เช่นเดียวกับยารักษาโรคอื่น ๆ ยาปฏิชีวนะมีผลกระทบที่พิสูจน์แล้วว่าเป็นประโยชน์ช่วยในการป้องกันการติดเชื้อแบคทีเรียซึ่งครั้งหนึ่งยากต่อการรักษา อย่างไรก็ตามมีความกังวลมากขึ้นเรื่อย ๆ ว่าการใช้ยาปฏิชีวนะมากเกินไปทำให้เกิดแบคทีเรียที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะได้ แหล่งที่มาของความขัดแย้งที่สำคัญอีกอย่างคือการใช้ยาปฏิชีวนะโดยอุตสาหกรรมอาหารเพื่อเลี้ยงปศุสัตว์และเพิ่มการผลิตซึ่งนำไปสู่ความกังวลเกี่ยวกับผลกระทบต่อสัตว์และสุขภาพของมนุษย์ เช่นเดียวกับการรักษาด้วยยาทั้งหมดยาปฏิชีวนะอาจมีผลข้างเคียงในทางลบซึ่งอาจเป็นผลมาจากปฏิกิริยาการแพ้จากการใช้ผิดวิธีหรือจากการฆ่าเชื้อแบคทีเรียที่ดีโดยไม่ตั้งใจข้างๆที่ไม่ดี ในขณะที่มนุษยชาติเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับประโยชน์และข้อเสียของพวกเขาสังคมและชุมชนทางการแพทย์กำลังเรียนรู้วิธีปรับแต่งการใช้ยาปฏิชีวนะเพื่อให้แน่ใจว่าพวกเขามีผลกระทบต่อสุขภาพที่ดีที่สุด
การค้นพบยาปฏิชีวนะในศตวรรษที่ 20 เป็นช่วงเวลาที่สำคัญสำหรับสังคมและชุมชนทางการแพทย์เมื่อเทียบกับการค้นพบการฉีดวัคซีน ในขณะที่การฉีดวัคซีนทำให้สิ้นชีพโรคไวรัสร้ายแรงที่ผู้คนไม่มีอำนาจพอที่จะต่อต้านเช่นโปลิโอ, ไข้หวัดและ tendinitis, ยาปฏิชีวนะให้วิธีการฆ่าเชื้อแบคทีเรียที่ไม่ดีที่ก่อให้เกิดการติดเชื้อที่ทำให้อ่อนแอและก่อนหน้านี้เช่นวัณโรคเยื่อหุ้มสมองอักเสบ อัตราการเสียชีวิตเนื่องจากการติดเชื้อแบคทีเรียลดลงอย่างมีนัยสำคัญและประชากรเพิ่มขึ้นมีสุขภาพดี อย่างไรก็ตามในขณะที่แพทย์ทำการสั่งจ่ายยายาปฏิชีวนะเพื่อรักษาโรคจำนวนมากเป็นที่ประจักษ์ชัดว่าอาจมีข้อเสียในการใช้ยาเกินขนาด
เมื่อยาปฏิชีวนะได้รับความนิยมมากขึ้นผู้ป่วยก็มาพบพวกเขาเป็นส่วนหนึ่งของชีวิตปกติและแพทย์สั่งให้พวกเขาในจำนวนที่บันทึก สิ่งนี้นำไปสู่ปัญหาที่ไม่คาดคิด: แบคทีเรียบางชนิดเริ่มมีวิวัฒนาการและสร้างภูมิคุ้มกันในการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ ความสามารถในการกลายพันธุ์ของแบคทีเรียในการตอบสนองต่อการรักษานั้นเรียกว่าการดื้อยาปฏิชีวนะ โรคที่ครั้งหนึ่งดูเหมือนจะทำให้ดีขึ้นโดยยาปฏิชีวนะทำให้ฟื้นคืนชีพ ไม่ใช่ยาปฏิชีวนะที่ใช้ไม่ได้ผลทันใด แต่สมรรถภาพบางอย่างของพวกเขาหายไป สิ่งนี้ไม่เพียงเป็นผลของการใช้มากเกินไปและมากเกินไป แต่ยังใช้ในทางที่ผิด สังคมมีขอบเขตมาเพื่อดูยาปฏิชีวนะเป็นผ้าพันแผลสำหรับทุกสิ่งแม้แต่โรคไวรัสที่พวกเขาไม่สามารถรักษาได้ เป็นผลให้สังคมการแพทย์ในปัจจุบันสนับสนุนให้ใช้ยาปฏิชีวนะเฉพาะเมื่อจำเป็นจริงๆโดยหวังว่าการรักษาจะมีประสิทธิภาพ
การใช้ยาปฏิชีวนะโดยอุตสาหกรรมอาหารทำให้เกิดความกังวลเช่นกัน สังคมเกษตรกรรมเริ่มใช้ยาปฏิชีวนะในสัตว์ด้วยเหตุผลเดียวกับที่คนใช้เพื่อรักษาอาการเจ็บป่วยจากแบคทีเรีย เมื่อเวลาผ่านไปก็เห็นได้ชัดว่ายาปฏิชีวนะอาจทำให้น้ำหนักเพิ่มขึ้นในสัตว์ ยกตัวอย่างเช่นกับวัวน้ำหนักที่เพิ่มขึ้นนั้นให้ผลกำไรที่สำคัญสำหรับผู้เลี้ยงและเกษตรกรบางราย งานวิจัยชี้ให้เห็นว่าการใช้ยาปฏิชีวนะในสัตว์มากเกินไปทำให้สัตว์มีสมรรถภาพดีเลิศหรือแบคทีเรียที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะซึ่งมนุษย์บริโภคได้เมื่อกินเนื้อสัตว์ ความเจ็บป่วยที่เกี่ยวกับอาหารในคนอาจไม่สามารถรักษาด้วยยาปฏิชีวนะได้ นอกจากนี้ยังมีความกังวลเกี่ยวกับผลกระทบด้านลบต่อสุขภาพของสัตว์ เสียงทางการแพทย์ที่เคารพนับถือเช่นองค์การอนามัยโลก (WHO) ได้กระตุ้นให้สังคมพิจารณาความเสี่ยงของยาปฏิชีวนะในสัตว์และลดการใช้
