ปริมาณยาปฏิชีวนะที่ถูกต้องมักจะขึ้นอยู่กับชนิดของยาความรุนแรงและลักษณะของการติดเชื้อแบคทีเรียและอายุและน้ำหนักของผู้ที่ได้รับยา การใช้ยาตามปริมาณที่กำหนดและการทำยาปฏิชีวนะให้ครบตามปกติถือว่าเป็นองค์ประกอบสำคัญสำหรับการรักษาที่ประสบความสำเร็จ ยาปฏิชีวนะใช้ในการรักษาปัญหาสุขภาพที่เกิดจากแบคทีเรียและไม่มีประสิทธิภาพต่อไวรัส บางครั้งมีการกำหนดมาตรการป้องกันสำหรับผู้ที่มีความเสี่ยงสูงต่อการติดเชื้อแบคทีเรียอย่างรุนแรง ยาปฏิชีวนะมีประโยชน์หลายประการ แต่ก็มีผลข้างเคียงบ้างเช่นเดียวกับแบคทีเรียสายพันธุ์ใหม่ที่ต่อต้านการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ
เมื่อแพทย์คำนวณปริมาณยาปฏิชีวนะการพิจารณาเบื้องต้นคือยาชนิดใดเป็นทางเลือกที่ดีที่สุดในการต่อสู้กับแบคทีเรีย ยาปฏิชีวนะแต่ละตัวมีแนวทางการใช้ยาทั่วไปสำหรับเด็กและผู้ใหญ่ แพทย์ส่วนใหญ่จะคำนึงถึงระดับของความรุนแรงของการติดเชื้อรวมถึงอายุน้ำหนักและประวัติทางการแพทย์ของแต่ละบุคคลเพื่อให้ได้มาซึ่งขนาดและตารางเวลาของยาปฏิชีวนะที่เหมาะสม ปัจจัยอีกประการหนึ่งที่เข้ามาเล่นคือว่าแพทย์ชอบที่จะรักษาอาการเจ็บป่วยจากแบคทีเรียด้วยปริมาณที่เร็วที่สุดปริมาณสูงสุดที่เป็นไปได้หรือเชื่อว่าปริมาณที่ลดลงในระยะเวลานานเป็นตัวเลือกที่ดีที่สุด
การทำให้ยาปฏิชีวนะครบตามที่กำหนดถือว่าเป็นส่วนสำคัญของประสิทธิภาพของยา เหตุผลในการติดตามปริมาณยาปฏิชีวนะที่ถูกต้องภายในระยะเวลาที่แนะนำนั้นค่อนข้างตรงไปตรงมา เมื่อมีคนหยุดทานยาเร็วมีความเสี่ยงที่สำคัญที่แบคทีเรียจะไม่ถูกกำจัดอย่างสมบูรณ์และการติดเชื้ออาจเกิดขึ้นอีก ในกรณีเหล่านี้การติดเชื้อที่เกิดขึ้นอาจต้องใช้ปริมาณยาปฏิชีวนะที่สูงขึ้นและระยะเวลาที่ใช้ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียอาจจะนานขึ้น
ปัญหาที่ต้องพิจารณาอีกประการหนึ่งคือผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้นจากยาปฏิชีวนะ ผลข้างเคียงที่พบบ่อย ได้แก่ คลื่นไส้ท้องเสียและอาเจียน ผลข้างเคียงอื่น ๆ เช่นการติดเชื้อยีสต์ในช่องคลอดและการติดเชื้อราของระบบทางเดินอาหารและปากมักจะเกิดจากธรรมชาติของยาปฏิชีวนะ ยาเหล่านี้ไม่ได้แยกความแตกต่างระหว่างแบคทีเรียที่มีประโยชน์และแบคทีเรียที่ก่อให้เกิดความเจ็บป่วยและจะทำงานเพื่อฆ่าหรือยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียใด ๆ ก็ตามที่มีอยู่ในร่างกาย
การใช้ยาปฏิชีวนะมากเกินไปหรือใช้อย่างไม่ถูกต้องเชื่อว่าเป็นปัจจัยสำคัญในการเกิดขึ้นของแบคทีเรียสายพันธุ์ดื้อยา แบคทีเรียเช่น Methicillin-Staphylococcus aureus (MRSA) ที่ดื้อต่อเมธิซิลลินได้พิสูจน์แล้วว่ารักษายากมากและทำให้เกิดปัญหาสำคัญในโรงพยาบาล หลักสูตรการรักษาเชื้อ MRSA นั้นมีความท้าทายเนื่องจากสายพันธุ์ส่วนใหญ่สามารถดื้อต่อยาปฏิชีวนะบางชนิดได้
