ความปลอดภัยของการอุดฟันแบบปรอทซึ่งจริง ๆ แล้วเป็นการรวมกันของโลหะรวมถึงเงินดีบุกสังกะสีและทองแดงพร้อมกับปรอทประมาณ 50% มักจะถูกถกเถียงกัน มีการศึกษาที่แสดงให้เห็นว่าปริมาณของสารปรอทในร่างกายของคนที่มีการอุดฟันปรอทสูงกว่าระดับปรอทอย่างมีนัยสำคัญในคนที่ไม่มีการอุดฟันเหล่านี้ ในขณะที่สารปรอทนั้นเป็นสารพิษที่สามารถก่อให้เกิดปัญหาสุขภาพจิตที่รุนแรง แต่ก็ยังไม่มีการศึกษาใดที่พิสูจน์ให้เห็นอย่างชัดเจนว่าการอุดฟันด้วยสารปรอทเป็นภัยคุกคามต่อสุขภาพของบุคคล
สมาคมทันตกรรมอเมริกัน (ADA) ยังคงใช้อุดฟันปรอทสำหรับผู้ป่วยจำนวนมาก ตำแหน่งอย่างเป็นทางการของ ADA คือการอุดฟันเหล่านี้ปลอดภัยสำหรับผู้ป่วยและปริมาณของสารปรอทที่ปล่อยเข้าสู่กระแสเลือดนั้นไม่เป็นผล องค์กรนี้ยังขอให้สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา (FDA) ไม่รวมคำเตือนให้กับผู้ป่วยที่ระบุถึงอันตรายที่อาจเกิดขึ้นจากปรอทเมื่อพวกเขากำลังพิจารณาว่าจะใช้สารอุดฟันชนิดนี้หรือไม่
การศึกษาที่ดำเนินการในปี 2000 แสดงให้เห็นว่าการอุดฟันด้วยสารปรอทสามารถปลดปล่อยสารปรอทออกสู่ร่างกายของบุคคลเมื่อมีการหายใจและเคี้ยว ไส้อาจเสื่อมสภาพเมื่อเวลาผ่านไปและสลายลงได้เร็วขึ้นเช่นกัน แม้ว่าการค้นพบเหล่านี้จะมีการศึกษาไม่ได้แสดงความแตกต่างทางความคิดอย่างมีนัยสำคัญระหว่างผู้ใหญ่ที่มีการอุดฟันด้วยปรอท ผลที่ได้จะเหมือนกันในเด็กที่มีความเสี่ยงมากที่สุดจากพิษของสารปรอท
การถกเถียงเรื่องการอุดฟันด้วยสารปรอททำให้หลายคนเลือกที่จะใช้วัสดุอุดที่ทำจากเรซิ่นแทนที่จะเป็นโลหะ พัฒนาการล่าสุดทำให้วัสดุอุดเหล่านี้แข็งแรงและทนทานมากกว่าที่เคยเป็นมาแม้ว่ามันจะยังคงพังบ่อยกว่าอุดฟันของปรอท การเติมเรซินยังมีประโยชน์ในการเป็นสีเดียวกับฟันซึ่งทำให้มองไม่เห็น นอกจากนี้การอุดฟันด้วยเรซินจำเป็นต้องให้ทันตแพทย์ทำการเจาะรูขนาดเล็กลงในฟันเมื่อทำการอุดช่อง
มีผู้ป่วยบางรายที่มีความกังวลมากพอกับการอุดฟันด้วยสารปรอทซึ่งพวกเขาเลือกที่จะลบออกเหล่านี้ ADA นี้ไม่แนะนำเนื่องจากอาจนำไปสู่ปัญหาเกี่ยวกับฟันหากไส้กรองไม่ได้รับการสกัดอย่างเหมาะสม ผู้ที่ยังคงมีความกังวลเกี่ยวกับการอุดฟันของปรอทสามารถเลือกที่จะมีการอุดฟันที่ทำจากเรซินแทนที่จะเป็นอะมัลกัมโลหะซึ่งมีอยู่ทั่วไปในสำนักงานทันตกรรมส่วนใหญ่
