มีให้เลือกเช่นกัน ในขณะที่น้ำมันดีเซลมักจะเป็นผลิตภัณฑ์มาตรฐานที่สถานีบริการน้ำมันส่วนใหญ่ซัพพลายเออร์ไบโอดีเซลมักจะอยู่ห่างกันไม่มากนัก
เดิมทีเครื่องยนต์ดีเซลถูกสร้างขึ้นให้เป็นผลิตภัณฑ์ที่มีประสิทธิภาพมากกว่าเครื่องยนต์เบนซิน น้ำมันดีเซลที่มีความมันและหนากว่าน้ำมันเบนซินต้องการการกลั่นน้อยกว่าน้ำมันเบนซินและโดยทั่วไปก็มีราคาไม่แพงเช่นกัน ได้รับความนิยมจากอุตสาหกรรมรถบรรทุกดีเซลมักได้รับความนิยมมากกว่าน้ำมันเบนซินสำหรับยานพาหนะขนาดใหญ่ที่รับภาระหนัก
แม้ว่าจะค่อนข้างมีประสิทธิภาพมากกว่าน้ำมันเบนซิน แต่ข้อเสียหลักของดีเซลแบบดั้งเดิมคือผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ในกระบวนการเผาไหม้ดีเซลปล่อยเขม่าและไนโตรเจนในระดับสูงซึ่งแปลเป็นมลพิษทางอากาศที่เพิ่มขึ้นหมอกควันและความเข้มข้นสูงของกรดในน้ำฝน นอกจากนี้เช่นน้ำมันเบนซินดีเซลยังปล่อยก๊าซเรือนกระจกเช่นคาร์บอนมอนอกไซด์ซึ่งอาจนำไปสู่ภาวะโลกร้อนและความเสียหายของโอโซน อีกเรื่องหนึ่งที่เกี่ยวกับดีเซลแบบดั้งเดิมคือมันมาจากแหล่งที่ไม่หมุนเวียนซึ่งหมายความว่าการใช้น้ำมันมากเกินไปอาจนำไปสู่การสูญเสียหรือแม้แต่การทำลายล้างทรัพยากรธรรมชาติทั้งหมด แม้ว่าการปล่อยก๊าซเรือนกระจกจะต่ำกว่าน้ำมันเบนซิน แต่ผู้เชี่ยวชาญด้านสิ่งแวดล้อมหลายคนคิดว่าดีเซลเป็นภัยคุกคามที่รุนแรงต่อคุณภาพอากาศและสิ่งแวดล้อม
ไบโอดีเซลคือพลังงานทดแทนจากน้ำมันดีเซลที่ทำจากน้ำมันที่ย่อยสลายได้ทางชีวภาพเช่นถั่วเหลืองหรือน้ำมันถั่วลิสง เมื่อรวมกับแอลกอฮอล์บางชนิดไขมันในน้ำมันเหล่านี้จะสร้างสายโซ่ยาวของสารเคมีที่เรียกว่าเอสเทอร์ซึ่งทำให้น้ำมันใช้เป็นเชื้อเพลิงได้ ไบโอดีเซลสามารถใช้ได้กับเครื่องยนต์ดีเซลเกือบทุกประเภทโดยมีการดัดแปลงเพียงเล็กน้อยและไม่มีความเสียหายต่อเครื่องยนต์ นอกจากจะมาจากแหล่งพลังงานหมุนเวียนไบโอดีเซลยังปล่อยสารมลพิษในอากาศ
ในการเปรียบเทียบน้ำมันดีเซลกับไบโอดีเซลนั้นง่ายที่จะคิดว่าน้ำมันดีเซลเป็นสิ่งที่ชั่วร้ายและไบโอดีเซลนั้นเป็นผลิตภัณฑ์ที่น่าอัศจรรย์ปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม ในความเป็นจริงดีเซลถูกสร้างขึ้นเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพของเครื่องยนต์จึงลดการสิ้นเปลืองเชื้อเพลิงลง ไบโอดีเซลในขณะที่มีข้อได้เปรียบมากมายในแง่ของการลดมลพิษต้องหันเหความสนใจของพืชอาหารไปสู่การผลิตน้ำมัน ในประเทศกำลังพัฒนาบางคนกังวลว่าการหันเหความสนใจของพืชเพื่อผลิตไบโอดีเซลและเชื้อเพลิงชีวภาพอื่น ๆ อาจนำไปสู่อุปทานอาหารที่ลดลงและความอดอยากในระดับที่สูงขึ้น ในขณะที่ทั้งดีเซลและไบโอดีเซลดูเหมือนจะไม่ได้รับคำตอบที่สมบูรณ์แบบสำหรับอนาคตของเชื้อเพลิงทั้งสองเป็นขั้นตอนที่สำคัญบนเส้นทางที่ยาวไปสู่แหล่งพลังงานสะอาดและทดแทนได้และมีประสิทธิภาพสำหรับการขนส่ง
