การรักษาภาวะช่องคลอดอักเสบจากเชื้อแบคทีเรียมักอยู่ในรูปของยาปฏิชีวนะ บางครั้งภาวะช่องคลอดอักเสบจากแบคทีเรียจะหายไปเองหากไม่ได้รับการรักษาพยาบาล ผู้ที่ต้องการการรักษาภาวะช่องคลอดอักเสบจากแบคทีเรียมักจะได้รับการกำหนดทั้ง metronidazole หรือ clindamycin ซึ่งเป็นยาปฏิชีวนะสองประเภท ยาปฏิชีวนะทั้งสองนี้มาในรูปแบบเม็ดยาหรือในรูปแบบของครีมที่แทรกอยู่ภายในช่องคลอด การติดเชื้อแบคทีเรีย vaginosis ส่วนใหญ่จะหายไปเองภายในสองหรือสามวันหลังจากเริ่มการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ แต่แพทย์มักจะแนะนำให้ผู้หญิงทานยาปฏิชีวนะเป็นเวลาอย่างน้อยหนึ่งสัปดาห์แม้ว่าอาการจะหยุดลงก็ตาม
ผู้หญิงหลายคนที่มีภาวะช่องคลอดอักเสบจากเชื้อแบคทีเรียไม่มีอาการและด้วยเหตุนี้พวกเขาอาจไม่ทราบว่าตนเองติดเชื้อ ความจริงที่ว่าแบคทีเรีย vaginosis หายไปเป็นครั้งคราวด้วยตัวของมันเองหมายความว่ามีผู้หญิงบางคนที่อาจไม่ทราบว่าพวกเขาเคยมีมันโดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้าไม่มีอาการ ผู้หญิงไม่ควรหยุดยั้งการรักษาภาวะช่องคลอดอักเสบจากเชื้อแบคทีเรียเพราะเธอเชื่อว่าการติดเชื้อของเธอจะหายไปโดยไม่ได้รับการรักษา แม้ว่าบางครั้งแบคทีเรียจะหายไปโดยไม่ได้รับการรักษา แต่ก็อาจแย่ลงกว่าเดิมก่อนที่จะดีขึ้น โดยทั่วไปถือว่าดีที่สุดที่จะพบแพทย์หรือนรีแพทย์ทันทีที่มีอาการช่องคลอดอักเสบจากแบคทีเรียปรากฏขึ้นเพื่อให้ปัญหาไม่เลวร้ายลง
โดยทั่วไปแล้วแพทย์จะประเมินอาการของผู้หญิงนอกเหนือไปจากการตรวจกระดูกเชิงกรานก่อนที่จะสั่งการรักษาสำหรับภาวะแบคทีเรียในช่องคลอด อาการของภาวะแบคทีเรียในช่องคลอดมักจะคล้ายกับอาการติดเชื้อยีสต์และด้วยเหตุนี้ผู้หญิงหลายคนอาจเชื่อว่ามีการติดเชื้อยีสต์ มันมักจะไม่จนกระทั่งผู้หญิงพยายามรักษาโรคช่องคลอดอักเสบจากเชื้อของเธอด้วยครีมติดเชื้อยีสต์ที่มีขายตามเคาน์เตอร์ที่เธอรู้ว่าเธอมีปัญหาอื่นเพราะยาติดเชื้อยีสต์ไม่ได้ผลกับภาวะแบคทีเรียจากช่องคลอด โดยปกติแพทย์สามารถทำการทดสอบเกี่ยวกับกระดูกเชิงกรานและรับตัวอย่างของการตกขาวเพื่อตรวจหาสัญญาณของแบคทีเรียในช่องคลอด ตัวอย่างที่แพทย์ได้รับจะแสดงแบคทีเรียที่มีอยู่ในการปลดปล่อยถ้าผู้หญิงมีภาวะช่องคลอดอักเสบจากแบคทีเรียมากกว่าการติดเชื้อยีสต์
การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะสำหรับภาวะช่องคลอดอักเสบจากแบคทีเรียมักจะมีผลในทันที โดยปกติอาการจะเริ่มหายไปหลังจากวันแรกหรือวันที่สองของการใช้ยาปฏิชีวนะ ยาปฏิชีวนะจะได้รับตามปกติในรูปแบบของครีมหรือเจลที่จะแทรกภายในช่องคลอด โดยทั่วไปแล้วหญิงตั้งครรภ์ที่มีภาวะช่องคลอดอักเสบจากแบคทีเรียมักใช้ยาปฏิชีวนะในรูปแบบเม็ดเนื่องจากการใส่ยาเข้าไปในช่องคลอดในขณะที่ตั้งครรภ์อาจไม่ปลอดภัยสำหรับทารก หากไม่ได้รับยาปฏิชีวนะตลอดระยะเวลาที่ได้รับยาอาจมีโอกาสติดเชื้อได้
